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- PDB-7lvo: Cryptococcus neoformans GAR synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lvo
タイトルCryptococcus neoformans GAR synthetase
要素phosphoribosyl-glycinamide (GAR) synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / LIGASE (リガーゼ) / GAR synthetase / phosphoribosyl-glycinamide synthetase / phosphoribosylglycinamide synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / ホスホリボシルアミン—グリシンリガーゼ / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ / Phosphoribosylglycinamide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase, conserved site / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N-terminal / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase signature. / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain ...ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ / Phosphoribosylglycinamide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase, conserved site / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N-terminal / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase signature. / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional purine biosynthetic protein ADE5,7
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chua, S.M.H. / Luo, Z. / Lim, B.Y.J. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural features of Cryptococcus neoformans bifunctional GAR/AIR synthetase may present novel antifungal drug targets.
著者: Chua, S.M.H. / Wizrah, M.S.I. / Luo, Z. / Lim, B.Y.J. / Kappler, U. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoribosyl-glycinamide (GAR) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9574
ポリマ－50,7711
非ポリマー1863
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, 80% monomeric population, 20% dimeric population
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area18650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.104, 76.489, 74.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.569, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

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要素

#1: タンパク質 phosphoribosyl-glycinamide (GAR) synthetase / Glycinamide ribonucleotide synthetase / Phosphoribosyl-aminoimidazole synthetase / ...Glycinamide ribonucleotide synthetase / Phosphoribosyl-aminoimidazole synthetase / Phosphoribosylamine--glycine ligase / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase


分子量: 50770.594 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal half, GAR synthetase function / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_06314
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J9VYP5, ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ, ホスホリボシルアミン—グリシンリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 30% v/v MPEG550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.52 Å / Num. obs: 31460 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.26 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7982 / CC1/2: 0.874 / Rrim(I) all: 0.479 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot1.13-2998モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QK4

2qk4


解像度: 2→38.24 Å / SU ML: 0.3001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 3164 10.22 %
Rwork0.2416 27810 -
obs0.246 30974 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 12 103 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50614513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.52751227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.32251400.30921230X-RAY DIFFRACTION99.71
2.03-2.060.31561470.29071218X-RAY DIFFRACTION99.13
2.06-2.10.35431310.28461223X-RAY DIFFRACTION98.83
2.1-2.130.30241330.26511238X-RAY DIFFRACTION99.42
2.13-2.170.29291330.26851199X-RAY DIFFRACTION98.89
2.17-2.210.32621190.26871260X-RAY DIFFRACTION99.14
2.21-2.260.31361400.28221206X-RAY DIFFRACTION98.97
2.26-2.310.35931540.26061216X-RAY DIFFRACTION98.07
2.31-2.360.29051460.25341194X-RAY DIFFRACTION98.75
2.36-2.420.28131700.24671209X-RAY DIFFRACTION98.36
2.42-2.480.29971340.25521193X-RAY DIFFRACTION97.22
2.48-2.560.33971220.25961224X-RAY DIFFRACTION97.54
2.56-2.640.28221440.27211204X-RAY DIFFRACTION97.89
2.64-2.730.29431320.2591222X-RAY DIFFRACTION97.69
2.73-2.840.34021430.25771188X-RAY DIFFRACTION96.94
2.84-2.970.33181450.26781203X-RAY DIFFRACTION97.61
2.97-3.130.28011260.26531200X-RAY DIFFRACTION96.65
3.13-3.330.31221250.26641216X-RAY DIFFRACTION96.34
3.33-3.580.31141400.22591175X-RAY DIFFRACTION94.81
3.58-3.940.27311180.22891194X-RAY DIFFRACTION94.66
3.94-4.510.23781220.19851200X-RAY DIFFRACTION94.97
4.51-5.680.21191620.19591196X-RAY DIFFRACTION96.72
5.69-38.240.27081380.22431202X-RAY DIFFRACTION93.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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