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- PDB-7ned: Thiourocanate hydratase from Paenibacillus sp. Soil724D2 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ned
タイトルThiourocanate hydratase from Paenibacillus sp. Soil724D2 in complex with cofactor NAD+ and urocanate
要素Urocanate hydratase
キーワードLYASE / thiourocanate hydratase / ergothioneine catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


urocanate hydratase / urocanate hydratase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urocanase / Urocanase, Rossmann-like domain / Urocanase, N-terminal domain / Urocanase, C-terminal domain / Urocanase superfamily / Urocanase, central domain superfamily / Urocanase Rossmann-like domain / Urocanase N-terminal domain / Urocanase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / (2E)-3-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ACRYLIC ACID / Urocanate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus sp. Soil724D2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leisinger, F. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: In Vitro Reconstitution of a Five-Step Pathway for Bacterial Ergothioneine Catabolism.
著者: Beliaeva, M.A. / Leisinger, F. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urocanate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1314
ポリマ－60,2671
非ポリマー8643
水4,882271
1
A: Urocanate hydratase
ヘテロ分子

A: Urocanate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2618
ポリマ－120,5342
非ポリマー1,7276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9670 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.349, 62.747, 151.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1062-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Urocanate hydratase / Urocanase / Imidazolonepropionate hydrolase / thiourocanate hydratase


分子量: 60267.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. Soil724D2 (バクテリア)
遺伝子: hutU, ASG85_10330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q9KFZ4, urocanate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-URO / (2E)-3-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ACRYLIC ACID


分子量: 138.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: (NH4)2SO4, Bis-Tris-buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.32 Å / Num. obs: 41723 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.224 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 429898 / Scaling rejects: 799
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9410.21.3212722126650.7820.441.3942.5100
9.11-48.3290.04140544490.9990.0150.04433.299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1w1u

1w1u


解像度: 1.9→48.32 Å / SU ML: 0.1532 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.7369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 2070 4.97 %
Rwork0.1716 39574 -
obs0.1718 41644 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4232 0 58 271 4561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01414372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38325932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.12791588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.2711490.23412580X-RAY DIFFRACTION99.89
1.94-1.990.22971470.21322567X-RAY DIFFRACTION99.82
1.99-2.050.21071260.20992592X-RAY DIFFRACTION99.82
2.05-2.110.23261560.18782596X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.20071230.18742639X-RAY DIFFRACTION99.89
2.17-2.250.1921520.17682576X-RAY DIFFRACTION99.89
2.25-2.340.18321290.17412616X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.19671420.17332631X-RAY DIFFRACTION99.82
2.45-2.580.20781280.17492636X-RAY DIFFRACTION99.86
2.58-2.740.15251140.17182641X-RAY DIFFRACTION99.78
2.74-2.950.17281420.18092610X-RAY DIFFRACTION99.71
2.95-3.250.14671380.17682653X-RAY DIFFRACTION99.93
3.25-3.720.16671370.16492689X-RAY DIFFRACTION99.89
3.72-4.680.14681110.13882732X-RAY DIFFRACTION100
4.69-48.320.14891760.16232816X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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