PDB-7lux: AALALL segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 217...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lux

タイトル

AALALL segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 217-222, crystal form 2

要素

Nucleoprotein AALALL

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.303 Å

Model details

Amyloid Fibril

データ登録者

Lu, J. / Zee, C.-T. / Sawaya, M.R. / Rodriguez, J.A. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FC02-02ER63421	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 1616265	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	R01 AG048120	米国

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Inhibition of amyloid formation of the Nucleoprotein of SARS-CoV-2.
著者: Tayeb-Fligelman, E. / Cheng, X. / Tai, C. / Bowler, J.T. / Griner, S. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Jiang, Y.X. / Lu, J. / Rosenberg, G.M. / Salwinski, L. / Abskharon, R. / Zee, C.T. / ...

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lux.cif.gz	12.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lux.ent.gz	6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lux_validation.pdf.gz	383.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lux_full_validation.pdf.gz	384.2 KB	表示
XML形式データ	7lux_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	7lux_validation.cif.gz	2.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ltuC 7luzC 7lv2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b27-4 1cq4-1 4wgy-d 2yjl-1 2dwy-2 5jve-d 1s3c-d 4q9c-d 4or1-2 3wz4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

959 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

A: Nucleoprotein AALALL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_545	x,y-1,z	1
crystal symmetry operation	1_565	x,y+1,z	1
crystal symmetry operation	1_535	x,y-2,z	1
crystal symmetry operation	1_575	x,y+2,z	1
crystal symmetry operation	1_556	x,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_546	x,y-1,z+1	1
crystal symmetry operation	1_566	x,y+1,z+1	1
crystal symmetry operation	1_536	x,y-2,z+1	1
crystal symmetry operation	1_576	x,y+2,z+1	1
crystal symmetry operation	3_546	-x+1/2,y-1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_556	-x+1/2,y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_536	-x+1/2,y-3/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_566	-x+1/2,y+3/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_547	-x+1/2,y-1/2,-z+2	1
crystal symmetry operation	3_557	-x+1/2,y+1/2,-z+2	1
crystal symmetry operation	3_537	-x+1/2,y-3/2,-z+2	1
crystal symmetry operation	3_567	-x+1/2,y+3/2,-z+2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.460, 9.540, 10.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- PG4
2	1	A-401- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein AALALL / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 570.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: polyethylene glycol 3000, CHES, pH 9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→22.23 Å / Num. obs: 1234 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.781 % / B_iso Wilson estimate: 20.927 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.843 / Net I/σ(I): 5.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.3-1.36	3.957	0.808	1.8	139	0.544	0.922	84.8
1.36-1.43	3.948	1.03	1.61	134	0.562	1.196	97.8
1.43-1.5	3.754	0.641	2.44	130	0.868	0.738	95.6
1.5-1.6	3.912	0.45	3.58	137	0.881	0.52	89
1.6-1.71	4.035	0.358	3.77	115	0.93	0.407	100
1.71-1.84	3.627	0.254	5.39	126	0.937	0.293	100
1.84-2.02	3.747	0.129	8.45	95	0.991	0.148	88.8
2.02-2.26	3.828	0.103	10.01	99	0.995	0.117	97.1
2.26-2.61	3.674	0.103	10.15	89	0.997	0.121	95.7
2.61-3.19	3.418	0.086	12.1	79	0.985	0.101	94
3.19-4.51	3.554	0.06	14.61	56	0.998	0.07	84.8
4.51-22.23	3.171	0.065	13.6	35	0.997	0.075	81.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.3 Å	44.49 Å
Translation	1.3 Å	44.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	Jan 31, 2020	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ideal beta strand AAAAA

解像度: 1.303→22.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.205 / SU B: 1.693 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.8374 / Average fsc work: 0.8549 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	124	10.049 %
R_work	0.1948	1110	-
all	0.199	-	-
obs	-	1234	92.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.319 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.451 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.419 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.303→22.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	40	0	26	1	67

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.014	63
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	84
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.619	75
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	1.565	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.102	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	5.506	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	43
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.127	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.085	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.649	1.172	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.458	1.129	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.714	1.702	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.735	1.736	28
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.833	1.879	40
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.811	1.889	41
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.021	2.651	48
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.99	2.665	49
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.505	11.309	21
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.406	12.489	22

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.303-1.337	0.515	8	0.397	74	0.411	96	0.587	0.521	85.4167	0.375
1.337-1.374	0.65	9	0.353	78	0.382	99	0.477	0.628	87.8788	0.338
1.374-1.413	0.813	8	0.284	67	0.351	77	0.556	0.724	97.4026	0.268
1.413-1.456	0.138	8	0.344	74	0.323	87	0.703	0.747	94.2529	0.287
1.456-1.504	0.238	8	0.358	69	0.343	78	0.926	0.755	98.7179	0.351
1.504-1.557	0.559	8	0.262	75	0.281	89	0.774	0.88	93.2584	0.257
1.557-1.615	0.361	7	0.264	68	0.274	86	0.884	0.874	87.2093	0.227
1.615-1.681	0.117	7	0.253	57	0.236	64	0.924	0.887	100	0.21
1.681-1.755	0.342	7	0.195	64	0.208	71	0.891	0.946	100	0.178
1.755-1.84	0.237	8	0.202	76	0.205	84	0.967	0.944	100	0.178
1.84-1.939	0.142	6	0.167	47	0.163	61	0.994	0.965	86.8852	0.156
1.939-2.055	0.177	6	0.19	54	0.189	64	0.952	0.962	93.75	0.177
2.055-2.196	0.126	6	0.153	58	0.151	66	0.973	0.982	96.9697	0.158
2.196-2.37	0.202	6	0.169	50	0.173	58	0.972	0.977	96.5517	0.183
2.37-2.593	0.097	4	0.146	44	0.142	51	0.961	0.976	94.1176	0.164
2.593-2.894	0.163	5	0.18	44	0.178	52	0.983	0.967	94.2308	0.169
2.894-3.333	0.321	5	0.145	39	0.159	46	0.92	0.984	95.6522	0.159
3.333-4.059	0.106	3	0.137	26	0.135	38	0.979	0.987	76.3158	0.156
4.059-5.647	0.125	3	0.139	29	0.137	39	0.998	0.987	82.0513	0.191
5.647-22.23	0.414	2	0.286	17	0.301	21	0.96	0.943	90.4762	0.515

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