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- PDB-7lun: Human PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with RBN011980 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lun
タイトルHuman PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with RBN011980
要素Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
キーワードTRANSFERASE/Inhibitor / PARP14 / ARTD8 / monoPARP / ADP ribosylation / inhibitor complex / TRANSFERASE-Inhibitor complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / Parp14 WWE domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / Parp14 WWE domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YFG / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Dorsey, B.W. / Swinger, K.K. / Schenkel, L.B. / Church, W.D. / Perl, N.R. / Vasbinder, M.M. / Wigle, T.J. / Kuntz, K.W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Targeted Degradation of PARP14 Using a Heterobifunctional Small Molecule.
著者: Wigle, T.J. / Ren, Y. / Molina, J.R. / Blackwell, D.J. / Schenkel, L.B. / Swinger, K.K. / Kuplast-Barr, K. / Majer, C.R. / Church, W.D. / Lu, A.Z. / Mo, J. / Abo, R. / Cheung, A. / Dorsey, B. ...著者: Wigle, T.J. / Ren, Y. / Molina, J.R. / Blackwell, D.J. / Schenkel, L.B. / Swinger, K.K. / Kuplast-Barr, K. / Majer, C.R. / Church, W.D. / Lu, A.Z. / Mo, J. / Abo, R. / Cheung, A. / Dorsey, B.W. / Niepel, M. / Perl, N.R. / Vasbinder, M.M. / Keilhack, H. / Kuntz, K.W.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
C: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
D: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
E: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
F: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
G: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
H: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,73219
ポリマ－177,3818
非ポリマー3,35211
水7,296405
1
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5642
ポリマ－22,1731
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5642
ポリマ－22,1731
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5642
ポリマ－22,1731
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5642
ポリマ－22,1731
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6003
ポリマ－22,1731
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6563
ポリマ－22,1731
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5642
ポリマ－22,1731
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6563
ポリマ－22,1731
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.990, 153.660, 87.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14


分子量: 22172.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q460N5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-YFG / 7-(cyclopentylamino)-5-fluoro-2-{[(trans-4-hydroxycyclohexyl)sulfanyl]methyl}quinazolin-4(3H)-one


分子量: 391.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26FN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 3.0 M Sodium Chloride, 0.2% w/v 2,2'-Thiodiglycolic acid, 0.2% w/v Adipic acid, 0.2% w/v Benzoic acid, 0.2% w/v Oxalic acid anhydrous, 0.2% w/v Terephthalic acid, ...詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 3.0 M Sodium Chloride, 0.2% w/v 2,2'-Thiodiglycolic acid, 0.2% w/v Adipic acid, 0.2% w/v Benzoic acid, 0.2% w/v Oxalic acid anhydrous, 0.2% w/v Terephthalic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→48.53 Å / Num. obs: 52396 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.65 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4540 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3smj

3smj


解像度: 2.57→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 15.618 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 2765 5.3 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2346 49602 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 194.55 Å2 / Biso mean: 38.306 Å2 / Biso min: 0.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å2-1.18 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12024 0 229 405 12658
Biso mean--32.14 29.23 -
残基数----1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01312700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.68417301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2641.60425336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08651496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33522.857735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.102151896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2631564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022782
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 186 -
Rwork0.319 3688 -
all-3874 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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