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- PDB-7lua: Cryo-EM structure of DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lua
タイトルCryo-EM structure of DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV-1 Env CH848 SOSIP trimer
要素
  • CH848 SOSIP gp120
  • DH898.1 heavy chain
  • DH898.1 light chain
  • Env polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab-dimerized / glycan-reactive / antibodies / HIV-1 / DH898.1 / Fab-dimer / glycan-reactive neutralizing antibody / macaque HIV-1 vaccine-induced / B cell lineage / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Manne, K. / Edwards, R.J. / Acharya, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies.
著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques
著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. ...著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. / Sempowski, G. / Saunders, K. / Haynes, B.F.
履歴
登録2021年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23519
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: CH848 SOSIP gp120
b: Env polyprotein
c: CH848 SOSIP gp120
d: Env polyprotein
e: CH848 SOSIP gp120
f: Env polyprotein
g: DH898.1 light chain
h: DH898.1 heavy chain
i: DH898.1 heavy chain
j: DH898.1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,76867
ポリマ－300,22210
非ポリマー27,54657
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 8分子 acebdfhi

#1: タンパク質 CH848 SOSIP gp120 / Envelope glycoprotein gp120


分子量: 52061.930 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-492 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1W6IPB2
#2: タンパク質 Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160 / Glycoprotein 120 / Surface protein gp120 / Transmembrane protein gp41


分子量: 16578.803 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residue 503-648 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6H1VEB8
#4: タンパク質 DH898.1 heavy chain


分子量: 23596.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 1種, 2分子 gj

#3: 抗体 DH898.1 light chain


分子量: 23553.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 5種, 57分子

#5: 多糖...
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV-1 Env CH848 SOSIP trimer.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93.15 K / 最低温度: 93.15 K
撮影電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3230

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Latitude画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10Cootモデル精密化
11PHENIXモデル精密化
12ISOLDEモデル精密化
13cryoSPARC初期オイラー角割当
14cryoSPARC最終オイラー角割当
15cryoSPARC分類
16cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59012 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01422837
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.94431080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.1128609
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1073945
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0163770

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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