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- PDB-7lse: Crystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lse
タイトルCrystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment T025 bound to TBEV EDIII (Far Eastern Subtype)
要素
  • Envelope protein E
  • T025 Fab Heavy Chain
  • T025 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Tick-borne encephalitis virus / antibody / EDIII / TBEV / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tick-borne encephalitis virus Far Eastern subtype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: Broad and potent neutralizing human antibodies to tick-borne flaviviruses protect mice from disease.
著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, ...著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, D. / Chrdle, A. / Honig, V. / Oliveira, T. / West, A.P. / Lee, Y.E. / Rice, C.M. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J. / Ruzek, D. / Robbiani, D.F. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: T025 Fab Heavy Chain
L: T025 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6424
ポリマ－61,5503
非ポリマー921
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.960, 69.720, 180.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-506-

HOH

-
要素

#1: 抗体 T025 Fab Heavy Chain


分子量: 24834.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 T025 Fab Light Chain


分子量: 23424.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 13290.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus Far Eastern subtype (ウイルス)
株: Sofjin / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07720
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→90.1 Å / Num. obs: 30383 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 362021 / Scaling rejects: 39
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Num. unique obs: 2950 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.261 / Rrim(I) all: 0.929 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OGX, 6J5F

4ogx

6j5f


解像度: 2.35→90.1 Å / SU ML: 0.2406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3269
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1586 5.23 %
Rwork0.1726 28740 -
obs0.1745 30326 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→90.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3961 0 6 202 4169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00774064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94645535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.59081457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.430.26581580.21732574X-RAY DIFFRACTION99.45
2.43-2.510.25621410.21192579X-RAY DIFFRACTION99.74
2.51-2.620.28021650.20912560X-RAY DIFFRACTION99.49
2.62-2.730.22561390.19642552X-RAY DIFFRACTION97.22
2.73-2.880.22411390.19622596X-RAY DIFFRACTION99.82
2.88-3.060.22691520.18892596X-RAY DIFFRACTION99.75
3.06-3.30.24311310.18272582X-RAY DIFFRACTION98.15
3.3-3.630.19411320.16382637X-RAY DIFFRACTION98.93
3.63-4.150.19041490.15892640X-RAY DIFFRACTION99.61
4.15-5.230.18121430.13472639X-RAY DIFFRACTION97.65
5.23-90.10.1791370.17182785X-RAY DIFFRACTION97.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.031285854770.4333165239620.01600800860281.003282626670.1506301452712.11897234925-0.0200677167601-0.1047810641360.3301937467420.1833854892170.0169613047263-0.00712609635773-0.2669559655820.262348216879-0.09612620504190.32172485161-0.00834127334006-0.02213553498020.213300313392-0.013127103630.335924748438-23.0415794007-18.315410508740.8096244376
24.431584348010.0002364224916271.106634289682.06586763030.2841241072635.41195081545-0.0212074743969-0.2925074436240.1346474436650.2222355538560.02755521312230.1608416821920.45204166097-0.337791378899-0.02777265700440.1939379049720.002615353221180.006853786195770.169833874801-0.04417036113170.188524228422-27.3172435758-27.581070286237.1326972072
37.994227446911.18763406167-2.50005924832.7992464952-4.308229686656.76795399559-0.08161244697770.1204564787490.0461187991292-0.2196882269940.1153589927150.6078311004030.343239022474-0.706250934430.04820920784630.323239450723-0.04050189985530.05814707067120.325377640077-0.03725602021330.294444462847-33.8839751482-25.026105859339.8192150815
43.97443194612-1.21731445547-1.114919231190.424488455980.9938094543438.56670813959-0.3614749459310.03493818023650.09344014687150.3427469417430.1873675643950.213616425853-0.0124748986183-0.6395171803590.2040419732380.292540641617-0.00705342280327-0.01867820223720.21239592004-0.0579775729980.372772140235-29.9527382807-20.993449204543.658662328
50.828227158839-0.06795870772450.6988700701990.581732224032-1.320235644033.29879299037-0.135550384409-0.081027519340.1047213682040.2453545003450.0733139130702-0.143499623878-0.5790611746210.1485421520470.06907119137560.3395961707450.0319704903422-0.04216883026920.258085677991-0.03888110758050.31837031754-18.2178073348-26.191488474248.5454549844
64.16471630867-1.22316239989-0.6022385505522.804315257611.32475134645.603478648840.1785362044990.374390630560.50853192-0.0525570814843-0.305013711058-0.442653650399-0.723519787712-0.02475284153740.1467957476720.3457118598850.00348094707831-0.07728589515320.2465745278610.04678000743170.395387986685-6.14254690353-29.483465520364.4099554042
73.69301403882-2.127617960730.1922076347652.4758882985-0.255356398273.388588227640.0642563529286-0.5532575795871.589371525770.099026170557-0.221006900737-0.69623769249-1.041557296820.07267135404240.2536114658270.733557165472-0.0208999165693-0.08466236268730.386268008532-0.03223246683350.637662847862-2.62817974403-21.494879302668.5972736903
88.459321980941.00200904993.578527712482.36050148125-0.3917015845035.15706150501-0.236803436134-0.286238645751-0.2216803530470.02655795530240.161689642601-0.2038553813150.6408487632120.4120338983550.03282613922110.4815077208670.1481889201110.06770030898360.2589291926520.045281903280.33482297178-11.7285148582-47.014065337738.3564319838
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 33 )HA1 - 331 - 33
22chain 'H' and (resid 34 through 59 )HA34 - 5934 - 60
33chain 'H' and (resid 60 through 72 )HA60 - 7261 - 73
44chain 'H' and (resid 73 through 87 )HA73 - 8774 - 91
55chain 'H' and (resid 88 through 134 )HA88 - 13492 - 134
66chain 'H' and (resid 135 through 188 )HA135 - 188135 - 188
77chain 'H' and (resid 189 through 213 )HA189 - 213189 - 213
88chain 'L' and (resid 1 through 18 )LC1 - 181 - 18
99chain 'L' and (resid 19 through 61 )LC19 - 6119 - 61
1010chain 'L' and (resid 62 through 90 )LC62 - 9062 - 90
1111chain 'L' and (resid 91 through 113 )LC91 - 11391 - 113
1212chain 'L' and (resid 114 through 213 )LC114 - 213114 - 213
1313chain 'E' and (resid 303 through 341 )ED303 - 3411 - 39
1414chain 'E' and (resid 342 through 361 )ED342 - 36140 - 59
1515chain 'E' and (resid 362 through 378 )ED362 - 37860 - 76
1616chain 'E' and (resid 379 through 395 )ED379 - 39577 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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