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- PDB-6j5f: Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis vi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j5f | ||||||
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Title | Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein Domain III | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / protective and neutralizing antibody / flavivirus envelope protein / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Tien, P. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Basis of a Protective/Neutralizing Monoclonal Antibody Targeting Envelope Proteins of both Tick-Borne Encephalitis Virus and Louping Ill Virus. Authors: Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Gao, G.F. / Tien, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 115.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6j5cC ![]() 6j5dC ![]() 6j5gC ![]() 1svbS ![]() 5grjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 11032.542 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Domain III Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A096YGU7 |
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#2: Antibody | Mass: 13169.531 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 11977.288 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1% w/v tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 41293 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 24.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 27.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique obs: 4076 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1SVB, 5GRJ Resolution: 1.801→39.954 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.97
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→39.954 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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