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Yorodumi- PDB-7lsf: Crystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lsf | ||||||
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Title | Crystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment T025 bound to TBEV EDIII (Western Subtype) | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Tick-borne encephalitis virus / antibody / EDIII / TBEV / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Tick-borne encephalitis virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | ||||||
Authors | Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Exp.Med. / Year: 2021 Title: Broad and potent neutralizing human antibodies to tick-borne flaviviruses protect mice from disease. Authors: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / ...Authors: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, D. / Chrdle, A. / Honig, V. / Oliveira, T. / West, A.P. / Lee, Y.E. / Rice, C.M. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J. / Ruzek, D. / Robbiani, D.F. / Nussenzweig, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lsf.cif.gz | 261.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7lsf.ent.gz | 173.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lsf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lsf_validation.pdf.gz | 454.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7lsf_full_validation.pdf.gz | 456.3 KB | Display | |
Data in XML | 7lsf_validation.xml.gz | 20.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7lsf_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7lseC 7lsgC 2ghwS 4ogxS 6j5fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#3: Protein | Mass: 13520.290 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E3UMN9 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 24834.730 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23424.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 3 types, 122 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→90.91 Å / Num. obs: 31036 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.24→2.32 Å / Redundancy: 6 % / Num. unique obs: 2897 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2GHW, 4OGX, 6J5F Resolution: 2.24→90.91 Å / SU ML: 0.2509 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.707 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.24→90.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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