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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ls6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pre-15S proteasome core particle assembly intermediate purified from Pre3-1 proteasome mutant (G34D) | ||||||
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![]() | HYDROLASE / core particle / complex / assembly intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
![]() | Schnell, H.M. / Walsh Jr, R.M. / Rawson, S. / Hanna, J.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of chaperone-associated assembly intermediates reveal coordinated mechanisms of proteasome biogenesis. 著者: Helena M Schnell / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Mandeep Kaur / Meera K Bhanu / Geng Tian / Miguel A Prado / Angel Guerra-Moreno / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Jeroen Roelofs / Daniel Finley / John Hanna / ![]() 要旨: The proteasome mediates most selective protein degradation. Proteolysis occurs within the 20S core particle (CP), a barrel-shaped chamber with an αββα configuration. CP biogenesis proceeds ...The proteasome mediates most selective protein degradation. Proteolysis occurs within the 20S core particle (CP), a barrel-shaped chamber with an αββα configuration. CP biogenesis proceeds through an ordered multistep pathway requiring five chaperones, Pba1-4 and Ump1. Using Saccharomyces cerevisiae, we report high-resolution structures of CP assembly intermediates by cryogenic-electron microscopy. The first structure corresponds to the 13S particle, which consists of a complete α-ring, partial β-ring (β2-4), Ump1 and Pba1/2. The second structure contains two additional subunits (β5-6) and represents a later pre-15S intermediate. These structures reveal the architecture and positions of Ump1 and β2/β5 propeptides, with important implications for their functions. Unexpectedly, Pba1's N terminus extends through an open CP pore, accessing the CP interior to contact Ump1 and the β5 propeptide. These results reveal how the coordinated activity of Ump1, Pba1 and the active site propeptides orchestrate key aspects of CP assembly. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 861.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex |
#3: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex |
#4: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex |
#5: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex |
#6: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex |
#7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex |
-タンパク質 , 3種, 3分子 HOP
#8: タンパク質 | 分子量: 16777.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38293 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 30718.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05778 |
#13: タンパク質 | 分子量: 30762.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36040 |
-Proteasome subunit beta type- ... , 5種, 5分子 IJKLM
#9: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex |
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#10: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex |
#11: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex |
#14: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex |
#15: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pre-15S / タイプ: COMPLEX 詳細: Abundant sub-20S particle that is naturally enriched in Pre3-1 mutant (G34D) was purified via C-terminal Pre1-TEV-ProA affinity tag inserted at the endogenous locus. Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Fluorinated Fos-Choline was added to the sample immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 47169 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 55.94 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20657 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1633892 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95288 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4G4S Accession code: 4G4S / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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