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- PDB-7lqh: Cryo-EM of KFE8 thinner nanotube (class 2, 2-sub-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lqh
タイトルCryo-EM of KFE8 thinner nanotube (class 2, 2-sub-1)
要素KFE8 peptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM / peptide fibril / nanotube
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, F. / Gnewou, O.M. / Egelman, E.H. / Conticello, V.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-DMR-1533958 米国
引用ジャーナル: Matter / 年: 2021
タイトル: Deterministic chaos in the self-assembly of β sheet nanotubes from an amphipathic oligopeptide.
著者: Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Shengyuan Wang / Tomasz Osinski / Xiaobing Zuo / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
要旨: The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical ...The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical devices. These peptide assemblies have also been used as models for understanding biological processes, such as the pathological formation of amyloid. We investigate the assembly of an octapeptide sequence, Ac-FKFEFKFE-NH, motivated by prior studies that demonstrated that this amphipathic β strand peptide self-assembled into fibrils and biocompatible hydrogels. Using high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), we are able to determine the atomic structure for two different coexisting forms of the fibrils, containing four and five β sandwich protofilaments, respectively. Surprisingly, the inner walls in both forms are parallel β sheets, while the outer walls are antiparallel β sheets. Our results demonstrate the chaotic nature of peptide self-assembly and illustrate the importance of cryo-EM structural analysis to understand the complex phase behavior of these materials at near-atomic resolution.
履歴
登録2021年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年6月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 2.12025年5月21日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_software ...em_admin / em_software / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23486
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23486
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KFE8 peptide
J: KFE8 peptide
K: KFE8 peptide
L: KFE8 peptide
M: KFE8 peptide
N: KFE8 peptide
O: KFE8 peptide
P: KFE8 peptide
B: KFE8 peptide
Q: KFE8 peptide
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S: KFE8 peptide
T: KFE8 peptide
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V: KFE8 peptide
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Y: KFE8 peptide
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6: KFE8 peptide
7: KFE8 peptide
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8: KFE8 peptide
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DB: KFE8 peptide
EB: KFE8 peptide
FB: KFE8 peptide
h: KFE8 peptide
GB: KFE8 peptide
HB: KFE8 peptide
IB: KFE8 peptide
JB: KFE8 peptide
KB: KFE8 peptide
LB: KFE8 peptide
MB: KFE8 peptide
i: KFE8 peptide
NB: KFE8 peptide
OB: KFE8 peptide
PB: KFE8 peptide
QB: KFE8 peptide
RB: KFE8 peptide
SB: KFE8 peptide
TB: KFE8 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,666144
ポリマ－167,666144
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, helical filament was observed by negative staining and Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 2 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 144 / Rise per n subunits: 3.97 Å / Rotation per n subunits: 172.1 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
KFE8 peptide


分子量: 1164.350 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: self-assembly KFE8 nanotubes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 172.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.97 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 31760 / 詳細: Model:Map FSC 0.38 cut off / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00812384
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.86515840
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.5656048
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0531152
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0022016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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