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- PDB-7lq3: Evolution of a sigma-(c-di-GMP)-antisigma switch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lq3
タイトルEvolution of a sigma-(c-di-GMP)-antisigma switch
要素RsiG
キーワードTRANSCRIPTION / RsiG / WhiG / Rubrobacter radiotolerans / c-di-GMP / evolution / homonymer
機能・相同性: / RsiG-like / nucleotide binding / metal ion binding / RsiG-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rubrobacter radiotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Evolution of a sigma-(c-di-GMP)-anti-sigma switch.
著者: Schumacher, M.A. / Gallagher, K.A. / Holmes, N.A. / Chandra, G. / Henderson, M. / Kysela, D.T. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RsiG
A: RsiG
D: RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4927
ポリマ－29,2513
非ポリマー2414
水18010
1
B: RsiG
A: RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6455
ポリマ－19,5012
非ポリマー1453
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
2
D: RsiG
ヘテロ分子

D: RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6934
ポリマ－19,5012
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4010 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.545, 78.545, 81.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RsiG


分子量: 9750.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubrobacter radiotolerans (バクテリア)
遺伝子: RradSPS_1442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023X3Z4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2.5 M NaCl, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→39.273 Å / Num. obs: 8738 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.028 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 847 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.453 / Rsym value: 1.056

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LQ2

7lq2


解像度: 2.55→39.273 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 879 10.06 %
Rwork0.1985 7859 -
obs0.2057 8738 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.41 Å2 / Biso mean: 68.5614 Å2 / Biso min: 33.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→39.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 12 10 1723
Biso mean--92.96 55.52 -
残基数----213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5502-2.70990.31681450.23391272
2.7099-2.91910.28011450.24041279
2.9191-3.21270.2871420.2281279
3.2127-3.67730.28511410.20511305
3.6773-4.63190.25361520.17131319
4.6319-39.2730.25671540.19471405
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.4006 Å / Origin y: 60.9427 Å / Origin z: 21.7989 Å
111213212223313233
T0.3638 Å2-0.0382 Å2-0.0132 Å2-0.2517 Å20.0077 Å2--0.4327 Å2
L1.8732 °20.6859 °20.1617 °2-1.5308 °2-0.4835 °2--4.1108 °2
S-0.1266 Å °0.1543 Å °0.226 Å °0.1686 Å °-0.1339 Å °0.0171 Å °-0.4967 Å °0.2567 Å °0.2395 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB28 - 98
2X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allD28 - 98
4X-RAY DIFFRACTION1allI32 - 21
5X-RAY DIFFRACTION1allM2 - 1
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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