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万見
- PDB-7lq2: Apo Rr RsiG- crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lq2
タイトルApo Rr RsiG- crystal form 1
要素RR RsiG
キーワードTRANSCRIPTION / RsiG / single-motif / WhiG / evolution / homodimer / Rubrobacter radiotolerans
機能・相同性: / RsiG-like / nucleotide binding / metal ion binding / ISOPROPYL ALCOHOL / RsiG-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rubrobacter radiotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Evolution of a sigma-(c-di-GMP)-anti-sigma switch.
著者: Schumacher, M.A. / Gallagher, K.A. / Holmes, N.A. / Chandra, G. / Henderson, M. / Kysela, D.T. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RR RsiG
C: RR RsiG
F: RR RsiG
E: RR RsiG
D: RR RsiG
A: RR RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,24410
ポリマ－58,0756
非ポリマー1694
水7,981443
1
B: RR RsiG
C: RR RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5035
ポリマ－19,3582
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
2
F: RR RsiG
E: RR RsiG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3582
ポリマ－19,3582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
3
D: RR RsiG
A: RR RsiG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3833
ポリマ－19,3582
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.479, 95.293, 117.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
RR RsiG


分子量: 9679.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubrobacter radiotolerans (バクテリア)
遺伝子: RradSPS_1442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023X3Z4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50.46 Å / Num. obs: 57371 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.032 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5313 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.374 / Rsym value: 0.464

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50.457 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 1672 2.92 %
Rwork0.1736 55625 -
obs0.1745 57297 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.01 Å2 / Biso mean: 28.1805 Å2 / Biso min: 10.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→50.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 0 10 444 3928
Biso mean--15.59 40.58 -
残基数----436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.90440.27361270.2275424892
1.9044-1.96590.23721370.2017455599
1.9659-2.03620.24661390.18864613100
2.0362-2.11770.20861390.16984612100
2.1177-2.21410.19661390.16254607100
2.2141-2.33080.20381390.16214628100
2.3308-2.47680.1961390.17114646100
2.4768-2.66810.18381410.16824672100
2.6681-2.93650.2181400.17554667100
2.9365-3.36140.20631420.17364696100
3.3614-4.23470.1791420.1614757100
4.2347-50.4570.19831480.1797492499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.5479 Å / Origin y: 22.0469 Å / Origin z: 66.4727 Å
111213212223313233
T0.0757 Å20.0006 Å2-0.0024 Å2-0.0541 Å20.0017 Å2--0.089 Å2
L0.2052 °20.0264 °20.1531 °2--0.0394 °20.0795 °2--1.0327 °2
S0.0017 Å °-0.0046 Å °-0.0047 Å °0.0068 Å °-0.0022 Å °-0.0002 Å °0.0034 Å °-0.0064 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB23 - 98
2X-RAY DIFFRACTION1allC23 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allF28 - 98
4X-RAY DIFFRACTION1allE28 - 98
5X-RAY DIFFRACTION1allD28 - 98
6X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 98
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 457
8X-RAY DIFFRACTION1allT2002 - 2003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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