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万見
- PDB-7low: S-adenosylmethionine synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7low
タイトルS-adenosylmethionine synthetase
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 908573 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Tan, L.L. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases.
著者: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,81018
ポリマ－85,6092
非ポリマー1,20116
水2,396133
1
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,62136
ポリマ－171,2184
非ポリマー2,40332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area20650 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area49020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.954, 122.954, 288.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase


分子量: 42804.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908573 (大腸菌) / 遺伝子: metK, HMPREF1611_00479 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 15% ethylene glycol, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→39.86 Å / Num. obs: 51892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.4 % / Biso Wilson estimate: 58.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.39→2.46 Å / Num. unique obs: 4416 / CC1/2: 0.434

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PL7

1pl7


解像度: 2.39→39.1 Å / SU ML: 0.3037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2636 5.09 %
Rwork0.1823 49148 -
obs0.184 51784 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5813 0 66 133 6012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00346000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60438130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.97392192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.430.32881410.30222519X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.34581250.31042555X-RAY DIFFRACTION99.96
2.48-2.530.34421260.29282528X-RAY DIFFRACTION99.92
2.53-2.590.27151230.26172555X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.31611490.24882524X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.28091330.23642546X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.790.27611450.23232542X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.2481340.21842555X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.960.25421360.20942564X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.070.24041320.2022560X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.190.22271560.18962542X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.330.21751460.18152577X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.510.20361220.17912589X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.730.21821460.16522593X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-4.020.17541430.15532589X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.420.17941320.15012624X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.060.16541370.14472648X-RAY DIFFRACTION99.96
5.06-6.370.19091710.18392657X-RAY DIFFRACTION100
6.37-39.10.24071390.17612881X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08521146190.07533686915980.226795571481.86387325235-0.06463021250121.57124134069-0.0971814019405-0.21285845320.162863727130.350251243431-0.1803108350270.0445997976112-0.0609213321252-0.13267181790.2238981119030.500591976469-0.0799236313515-0.08238271650460.4190681386450.06511033201420.336565620678-28.7379438029-39.8671425299-16.0622296806
22.228151177981.331046857170.9937645934711.094058785460.8064658291010.5976842999890.0397554166184-0.0877736886676-0.3567497596190.5423472472590.14818330024-0.591470022458-0.05485845855260.187828984091-0.1333665241110.839490717765-0.0708906104349-0.153532858240.465310346490.06629645946910.580798709242-9.92380751928-43.9915430851-8.05538037038
32.27574130281-0.6144207029090.4196446091441.72600308668-0.2860040396571.40507123469-0.2297885046180.1679251343460.3435517467070.2635717470150.0804923334307-0.020460586924-0.176462861548-0.09285306108720.1327014922590.588676115088-0.0426058234357-0.1463952523920.4511654079410.0957343744350.537122962819-29.105487657-21.8889529688-25.6677841141
41.031650390850.4012765962960.7681945126242.28031606657-0.1449251685351.22029083365-0.18891856832-0.0734893612330.4954216396230.2811448065870.0242651335725-0.177563350958-0.2456981841780.02594736686390.1465039723770.742443124715-0.00793536953675-0.2481829176590.4544305704030.02466199978060.627233235764-9.26892709836-21.7442695639-9.84557987168
53.568741322762.09805405093.474909986441.745832902242.470910270553.72701202194-0.4716363791270.1064656175230.2349774915090.1696468883060.3571597621-0.286423373896-0.7047280885210.5721656819390.4290579157170.708597420183-0.115377177684-0.06378267938360.6719724950520.1797536944490.654320117864-3.63141220724-37.3373663069-26.0063133304
63.26105191634-0.2711510506660.8001869718042.96443925537-1.974499712544.08579316362-0.266212341650.240977654271-0.21822748358-0.461995569386-0.278758347308-0.49689648570.5901547654810.3905036724720.4979034488940.560863099508-0.01595302274620.1427046067440.5207793253890.1044860316810.500450111684-17.5367873467-53.269156588-35.0382425166
70.105385094112-0.5040173963560.166659255923.27519026376-1.571007966320.886252650823-0.2032666231770.3081750411910.114068698284-0.217048804240.3950040961640.677179582042-0.179919334153-0.0532156080477-0.3589645066130.54123430729-0.119753677849-0.04255046720430.7330459933680.1703599985210.633212644896-28.6524389064-36.4602191668-42.8364435289
80.6090006745520.04604979512170.04380047268921.91255566141-0.247576096621.08113839358-0.1597048449320.2476546540040.2231434637040.15964558647-0.144035927248-0.590471100730.003820769568960.414576226130.2929046377590.500133819458-0.10466171896-0.1066575278990.7384000582510.2589759552680.726596878958-3.40561898734-33.0133449006-34.3348091532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 269 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 270 through 382 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -8 through 31 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 90 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 120 through 382 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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