PDB-7loo: S-adenosyl methionine transferase cocrystallized with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7loo

タイトル

S-adenosyl methionine transferase cocrystallized with ATP

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosyl methionine transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli 908573 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Tan, L.L. / Laurino, P.

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases.
著者: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P.

履歴

登録	2021年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7loo.cif.gz	740.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7loo.ent.gz	512.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7loo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7loo_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7loo_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7loo_validation.xml.gz	63.2 KB	表示
CIF形式データ	7loo_validation.cif.gz	87.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7loo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7loo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ll3C 7lnhC 7lnnC 7lo2C 7lowC 7lozC 1p7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p7l-d 7loz-1 1fug-1 5a1g-1 1xra-2 1mxc-2 6fbp-1 4x05-d 7b7z-d 1rg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

Q: S-adenosylmethionine synthase

R: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.922, 117.780, 113.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.519, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABQR

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 41998.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908573 (大腸菌) / 遺伝子: metK, HMPREF1611_00479 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 670分子

#2: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris 6.5, 15% ethylene glycol, PEG 3350 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→39.79 Å / Num. obs: 123360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 30.92 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 6027 / CC_1/2: 0.445

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P7L

1p7l

解像度: 1.95→35.99 Å / SU ML: 0.2298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	6216	5.04 %
R_work	0.1702	117084	-
obs	0.172	123300	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11623	0	266	635	12524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	12186
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8814	16553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568	1848
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	2145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.2486	4408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3686	211	0.3256	3832	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.97-2	0.3067	234	0.3049	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2-2.02	0.2987	197	0.2978	3840	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.02-2.05	0.3088	201	0.274	3893	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.05-2.07	0.299	217	0.2727	3859	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.07-2.1	0.268	216	0.2595	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.3053	199	0.2541	3932	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.13-2.16	0.2927	172	0.2369	3918	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.16-2.2	0.2306	203	0.2256	3931	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.2-2.23	0.2359	217	0.2157	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.23-2.27	0.2122	173	0.2008	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.27-2.31	0.2338	171	0.1983	3926	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.31-2.36	0.2111	181	0.1864	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2097	218	0.181	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.4-2.46	0.2206	227	0.1753	3866	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.46-2.51	0.2094	245	0.1758	3916	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.51-2.58	0.2222	178	0.168	3867	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.58-2.65	0.1914	209	0.1658	3902	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.65-2.72	0.1889	247	0.1527	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.72-2.81	0.1887	245	0.1509	3854	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.81-2.91	0.1789	210	0.1508	3884	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.91-3.03	0.2019	211	0.1608	3896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.17	0.2061	212	0.1574	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.17-3.33	0.187	229	0.16	3908	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.33-3.54	0.1967	200	0.1468	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.54-3.82	0.171	196	0.1439	3925	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.82-4.2	0.1986	204	0.1407	3931	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.2-4.81	0.1615	168	0.1305	3971	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.81-6.05	0.1951	218	0.1513	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.81
6.05-35.99	0.1953	207	0.1647	3987	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37450697031	-0.346190211054	-0.0433948585027	1.64750557711	-0.0720691236498	0.427315637165	0.080465403555	0.0568486994505	0.133332321102	-0.142354005413	-0.0973053714335	-0.221034846042	-0.0329099517649	0.0845383081258	0.0169989254172	0.158654040644	-0.00369631227159	0.00875318428004	0.199182947963	0.0150714100369	0.307213722487	10.2920628183	3.7377950698	48.9978893736
2	3.01422374976	-0.927796824161	-0.894695392705	3.13963192806	0.75573951892	3.03409545243	-0.129066728629	-0.41633050132	-0.310704364911	0.351537048935	0.108783278116	-0.254000746861	0.196432745018	0.167969496351	0.0210033595454	0.172895134574	0.0278075874636	-0.0569490966999	0.245803972032	0.100649723189	0.395180809218	14.8772277867	-19.4133839021	61.6370677632
3	1.35120632767	-0.494993972083	-0.229659374373	2.45646971835	0.155036686695	0.201444796033	-0.0490654976563	-0.309461066359	0.0558410786077	0.31369105336	0.0712778142569	-0.115623079706	0.00277040993444	0.0612905685075	-0.0249498977071	0.193218564068	-0.00433456222924	-0.0362826153108	0.252951913918	-0.0103974834045	0.277225021446	6.78646139462	3.12102806583	64.0158155848
4	1.9478011606	0.195525873472	0.189054309371	4.45597528145	0.764676874681	2.4325449664	0.044228076151	-0.501573177428	0.367830728309	0.722205145107	0.0409086267586	-0.517940918654	-0.117658897684	0.31158767459	-0.0715780520705	0.286576475913	-0.0500294487448	-0.107698653385	0.378652352798	-0.0609785037863	0.565060343591	15.8651007559	12.0336414701	67.4996447343
5	1.24398748569	-1.19974142042	1.56795890738	1.37229374013	-0.464822112489	5.41978083163	0.0183580079672	1.1288975705	0.418011021428	-0.850473983652	-0.0395835059172	0.0314394279026	-0.742466049481	-0.0554807640538	0.120447184176	0.953000048378	0.211409311517	0.124582724636	0.825629397353	0.16750263875	0.364920092148	-0.469369120822	11.059675917	12.9651782788
6	8.62092372216	-0.0874202969378	-2.3741398377	3.35864432242	-0.0211689371458	4.52328303288	0.208435374698	0.525861739877	0.260146009431	-0.575057370614	-0.105722790945	-0.241542704303	-0.263443723874	0.446097622612	-0.101974176924	0.576485260967	0.052395823544	0.0478832710808	0.498197313372	0.090653363024	0.245984477663	5.01662018869	9.44007324175	25.2586627274
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8	0.902945218431	1.26906662707	-1.85231992478	2.47420675525	-1.68965686125	5.33579613408	-0.0833915643058	1.3502790771	0.560922029572	-1.0630341506	-0.361117844394	0.565745432753	-0.279317355123	-0.659362252146	0.340835203731	1.48859983181	0.533953103705	-0.267962280661	1.51016927098	0.19807069837	0.799225015747	-21.5332390388	19.0255493604	1.53292130468
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21	0.190798428382	0.0751396579852	-0.339895515071	1.28844438187	0.12528452108	3.13428915945	0.210737667139	0.997189105966	-0.259719390067	-0.825967899605	-0.192703749497	0.00824735547675	0.536475459626	0.308841168436	0.0288944376294	1.28706770287	0.29915649612	0.000450971784284	1.16188590509	-0.192890860185	0.514924567001	6.06662727665	-14.2100993514	4.66534195155
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23	1.66568250558	1.25120794775	-0.227177175285	1.75003120136	1.64568004587	4.85422958672	-0.129156839302	1.39596094986	-0.203647201043	-1.01139226202	-0.276887947485	0.2982524944	0.0196601676113	-0.503273945595	0.499391393971	1.41793260356	0.2066421715	-0.170504232533	1.53360187655	-0.135143947549	0.595176303048	-13.5620674241	-3.33858518801	-8.49355455055
24	2.18253593102	1.54845114463	0.310054626181	1.48848414086	1.59077455354	4.95797475227	0.141631853583	0.876002728253	0.0136147303751	-0.781046122946	-0.122094788402	0.440205713115	0.998290271405	-0.851186850085	-0.0269106433057	1.37108502497	0.089329215132	-0.296080250502	1.30069528104	-0.250688480614	0.628001372549	-13.931049069	-15.5082384073	-0.887874077821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 135 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 136 through 224 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 225 through 321 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 322 through 381 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 220 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 221 through 269 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 270 through 300 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 301 through 344 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 345 through 380 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'Q' and (resid 3 through 63 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'Q' and (resid 64 through 135 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'Q' and (resid 136 through 224 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'Q' and (resid 225 through 300 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'Q' and (resid 301 through 321 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'Q' and (resid 322 through 380 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'R' and (resid 3 through 33 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'R' and (resid 34 through 106 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'R' and (resid 107 through 194 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'R' and (resid 195 through 300 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'R' and (resid 301 through 321 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'R' and (resid 322 through 379 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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