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Yorodumi- PDB-7lnn: E. coli S-adenosyl methionine transferase co-crystallized with gu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lnn | ||||||
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Title | E. coli S-adenosyl methionine transferase co-crystallized with guanosine-5'-imidotriphosphate | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosyl methionine transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli 908573 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Tan, L.L. / Jackson, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Jacs Au / Year: 2021 Title: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases. Authors: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lnn.cif.gz | 371.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lnn.ent.gz | 257.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lnn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lnn_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lnn_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7lnn_validation.xml.gz | 29.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7lnn_validation.cif.gz | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ll3C 7lnhC 7lo2C 7looC 7lowC 7lozC 1p7lS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41998.508 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 908573 (bacteria) / Gene: metK, HMPREF1611_00479 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 89 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 8% OEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→43.63 Å / Num. obs: 44910 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 39.1 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 4600 / CC1/2: 0.675 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1P7L Resolution: 2.5→43.63 Å / SU ML: 0.3811 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.4113 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 95.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→43.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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