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万見
- PDB-7lm9: Crystal structure of SARS-CoV spike protein receptor-binding doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lm9
タイトルCrystal structure of SARS-CoV spike protein receptor-binding domain in complex with a cross-neutralizing antibody CV38-142 Fab isolated from COVID-19 patient
要素
  • (CV38-142 Fab ...) x 2
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV / Antibody / Spike / Coronavirus / SARS / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Cross-Neutralization / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus MA15 (SARSコロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Liu, H. / Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用
ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2021
タイトル: A combination of cross-neutralizing antibodies synergizes to prevent SARS-CoV-2 and SARS-CoV pseudovirus infection.
著者: Hejun Liu / Meng Yuan / Deli Huang / Sandhya Bangaru / Fangzhu Zhao / Chang-Chun D Lee / Linghang Peng / Shawn Barman / Xueyong Zhu / David Nemazee / Dennis R Burton / Marit J van Gils / ...著者: Hejun Liu / Meng Yuan / Deli Huang / Sandhya Bangaru / Fangzhu Zhao / Chang-Chun D Lee / Linghang Peng / Shawn Barman / Xueyong Zhu / David Nemazee / Dennis R Burton / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Hans-Christian Kornau / S Momsen Reincke / Harald Prüss / Jakob Kreye / Nicholas C Wu / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Coronaviruses have caused several human epidemics and pandemics including the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19). Prophylactic vaccines and therapeutic antibodies have already shown striking ...Coronaviruses have caused several human epidemics and pandemics including the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19). Prophylactic vaccines and therapeutic antibodies have already shown striking effectiveness against COVID-19. Nevertheless, concerns remain about antigenic drift in SARS-CoV-2 as well as threats from other sarbecoviruses. Cross-neutralizing antibodies to SARS-related viruses provide opportunities to address such concerns. Here, we report on crystal structures of a cross-neutralizing antibody, CV38-142, in complex with the receptor-binding domains from SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Recognition of the N343 glycosylation site and water-mediated interactions facilitate cross-reactivity of CV38-142 to SARS-related viruses, allowing the antibody to accommodate antigenic variation in these viruses. CV38-142 synergizes with other cross-neutralizing antibodies, notably COVA1-16, to enhance neutralization of SARS-CoV and SARS-CoV-2, including circulating variants of concern B.1.1.7 and B.1.351. Overall, this study provides valuable information for vaccine and therapeutic design to address current and future antigenic drift in SARS-CoV-2 and to protect against zoonotic SARS-related coronaviruses.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A combination of cross-neutralizing antibodies synergizes to prevent SARS-CoV-2 and SARS-CoV pseudovirus infection.
著者: Liu, H. / Yuan, M. / Huang, D. / Bangaru, S. / Lee, C.D. / Peng, L. / Zhu, X. / Nemazee, D. / van Gils, M.J. / Sanders, R.W. / Kornau, H.C. / Reincke, S.M. / Pruss, H. / Kreye, J. / Wu, N.C. ...著者: Liu, H. / Yuan, M. / Huang, D. / Bangaru, S. / Lee, C.D. / Peng, L. / Zhu, X. / Nemazee, D. / van Gils, M.J. / Sanders, R.W. / Kornau, H.C. / Reincke, S.M. / Pruss, H. / Kreye, J. / Wu, N.C. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
H: CV38-142 Fab heavy chain
L: CV38-142 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,14914
ポリマ－73,7963
非ポリマー1,35311
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.997, 71.877, 49.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 CV38-142 Fab heavy chain


分子量: 24068.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 CV38-142 Fab light chain


分子量: 23745.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25982.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus MA15 (SARSコロナウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D2E265
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 603分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di-ammonium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.527→50 Å / Num. obs: 120261 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.251 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.53-1.563.80.79452410.6470.4190.9050.36984.1
1.56-1.584.90.76457350.7380.3670.8520.38591.1
1.58-1.625.70.71858310.7670.3220.790.39893.8
1.62-1.656.50.69159690.8090.2920.7520.39694.7
1.65-1.686.90.61759090.8610.2530.6680.41395.1
1.68-1.726.90.50559550.9060.2060.5470.4495.3
1.72-1.776.80.39160060.9350.1610.4240.47595.6
1.77-1.816.40.30659870.950.130.3340.53595.7
1.81-1.876.30.24259720.9640.1040.2640.62295.9
1.87-1.936.40.20560440.9720.0870.2230.70996.1
1.93-27.10.17160800.9830.0690.1850.84696.6
2-2.087.10.14560630.9870.0580.1571.02496.6
2.08-2.1770.12860650.9890.0520.1381.1997
2.17-2.296.80.11461110.9890.0470.1231.36197.2
2.29-2.436.50.10361260.990.0430.1121.55797.5
2.43-2.626.10.09161500.990.040.11.8697.8
2.62-2.886.50.08261830.9930.0350.092.24597.9
2.88-3.36.90.07262290.9950.030.0782.80198.4
3.3-4.156.40.06262530.9950.0270.0683.28298.8
4.15-5060.05863520.9950.0260.0643.18498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JMW, 2GHV

7jmw

2ghv


解像度: 1.53→49.236 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1922 6011 5 %
Rwork0.1697 114184 -
obs0.1708 120195 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.9 Å2 / Biso mean: 26.9165 Å2 / Biso min: 11.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→49.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 114 593 5575
Biso mean--37.35 36.91 -
残基数----634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.53-1.54450.30381590.2684317680
1.5445-1.56270.24981750.2498346587
1.5627-1.58180.28911680.2456367892
1.5818-1.60180.27441560.2312369993
1.6018-1.62290.25022160.2297371395
1.6229-1.64510.23761970.23382795
1.6451-1.66860.2892040.2466371095
1.6686-1.69350.26341940.2159379295
1.6935-1.720.21921970.2082379195
1.72-1.74820.24311920.193383396
1.7482-1.77830.22782000.1778375196
1.7783-1.81070.21831770.1758383196
1.8107-1.84550.20522180.1775379696
1.8455-1.88320.20792220.1738377596
1.8832-1.92410.22252070.1717381796
1.9241-1.96890.17792210.173382996
1.9689-2.01810.20832240.1691379697
2.0181-2.07270.19612290.1656384497
2.0727-2.13370.20872040.1688384697
2.1337-2.20250.19711890.1653385197
2.2025-2.28120.17631890.1613390697
2.2812-2.37260.19412220.167386997
2.3726-2.48060.18321860.1706394198
2.4806-2.61130.19162120.1721387298
2.6113-2.77490.19012310.1699387998
2.7749-2.98920.1832040.1706394298
2.9892-3.28990.21142090.1709395698
3.2899-3.76580.18281930.1632396699
3.7658-4.74390.15151980.1365396098
4.7439-49.2360.15452180.1545407399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.7987 Å / Origin y: -19.3425 Å / Origin z: -8.1002 Å
111213212223313233
T0.1649 Å20.015 Å2-0.0222 Å2-0.1009 Å20.0009 Å2--0.1015 Å2
L1.7627 °20.2808 °2-0.5938 °2-0.249 °2-0.1266 °2--0.34 °2
S-0.0205 Å °-0.1067 Å °-0.0282 Å °-0.0051 Å °0.0231 Å °0.0224 Å °-0.0025 Å °0.0247 Å °0.0019 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA320 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1allA1501 - 1504
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 216
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 214
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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