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万見
- PDB-7lli: Stimulatory immune receptor protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lli
タイトルStimulatory immune receptor protein complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • T cell receptor delta variable 3
  • T cell receptor gamma variable 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune receptor complex / metabolite immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / T cell receptor complex / immunoglobulin complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / T cell receptor complex / immunoglobulin complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...: / : / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / T cell receptor gamma variable 8 / T cell receptor delta variable 3 / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rice, M.T. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Gully, B.S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL160100049 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP200103462 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Recognition of the antigen-presenting molecule MR1 by a V delta 3 + gamma delta T cell receptor.
著者: Rice, M.T. / von Borstel, A. / Chevour, P. / Awad, W. / Howson, L.J. / Littler, D.R. / Gherardin, N.A. / Le Nours, J. / Giles, E.M. / Berry, R. / Godfrey, D.I. / Davey, M.S. / Rossjohn, J. / Gully, B.S.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
K: T cell receptor gamma variable 8
L: T cell receptor delta variable 3
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
E: T cell receptor gamma variable 8
F: T cell receptor delta variable 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,55010
ポリマ－190,9178
非ポリマー6332
水00
1
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
K: T cell receptor gamma variable 8
L: T cell receptor delta variable 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7755
ポリマ－95,4584
非ポリマー3161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
E: T cell receptor gamma variable 8
F: T cell receptor delta variable 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7755
ポリマ－95,4584
非ポリマー3161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)296.976, 296.976, 122.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "K"
d_1ens_4(chain "F" and resid 3 through 212)
d_2ens_4(chain "L" and resid 3 through 212)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METVALF1 - 263
d_12ens_15OU5OUG
d_21ens_1METVALA1 - 263
d_22ens_15OU5OUB
d_11ens_2ILEASPH1 - 98
d_21ens_2ILEASPC1 - 98
d_11ens_3ARGASPI1 - 237
d_21ens_3ARGASPD1 - 237
d_11ens_4ASPPROJ2 - 211
d_21ens_4ASPPROE1 - 210

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

-
要素

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 T cell receptor gamma variable 8


分子量: 27757.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV8, TCRGV8, TRGV8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DH27
#4: タンパク質 T cell receptor delta variable 3


分子量: 24109.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDV3, hDV103S1, TRDV3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0JD37
#5: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 316.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30-40% PEG 400, 0.1/0.2 HEPES pH 7.5, 0.2M MgCl2 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→88.75 Å / Num. obs: 66481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 73.38 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GUP, 1TVD, 4LFH, 5D5M

4gup

1tvd

4lfh

5d5m


解像度: 3.2→88.75 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 461.7 / 位相誤差: 29.6049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 2008 3.02 %
Rwork0.2438 64427 -
obs0.2528 66435 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→88.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13157 0 44 0 13201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002113567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.608818442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04321961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.56221805
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.991114492504
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.94458005664
ens_3d_2KX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27165784102
ens_4d_2LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.883595791645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.37071430.34674582X-RAY DIFFRACTION95.52
3.28-3.370.30681440.33424586X-RAY DIFFRACTION96.81
3.37-3.470.32151400.31394585X-RAY DIFFRACTION96.93
3.47-3.580.33681420.30074651X-RAY DIFFRACTION96.98
3.58-3.710.31281480.28484588X-RAY DIFFRACTION96.81
3.71-3.860.30651420.28024590X-RAY DIFFRACTION96.98
3.86-4.030.30441430.27514606X-RAY DIFFRACTION96.97
4.03-4.240.24611400.25024617X-RAY DIFFRACTION97.02
4.24-4.510.24521450.22274625X-RAY DIFFRACTION96.96
4.51-4.860.20421410.21114598X-RAY DIFFRACTION96.92
4.86-5.350.24171450.2124590X-RAY DIFFRACTION96.92
5.35-6.120.24191450.23524609X-RAY DIFFRACTION96.89
6.12-7.710.22891420.23654605X-RAY DIFFRACTION96.99
7.71-88.750.25961460.23664597X-RAY DIFFRACTION96.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.658509576 Å / Origin y: 47.7910571246 Å / Origin z: -51.4057284633 Å
111213212223313233
T0.0764215567124 Å2-0.0606533796494 Å2-0.00738533882691 Å2-0.0597269299857 Å2-0.00553104461503 Å2--1.88389136406 Å2
L0.299176969257 °2-0.165753650788 °20.0913779567498 °2-0.111757002396 °2-0.0565206293519 °2--0.265227960123 °2
S0.0914405285812 Å °-0.196054909319 Å °-0.0272080921134 Å °-0.222054431777 Å °-0.0577422374466 Å °0.0304196133829 Å °0.325384319659 Å °-0.236698965273 Å °0.0910538995576 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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