PDB-7ll3: S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ll3

タイトル

S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli 908573 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Tan, L.L. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Substrate Dynamics Contribute to Enzymatic Specificity in Human and Bacterial Methionine Adenosyltransferases.
著者: Gade, M. / Tan, L.L. / Damry, A.M. / Sandhu, M. / Brock, J.S. / Delaney, A. / Villar-Briones, A. / Jackson, C.J. / Laurino, P.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ll3.cif.gz	374.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ll3.ent.gz	258.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ll3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/7ll3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/7ll3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lnhC 7lnnC 7lo2C 7looC 7lowC 7lozC 1p7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lo2-d 1mxb-2 7loz-1 7lnn-1 1mxc-2 7low-1 6sw5-d 1pg4-d 6rkc-1 5xf9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.655, 123.655, 289.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-870- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 41998.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908573 (大腸菌) / 遺伝子: metK, HMPREF1611_00479 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase

分子量: 41998.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli 908573 (大腸菌) / 遺伝子: metK, HMPREF1611_00479 / プラスミド: pET28B / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZE41, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-UNP / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]uridine 分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PPK / (DIPHOSPHONO)AMINOPHOSPHONIC ACID 分子量: 256.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₆NO₉P₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.65 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8% PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→43.98 Å / Num. obs: 63722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.8 % / B_iso Wilson estimate: 67.56 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.24→2.3 Å / Num. unique obs: 4401 / CC_1/2: 0.385

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1p7L

1p7l

解像度: 2.24→43.98 Å / SU ML: 0.3383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	3190	5.02 %
R_work	0.2114	60390	-
obs	0.2126	63580	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→43.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5795	0	77	133	6005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5877	8220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	911
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0495	2246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.27	0.4086	116	0.3798	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.31	0.4117	136	0.341	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.3165	142	0.3044	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.35-2.39	0.3179	147	0.305	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.3565	133	0.2975	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.43-2.48	0.3351	132	0.2839	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.53	0.3264	149	0.2768	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.58	0.3183	144	0.2603	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.64	0.2833	150	0.253	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.64-2.71	0.2977	128	0.2527	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-2.78	0.2663	158	0.2424	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.78-2.86	0.3321	141	0.2406	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-2.96	0.2941	131	0.2475	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.96-3.06	0.2286	135	0.2532	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.18	0.2617	110	0.2459	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.33	0.2888	151	0.2362	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.51	0.262	128	0.2249	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.72	0.2401	129	0.2105	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.73-4.01	0.2118	146	0.1891	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.01-4.42	0.1892	130	0.1763	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.42-5.05	0.1816	152	0.1661	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-6.36	0.2182	174	0.1988	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
6.36-43.98	0.2107	128	0.2016	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.86338282472	-0.881015398944	-0.0427553051901	4.38182693668	0.143969838948	1.07280418522	0.0238580549261	0.40120667132	0.0177590954253	-0.408187664309	-0.438648760424	-0.280003051881	0.0385528777949	0.177140517662	0.392512781294	0.560701050156	0.0751910441928	0.0957684170275	0.672380257918	0.186367356619	0.486660412885	-27.2554138243	40.2196030152	16.6877963716
2	7.14453349447	-6.44506534988	-4.266941163	5.78108417825	3.98531677295	2.60187499765	0.292879805759	0.596765827641	0.302709339627	-0.738251993095	0.0892521454138	-0.765000302664	0.207174867201	-0.181409452375	-0.629247403402	0.933560696419	-0.0165875827476	0.193239107572	0.572940883564	0.110224119162	0.592400232926	-7.72770429723	44.1544967259	6.97567933942
3	2.38443235379	0.442335590078	-0.134170261743	2.02344439163	0.312503339636	1.50490860337	-0.257163287793	-0.108074761205	-0.65656190065	-0.291585845748	0.00384802746594	0.145832560022	0.469180124019	-0.0457166992738	0.239849708087	0.657381059986	0.0664060624601	0.194615500332	0.616877930938	0.218669628017	0.648576733572	-29.0720944422	22.1799251197	26.7587662019
4	2.24545243457	0.402389718988	-1.70743107733	3.1758997204	-0.747650433771	3.30203412171	-0.168946534027	0.229261823807	-0.403414971595	-0.224361139265	0.217140929054	-0.194643044944	0.212085526639	-0.0935424816138	-0.0691334429055	0.786142761184	0.0432538583403	0.250883450378	0.68997213213	0.105065826869	0.681179361896	-8.83903356858	23.3873815287	10.3562193597
5	2.37632920887	-0.869374106493	0.931103720188	4.57110424612	-2.82025053691	5.08134950503	-0.5527055506	0.268111443654	0.584417464205	0.616227430858	-0.500686579672	-0.852011269068	-0.843275684966	0.709618067017	0.409773492909	0.728489798938	-0.115690638717	-0.287894909415	0.852213183529	0.369478423459	0.854180069164	-17.8439612886	49.4372301452	35.9065407098
6	2.54830003121	-2.15828809217	0.664508527132	4.24524579697	-0.40290115038	1.65871170924	-0.0274024055499	0.348963658984	0.62012816293	-0.124440923352	-0.69605491699	-1.72664739934	0.0285494876552	0.951581997937	0.272547114727	0.473208244683	0.0302292019082	0.097895945115	1.28138559245	0.666427485948	1.24051550847	-3.45796621085	33.9115336179	35.2665822108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 259 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 260 through 382 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 383 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)