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- PDB-7lkq: The PilZ(delta107-117)-FimX(GGDEF-EAL) complex from Xanthomonas citri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lkq
タイトルThe PilZ(delta107-117)-FimX(GGDEF-EAL) complex from Xanthomonas citri
要素
  • FimX(GGDEF-EAL)
  • Type IV fimbriae assembly protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Type IV pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-di-GMP binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase ...predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / CheY-like superfamily / PAS domain / PAS domain superfamily / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / PAS domain S-box protein / Type IV fimbriae assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Llontop, E.E. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/17303-7 ブラジル
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: The PilB-PilZ-FimX regulatory complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citri.
著者: Llontop, E.E. / Cenens, W. / Favaro, D.C. / Sgro, G.G. / Salinas, R.K. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FimX(GGDEF-EAL)
B: Type IV fimbriae assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2189
ポリマ－59,0232
非ポリマー1,1957
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type IV fimbriae assembly protein
ヘテロ分子

A: FimX(GGDEF-EAL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2189
ポリマ－59,0232
非ポリマー1,1957
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.100, 96.100, 146.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 FimX(GGDEF-EAL)


分子量: 47794.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FimX residues 255-689 (contains both GGDEF and EAL domains) preceeded by 21 residue N-terminal sequence containing 6XHis-tag. No electron density observed for GGDEF domain.
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC2398 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PJX9
#2: タンパク質 Type IV fimbriae assembly protein


分子量: 11228.033 Da / 分子数: 1
Mutation: lacking residues 107-117 compared to the native protein
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PilZ residues 1-106 (lacking residues 107-117)
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: pilZ, XAC1133 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PND9
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 mg/ml protein, 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 9964 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 95.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.4→3.74 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2287 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FOU

4fou


解像度: 3.4→49.79 Å / SU ML: 0.4971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.0654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 499 5.01 %
Rwork0.2436 9462 -
obs0.2454 9961 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2655 0 72 0 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1843814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8583992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.740.38651210.25422287X-RAY DIFFRACTION99.92
3.74-4.280.26711400.21652309X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.390.2381250.21652356X-RAY DIFFRACTION99.96
5.39-49.790.28811130.26982510X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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