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- PDB-7lkm: The PilB(N-terminal_P70S mutant)-PilZ complex of the Type IV pilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lkm
タイトルThe PilB(N-terminal_P70S mutant)-PilZ complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citri
要素
  • Pilus biogenesis protein
  • Type IV fimbriae assembly protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Type IV pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / cyclic-di-GMP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / PilZ domain / PilZ domain / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pilus biogenesis protein / Type IV fimbriae assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Llontop, E.E. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/17303-7 ブラジル
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: The PilB-PilZ-FimX regulatory complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citri.
著者: Llontop, E.E. / Cenens, W. / Favaro, D.C. / Sgro, G.G. / Salinas, R.K. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilus biogenesis protein
B: Pilus biogenesis protein
C: Type IV fimbriae assembly protein
D: Type IV fimbriae assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0249
ポリマ－62,5434
非ポリマー4805
水7,981443
1
A: Pilus biogenesis protein
C: Type IV fimbriae assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5605
ポリマ－31,2722
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pilus biogenesis protein
D: Type IV fimbriae assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4644
ポリマ－31,2722
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.063, 122.408, 62.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 10 or resid 12 through 46...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 10 and (name N or name...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 10 through 15 or (resid 16...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 10 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISHISA2
d_12ens_1ILEGLNA5 - 39
d_13ens_1PHEHISA41 - 88
d_14ens_1VALASNA90 - 98
d_15ens_1LEUILEA101 - 117
d_16ens_1HISTHRA122 - 123
d_17ens_1LEUSERA125 - 153
d_21ens_1HISHISB1
d_22ens_1ILEGLNB4 - 38
d_23ens_1PHEHISB41 - 88
d_24ens_1VALASNB91 - 99
d_25ens_1LEUILEB101 - 117
d_26ens_1HISTHRB120 - 121
d_27ens_1LEUSERB124 - 152
d_11ens_2ILEASPC3 - 10
d_12ens_2PROMETC13 - 111
d_21ens_2ILEASPD2 - 9
d_22ens_2PROMETD11 - 109

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999413651728, -0.0176144565573, 0.0293612612036), (-0.0187105784826, -0.437203362327, -0.899168023354), (0.0286751982054, -0.89919016392, 0.436617432219)-52.3140021881, 57.1164020978, 38.3743069698
2given(-0.999706384388, 0.0240472590979, -0.00297898380836), (-0.00710793277323, -0.408561079593, -0.91270330422), (-0.0231651096769, -0.912414145863, 0.408612045982)-51.3548097329, 58.0941593085, 37.0166822777

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要素

#1: タンパク質 Pilus biogenesis protein


分子量: 18828.232 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 12-163 / 変異: P70S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expressed with an N-terminal His tag
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: pilB, XAC3239 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PHL2
#2: タンパク質 Type IV fimbriae assembly protein


分子量: 12443.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: pilZ, XAC1133 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PND9
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5; 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28 Å / Num. obs: 44979 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 4457

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PilB-PilZ_SeMet_Model

解像度: 2→28 Å / SU ML: 0.2587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.8292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 1935 4.94 %
Rwork0.1791 37220 -
obs0.1815 39155 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3863 0 25 443 4331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01044052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50035524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6593560
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.30658820501
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.788191403179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.32731410.262692X-RAY DIFFRACTION99.58
2.05-2.110.30291370.23722608X-RAY DIFFRACTION99.75
2.11-2.170.30041370.22362675X-RAY DIFFRACTION99.68
2.17-2.240.26651130.21122649X-RAY DIFFRACTION99.28
2.24-2.320.24961340.20072672X-RAY DIFFRACTION99.57
2.32-2.410.26361060.19042653X-RAY DIFFRACTION99.57
2.41-2.520.24711470.19062645X-RAY DIFFRACTION99.64
2.52-2.650.25011240.19012654X-RAY DIFFRACTION99.46
2.65-2.820.23491350.19312672X-RAY DIFFRACTION99.61
2.82-3.040.24231490.17952643X-RAY DIFFRACTION99.86
3.04-3.340.21931530.17622652X-RAY DIFFRACTION99.86
3.34-3.820.21841640.15162652X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-4.810.17431420.13972668X-RAY DIFFRACTION99.96
4.81-28.030.18811530.16752685X-RAY DIFFRACTION99.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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