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- PDB-7lk0: Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its potent i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lk0
タイトルOrnithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its potent inhibitor - (S)-3-amino-4,4-difluorocyclopent-1-enecarboxylic acid (SS-1-148)
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Ornithine Aminotransferase / OAT / aminotransferase / inhibitor / inactivator / SS-1-148
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y3D / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Butrin, A. / Shen, S. / Liu, D. / Silverman, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Turnover and Inactivation Mechanisms for ( S )-3-Amino-4,4-difluorocyclopent-1-enecarboxylic Acid, a Selective Mechanism-Based Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase.
著者: Shen, S. / Butrin, A. / Doubleday, P.F. / Melani, R.D. / Beaupre, B.A. / Tavares, M.T. / Ferreira, G.M. / Kelleher, N.L. / Moran, G.R. / Liu, D. / Silverman, R.B.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6986
ポリマ－134,5813
非ポリマー1,1173
水10,485582
1
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4654
ポリマ－89,7212
非ポリマー7452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-y,-x,-z-1/31
Buried area10370 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
2
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4654
ポリマ－89,7212
非ポリマー7452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
Buried area10380 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
3
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4654
ポリマ－89,7212
非ポリマー7452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-2/31
Buried area10350 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.707, 192.707, 56.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

21A-642-

HOH

31B-675-

HOH

41C-647-

HOH

51C-664-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-Y3D / (1R,3S)-3-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]-4-oxocyclopentane-1-carboxylic acid


分子量: 372.267 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: OAT was buffer exchanged into crystallization buffer (50 mM Tricine pH 7.8) supplied with 1 mM 2-ketoglutarate. Then the protein was concentrated to 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 uL of ...詳細: OAT was buffer exchanged into crystallization buffer (50 mM Tricine pH 7.8) supplied with 1 mM 2-ketoglutarate. Then the protein was concentrated to 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 uL of protein solution was mixed with an equal volume of well solution and 0.5 uL of 10 mM SS-1-148. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 10% PEG 6000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 100 mM Tricine pH 7.8.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.955→48.18 Å / Num. obs: 79187 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.955→1.989 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3113 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.604 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat


解像度: 1.96→48.18 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 3853 4.91 %
Rwork0.247 74630 -
obs0.248 78483 90.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.25 Å2 / Biso mean: 36.934 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9432 0 75 582 10089
Biso mean--30.36 33.12 -
残基数----1207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.96-1.980.3511090.32092006211568
1.98-20.3509990.28332334243380
2-2.030.291240.29442345246979
2.03-2.060.2952920.28752393248582
2.06-2.090.289970.27532420251782
2.09-2.120.31161280.27762360248880
2.12-2.150.31741410.26542217235877
2.15-2.190.30081280.26192470259884
2.19-2.220.28321310.24752528265988
2.22-2.270.2761430.26332574271787
2.27-2.310.29771340.24572654278891
2.31-2.360.27871170.24872698281591
2.36-2.410.3121300.252734286493
2.41-2.460.29181460.23742771291794
2.46-2.520.27291400.22672799293996
2.52-2.590.2581480.22432787293595
2.59-2.670.27011590.23652874303398
2.67-2.760.26761480.23572874302298
2.76-2.850.26871510.23442888303999
2.85-2.970.27511630.240729053068100
2.97-3.10.27111480.24442919306799
3.1-3.270.26171320.24182935306799
3.27-3.470.24661960.23682860305699
3.47-3.740.22871340.2322935306999
3.74-4.120.23161670.22092862302998
4.12-4.710.2531470.2292888303597
4.71-5.930.25751460.25922912305898
5.94-48.180.26731550.27932688284389
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52690.128-0.29650.7057-0.08310.1595-0.06570.13080.0131-0.1560.21510.4165-0.0375-0.36470.1181-0.02580.0271-0.0060.3440.19570.438850.8826-46.4853-12.7434
20.32480.0392-0.25611.5624-0.50440.89170.1227-0.05290.16270.1708-0.0852-0.1823-0.1027-0.0189-0.01040.1011-0.0060.03280.15460.05110.012776.374-45.14910.7559
30.81760.0197-0.28960.8254-0.26050.68140.0038-0.08-0.02240.3098-0.0040.1037-0.1321-0.0319-0.04840.17340.0010.01190.13760.05610.056870.3664-51.619.141
41.50310.3234-0.00211.0246-0.75941.09640.0554-0.0815-0.21150.09150.13310.22150.008-0.2721-0.08750.08760.03910.05940.19860.04460.234959.7222-49.66222.3872
50.6672-0.3421-0.39560.8004-0.17372.14510.0179-0.0045-0.2845-0.09210.19750.31840.34-0.36040.09610.0713-0.0676-0.02040.33150.11680.445348.1061-61.1528-4.8107
60.7041-0.5391-0.20421.66370.27261.55950.30850.04060.6122-0.4039-0.1429-0.0147-0.36190.3336-0.20640.4452-0.01140.21130.52040.0160.657627.1919-73.5953-7.9459
70.48680.0773-0.41080.90390.07560.80990.07120.04810.25020.25490.0817-0.34070.0262-0.0093-0.15960.3178-0.09440.00570.49-0.09030.687537.1828-92.51339.9999
80.5335-0.5321-0.05530.53690.17520.67810.01220.09030.00460.02410.06340.4650.1204-0.1158-0.03890.3673-0.04230.08240.4145-0.01130.68310.4765-99.49168.8346
91.0667-0.0472-0.23851.4456-0.30420.6982-0.28410.0078-0.09360.00190.1145-0.17910.3133-0.23770.17620.4793-0.02330.1160.3691-0.00420.665111.3277-93.296119.0934
100.64590.1665-0.84161.3761-0.01151.11290.0822-0.00020.2580.08680.15030.0372-0.1518-0.0902-0.21680.3713-0.08290.07240.4624-0.06360.686423.4464-83.761913.533
111.0361-0.05340.34911.1376-0.09992.30590.3402-0.0613-0.08860.12130.0760.3762-0.4501-0.4849-0.41660.4827-0.05360.29190.5882-0.01190.978119.3768-66.70794.7133
121.5859-0.01040.1531.0585-0.21521.32790.27540.0552-0.47530.0316-0.0981-0.04160.47480.2025-0.15420.44950.0391-0.14530.5122-0.02570.52047.1758-41.9018-16.8051
132.00310.10790.35690.69350.21340.9260.0824-0.02830.36270.011-0.0968-0.18-0.0088-0.24660.02340.26230.02540.00630.3911-0.020.49374.8612-14.9254-9.9703
141.121-0.35920.31431.9809-0.19960.99520.1003-0.4094-0.06350.0379-0.13860.0459-0.08760.12840.06760.2702-0.0280.00830.5198-0.03920.45319.9175-18.79380.1483
151.377-0.14640.92031.79530.57871.78590.24180.02660.0280.1085-0.101-0.24860.33360.1513-0.12190.3540.0136-0.06070.43510.03790.469212.1096-34.0364-5.4421
161.75310.6468-1.02610.46140.04471.41720.21440.1530.25760.05190.12490.07210.2210.3116-0.31930.44780.1794-0.13760.6529-0.00430.693628.9521-39.014-14.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 106 )A38 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 220 )A107 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 295 )A221 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 296 through 389 )A296 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 390 through 439 )A390 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 82 )B38 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 83 through 141 )B83 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 142 through 220 )B142 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 221 through 263 )B221 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 264 through 389 )B264 - 389
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 390 through 439 )B390 - 439
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 37 through 141 )C37 - 141
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 142 through 220 )C142 - 220
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 221 through 263 )C221 - 263
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 264 through 389 )C264 - 389
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 390 through 439 )C390 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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