PDB-7ljo: Structure of the Bacteroides fragilis CD-NTase CdnB in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljo

タイトル

Structure of the Bacteroides fragilis CD-NTase CdnB in complex with ADP

要素

CD-NTase

キーワード

TRANSFERASE / cGAMP / CD-NTase / CBASS

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Govande, A. / Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of CD-NTase nucleotide selection in CBASS anti-phage defense.
著者: Govande, A.A. / Duncan-Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ljo.cif.gz	167.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ljo.ent.gz	108.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ljo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ljo_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ljo_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7ljo_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	7ljo_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ljlC 7ljmC 7ljnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nhc-4 1ib4-2 3s95-1 6p82-4 6d6d-d 6d6c-6 6p82-1 1hg2-d 2iic-3 4gbj-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.373, 69.610, 92.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	CD-NTase 分子量: 39037.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: M075_1299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A016JNT0
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 10 mM TCEP-HCl, not adjusted for pH, 22% PEG-3350 / PH範囲: 3.5-5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→46.86 Å / Num. obs: 41249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2272 / CC_1/2: 0.364 / R_pim(I) all: 0.836

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model of the selenomethionine substituted protein, determined using SAD phasing

解像度: 1.76→46.86 Å / SU ML: 0.1547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5644
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1948	1999	4.87 %
R_work	0.1782	39081	-
obs	0.179	41080	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→46.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2356	0	55	349	2760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7869	3346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	425
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9056	934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8	0.2986	136	0.3006	2663	X-RAY DIFFRACTION	96.15
1.8-1.85	0.3285	139	0.2487	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.85-1.91	0.2421	140	0.2135	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2461	143	0.2044	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.04	0.2171	142	0.1901	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.04-2.12	0.2361	142	0.1775	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.22	0.1957	140	0.1695	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.33	0.1971	143	0.1658	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.33-2.48	0.1695	143	0.1697	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.67	0.1954	143	0.1839	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.67-2.94	0.205	144	0.1801	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.94-3.37	0.2179	145	0.1803	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.37-4.24	0.1843	146	0.1643	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-46.86	0.1474	153	0.1686	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.00294855291951	-0.073681162165	0.0571091948934	1.47565961144	0.937045100961	1.35115291471	-0.0482116891217	0.0180974928465	0.00746048151814	-0.297368188172	0.0237028755622	-0.000266762126675	-0.27641998789	0.102502118588	-8.37977936073E-5	0.23973326207	-0.0155905239005	0.0117407933925	0.219036668504	0.0177929393273	0.190604616214	32.7681058476	24.2937797633	20.212427167
2	1.04692631199	0.436312042428	-0.275886927949	2.30248452667	0.718017818258	2.12431532117	0.0214030035941	-0.0234313225131	-0.0180609600234	-0.0609948324436	-0.0329990544145	0.351024695696	-0.247912169228	-0.130175974399	-0.00441911770483	0.236859608093	0.0172083291751	-0.00485887674027	0.191877988799	-0.00351345339128	0.234754904735	25.983108035	14.5628464015	16.150032598
3	0.191298886889	0.240428899275	-0.0719996487035	0.57905975583	0.0708379232524	0.11316097404	0.0429533592395	0.186764987505	0.00389094481001	-0.0654325436356	-0.0964929260376	0.212132502574	-0.0982100517532	0.0580654944312	9.75357601957E-5	0.212991019029	0.0162075223198	-0.020458451632	0.239637598445	0.00394955456925	0.254335568237	26.8461863494	29.4164220106	34.2368219591
4	1.33205664735	0.368022029488	-0.193946048768	1.48082455327	-0.233447581672	1.16569810814	-0.0844562512367	-0.10697425627	-0.115170859575	0.0725415111249	0.0440617567598	0.0220351580999	0.0279629292274	-0.0277617560624	-3.79426619265E-5	0.184149132297	0.022390953978	0.00759736073932	0.207109714762	0.0259434314551	0.186733098413	30.4928350755	23.0858119732	45.2739251859

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 85 )	1 - 85	1 - 85
2	2	chain 'A' and (resid 86 through 152 )	86 - 152	86 - 152
3	3	chain 'A' and (resid 153 through 184 )	153 - 184	153 - 184
4	4	chain 'A' and (resid 185 through 290 )	185 - 290	185 - 290

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