PDB-7ljn: Structure of the Bradyrhizobium diazoefficiens CD-NTase CdnG in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljn

タイトル

Structure of the Bradyrhizobium diazoefficiens CD-NTase CdnG in complex with GTP

要素

CD-NTase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / CBASS

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Govande, A. / Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of CD-NTase nucleotide selection in CBASS anti-phage defense.
著者: Govande, A.A. / Duncan-Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7ljn.ent.gz	478 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ljn_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ljn_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	7ljlC 7ljmC 7ljoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ubw-d 7ljn-4 2r7i-1 5i3r-2 4nj3-d 3bhh-4 5qcx-1 6zgw-1 3ceg-2 5yib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase

B: CD-NTase

C: CD-NTase

D: CD-NTase

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.996, 68.687, 112.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.405, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	CD-NTase 分子量: 46288.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌) 遺伝子: blr0072 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89Y83
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2038 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.032 M Sodium Citrate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% w/v PEG-5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.94 Å / Num. obs: 212025 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.42 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 9553 / CC_1/2: 0.761 / R_pim(I) all: 0.326

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model of the selenomethionine substituted protein, determined using SAD phasing

解像度: 1.6→37.94 Å / SU ML: 0.165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5361
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	2018	0.95 %
R_work	0.1972	209960	-
obs	0.1974	211978	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10660	0	132	2038	12830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	11037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8564	15042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.8998	4170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2704	134	0.2294	14017	X-RAY DIFFRACTION	93.36
1.64-1.68	0.241	141	0.219	15033	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.68-1.73	0.2353	147	0.2246	15003	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.73-1.79	0.2357	142	0.2109	14983	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.79-1.85	0.2271	148	0.2018	15036	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.85-1.93	0.2143	142	0.1949	15024	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.93-2.01	0.217	144	0.1994	15015	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.01-2.12	0.2064	145	0.1992	15020	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.12-2.25	0.228	145	0.1956	15010	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.25-2.43	0.2368	147	0.1997	15121	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.43-2.67	0.2167	143	0.205	15067	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.67-3.06	0.217	145	0.2025	15089	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.06-3.85	0.2209	145	0.1879	15211	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.85-37.94	0.1907	150	0.1834	15331	X-RAY DIFFRACTION	98.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.105691885254	0.024735587162	0.0093283404142	0.0637442088291	0.102703961915	0.152100599637	-0.0600694061702	-0.124705279553	0.165683240448	0.206969228315	-0.0350804807617	-0.131678753216	-0.159841891852	-0.0553457609071	-0.0292644483953	0.176513161914	0.0102667010917	-0.0376282114681	0.130500443347	-0.0253033645871	0.203918008346	-15.4103419717	25.2420774197	-2.49229754368
2	0.185550363575	-0.0253684019645	-0.0184333029335	0.11333842308	0.00619885981384	-0.00657174487038	0.110445451436	0.144193102019	0.102306958076	0.0304146559819	-0.0622398196285	-0.457256828092	-0.0344580991102	0.225250805077	-0.00870231523919	0.158449080057	0.0252195616984	-0.0135049946857	0.165271530555	0.000428927228855	0.159972398002	-6.37577773579	-1.6683541098	-3.40678837275
3	0.14878956054	-0.085026713873	0.290984419878	0.230870955975	0.00913050179621	0.585951995451	0.0560700718189	0.0536794356022	-0.0345979378907	0.00832220222533	0.0170245046616	-0.0672373282934	-0.0231725677626	0.0789902315595	0.106611540605	0.0913393146401	0.0178161651598	-0.0021258834545	0.124351399585	-4.56198547202E-5	0.131669438737	-12.5890160546	-1.49614606925	-8.78615129592
4	0.162713901987	-0.048300631281	0.0691186340892	0.748611236927	0.55675626211	0.617340022148	0.0698789613855	-0.0145989575667	-0.082723026132	0.0708589853045	-0.085179880468	0.0459075456326	0.0806937361486	-0.126048994772	0.00600810378176	0.120702847316	-0.00993912901878	0.00102734265865	0.133075973054	-0.0214324375459	0.122805519984	-15.8186331502	-7.30410655587	-11.2314411174
5	0.274330096502	-0.302512563232	-0.0153366890313	0.350443621617	-0.0924825380339	0.379215451657	0.0389700946424	0.0476457232707	0.0198452829518	-0.193990451119	-0.134981035231	0.0800167693497	-0.0254982107255	0.000519147424824	-0.0398056846795	0.12412561424	0.00481696113971	-0.00136141684275	0.152987461444	-0.0072398265336	0.13419397428	-15.2922390373	4.07251537745	-20.9001053938
6	0.536606504585	0.13443119958	0.473535130631	0.263285992641	-0.0263730679434	0.380622297816	-0.0291839757187	0.061915273205	0.126170952514	-0.0366514612529	-0.150809568858	-0.0522456296198	-0.0369833538619	0.122334657722	-0.000211084282117	0.161285495508	-0.0265136478656	-0.0259872049709	0.182014082153	0.0178553270642	0.204164148153	-2.73856104669	20.5182486873	-2.81443795568
7	0.348112569485	-0.292355274584	0.00515798752091	0.246503110645	0.254771455353	0.493009921418	-0.0352817610202	0.0302220435622	0.159007820256	0.0399114709292	0.0318242901779	0.0264299001557	-0.0727868194387	0.000400769846196	-0.0145930466025	0.121109307863	-0.00370999437296	-0.00753607157098	0.11712959378	0.00763459394936	0.131764230156	-22.7641018238	15.8199225475	-13.1033601788
8	0.222967649484	-0.0337109872153	-0.107676639483	0.173997528664	0.065912950464	0.363621417908	-0.164774608642	0.175228394782	0.0723833371126	-0.0881792585919	0.187163658273	0.0261786245128	-0.184937036256	0.167898917808	0.0297594335928	0.160109813964	-0.030019228582	-0.0188138079391	0.108168726414	0.0430968427141	0.164711246182	-27.23020535	22.5483624352	-21.0734790458
9	0.483629414617	-0.143566740833	-0.220287431718	0.175117767086	0.10391836108	0.0882229101991	0.0711852762765	0.351369547713	0.0150917546028	-0.118735193409	0.0218192726055	0.0731006290463	0.111184990042	-0.103425773436	0.00149377875526	0.142098637756	0.00629902512272	-0.0156963941986	0.169060162713	-0.00784711900554	0.146608033853	-26.0789073544	7.02297063947	-25.1264553781
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31	0.174252074509	-0.187985597603	0.145356357104	0.270426093032	0.000734838498926	0.112343771965	-0.0234504062135	0.0373711547316	0.130678311193	0.0951463491261	-0.0377057365346	0.0484149234312	-0.141028467619	-0.0280217951968	-0.0764661722178	0.143497549372	-0.016627572975	0.0132303797268	0.167447838292	0.020460676603	0.170205842172	20.656374184	50.0939233329	-34.7685525208
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35	0.253264739182	-0.1072554285	0.360187497468	0.19927560592	0.0851064730086	0.474006358676	0.152395294261	0.404864643232	-0.288230640753	-0.148010722496	-0.071368315158	-0.00563130758371	0.203218975582	0.147625289279	0.0649952149577	0.183991387761	0.0386730923271	-0.0150703614565	0.24389046378	-0.0633198027334	0.138119384996	20.7068647733	30.0331153954	-49.6936906782
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37	0.31765447542	-0.0115459395538	-0.0434208484987	0.165131018609	0.16840410411	0.249527215337	0.0481167236635	-0.166231964834	-0.233406311631	0.148482519979	0.0826586621479	-0.0437408750595	0.414523633717	0.0686323820204	0.00625916597854	0.17717633013	0.039806897892	0.000148938205846	0.138262574288	0.0108641678412	0.141651707559	29.6132716614	28.7185742977	-20.6033410694
38	0.0312008568534	0.0127880470616	0.0108108336683	0.249204517463	0.127003411986	0.320846374239	0.109392765714	-0.303508550287	0.293994257804	0.13331326785	0.0389650603128	-0.0772539557258	-0.239779140454	0.280300262752	0.0835264759451	0.166932352814	-0.00718108436502	-0.00685857421225	0.178688254619	-0.0018056535673	0.12766108476	32.8371398145	44.8497273974	-20.0169783014
39	0.194071566034	0.0879821253912	0.0645906843548	0.0796286792808	-0.0198335655221	0.252259702982	0.0718495950094	-0.138983322013	-0.200956817662	0.206497926736	-0.00604446102316	-0.0860672328584	0.240265828766	0.0454284349799	0.00424821214588	0.169642037972	0.00343199959246	0.00689999405146	0.182735408368	0.0286266615632	0.155968307527	21.6160931694	29.3479270558	-16.7023159293
40	0.258055715815	0.218225396011	0.0685245680075	0.33136859786	-0.10585787741	0.397324640609	0.0125128072594	0.165601793205	-0.570633020172	-0.414485814077	0.101031788801	0.456883758189	0.546842740969	-0.217629965628	0.00331289675923	0.309911866969	-0.0664634436113	-0.0221149144431	0.255664623151	0.0189310249059	0.383563746838	8.67846690522	23.5381059234	-30.5849225771

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 15 through 35 )	A	A	15 - 35	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 53 )	A	A	36 - 53	22 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 54 through 87 )	A	A	54 - 87	40 - 73
4	4	chain 'A' and (resid 88 through 153 )	A	A	88 - 153	74 - 139
5	5	chain 'A' and (resid 154 through 189 )	A	A	154 - 189	140 - 168
6	6	chain 'A' and (resid 190 through 226 )	A	A	190 - 226	169 - 205
7	7	chain 'A' and (resid 227 through 269 )	A	A	227 - 269	206 - 248
8	8	chain 'A' and (resid 270 through 291 )	A	A	270 - 291	249 - 270
9	9	chain 'A' and (resid 292 through 314 )	A	A	292 - 314	271 - 293
10	10	chain 'A' and (resid 315 through 336 )	A	A	315 - 336	294 - 315
11	11	chain 'A' and (resid 337 through 367 )	A	A	337 - 367	316 - 342
12	12	chain 'B' and (resid 19 through 53 )	B	B	19 - 53	1 - 35
13	13	chain 'B' and (resid 54 through 102 )	B	B	54 - 102	36 - 84
14	14	chain 'B' and (resid 103 through 136 )	B	B	103 - 136	85 - 118
15	15	chain 'B' and (resid 137 through 153 )	B	B	137 - 153	119 - 135
16	16	chain 'B' and (resid 154 through 189 )	B	B	154 - 189	136 - 164
17	17	chain 'B' and (resid 190 through 226 )	B	B	190 - 226	165 - 201
18	18	chain 'B' and (resid 227 through 269 )	B	B	227 - 269	202 - 244
19	19	chain 'B' and (resid 270 through 291 )	B	B	270 - 291	245 - 266
20	20	chain 'B' and (resid 292 through 314 )	B	B	292 - 314	267 - 289
21	21	chain 'B' and (resid 315 through 367 )	B	B	315 - 367	290 - 335
22	22	chain 'C' and (resid 15 through 35 )	C	C	15 - 35	1 - 21
23	23	chain 'C' and (resid 36 through 153 )	C	C	36 - 153	22 - 139
24	24	chain 'C' and (resid 154 through 226 )	C	C	154 - 226	140 - 206
25	25	chain 'C' and (resid 227 through 269 )	C	C	227 - 269	207 - 249
26	26	chain 'C' and (resid 270 through 314 )	C	C	270 - 314	250 - 294
27	27	chain 'C' and (resid 315 through 336 )	C	C	315 - 336	295 - 316
28	28	chain 'C' and (resid 337 through 364 )	C	C	337 - 364	317 - 337
29	29	chain 'D' and (resid 16 through 53 )	D	D	16 - 53	1 - 38
30	30	chain 'D' and (resid 54 through 75 )	D	D	54 - 75	39 - 60
31	31	chain 'D' and (resid 76 through 102 )	D	D	76 - 102	61 - 87
32	32	chain 'D' and (resid 103 through 136 )	D	D	103 - 136	88 - 121
33	33	chain 'D' and (resid 137 through 153 )	D	D	137 - 153	122 - 138
34	34	chain 'D' and (resid 154 through 189 )	D	D	154 - 189	139 - 167
35	35	chain 'D' and (resid 190 through 226 )	D	D	190 - 226	168 - 204
36	36	chain 'D' and (resid 227 through 269 )	D	D	227 - 269	205 - 247
37	37	chain 'D' and (resid 270 through 291 )	D	D	270 - 291	248 - 269
38	38	chain 'D' and (resid 292 through 314 )	D	D	292 - 314	270 - 292
39	39	chain 'D' and (resid 315 through 335 )	D	D	315 - 335	293 - 313
40	40	chain 'D' and (resid 336 through 367 )	D	D	336 - 367	314 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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