PDB-7ljl: Structure of the Enterobacter cloacae CD-NTase CdnD in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljl

タイトル

Structure of the Enterobacter cloacae CD-NTase CdnD in complex with ATP

要素

Cyclic AMP-AMP-GMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / CBASS / trinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Govande, A. / Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.W. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of CD-NTase nucleotide selection in CBASS anti-phage defense.
著者: Govande, A.A. / Duncan-Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ljl.cif.gz	521.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ljl.ent.gz	357.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ljl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljl	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	7ljm-1 7jhk-2 4oki-d 5u9z-1 5hxw-6 2y4l-1 3pu3-2 7d4o-1 6csj-8 5j8i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase

B: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

89.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.074, 101.372, 68.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.611, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cyclic AMP-AMP-GMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase038 分子量: 43394.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: cdnD02, P853_02262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0DSP4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5, 19 to 21% PEG-1000, MgCl2, ATP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→38.87 Å / Num. obs: 140248 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 19.75 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6821 / CC_1/2: 0.619 / R_pim(I) all: 0.558

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model of the selenomethionine substituted protein, determined using SAD phasing

解像度: 1.45→38.87 Å / SU ML: 0.1348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0941
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1652	2044	1.46 %
R_work	0.152	138050	-
obs	0.1522	140094	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5615	0	156	806	6577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	5910
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0422	8045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0719	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1020
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5593	2197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.48	0.2592	138	0.2582	8964	X-RAY DIFFRACTION	97.63
1.48-1.52	0.2438	129	0.2281	9246	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.52-1.56	0.2277	130	0.205	9182	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.56-1.61	0.2288	142	0.1939	9195	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.61-1.66	0.2079	127	0.186	9230	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.66-1.72	0.2097	132	0.1763	9149	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.72-1.79	0.1977	140	0.1691	9248	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.79-1.87	0.1863	144	0.1601	9194	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.87-1.97	0.1739	131	0.1519	9240	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.97-2.09	0.174	131	0.1466	9221	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.09-2.25	0.1492	143	0.141	9179	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.25-2.48	0.1422	141	0.1346	9132	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.48-2.84	0.1535	134	0.1382	9293	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.84-3.57	0.1365	139	0.146	9283	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.57-38.87	0.1661	143	0.1467	9294	X-RAY DIFFRACTION	98.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.480320927496	0.21395948639	-0.0942302201268	0.247952151443	0.0936398569467	0.182431706374	-0.0683689925911	0.132692237313	0.122798166221	-0.0383068658468	0.030518834082	-0.29437170623	0.0582361221218	0.150792203401	-6.44486714367E-5	0.176523286147	0.0304498698587	0.0189279038511	0.271922012645	-0.0213016884073	0.202510507885	31.877037264	30.7551777039	9.30539350582
2	1.06574314558	-0.0252225556702	0.311722676582	0.15706114765	-0.123329674279	0.867673480255	0.0165139686324	0.269552596677	0.0254120388021	-0.0454467614444	-0.0250931798936	0.0257767674555	-0.0268540558556	0.0467592915361	-7.32740249443E-5	0.172572825242	-0.00143732252605	0.00104580352542	0.206726831646	-0.0019639966713	0.166835792552	14.6574736606	39.8265089243	6.12499466543
3	0.70465304375	-0.231587179807	0.0899067791815	0.634002991153	-0.155084371401	0.828185171763	-0.0287669948536	0.00103169992348	0.0145761892176	0.0357426429041	0.0280830839879	-0.0279267017058	0.021802590827	0.0646334223142	4.82033369613E-6	0.15752167966	-0.000850012443671	0.000278842926804	0.145548528515	-0.020026032176	0.160806938376	21.3198299398	32.0013581928	22.7893373517
4	0.195105909272	0.187257465006	0.0256202914936	0.443622220461	-0.0285735463106	0.613460003512	-0.187155262669	0.0590089029354	-0.417537497348	-0.00666305101965	0.0823262726822	-0.0148520028846	0.456467528789	0.156294803038	-0.015119524932	0.318219938522	0.0945452889545	0.0262046871604	0.187831659239	-0.00431822675056	0.272926593814	30.2182539322	9.04662633268	21.6711033949
5	0.051837514758	0.0873669805719	-0.11939616782	0.223649425255	-0.137629984816	0.739892347089	-0.0342293160792	-0.358256844034	0.189386972147	0.450907386482	0.0849215989489	0.311297634591	0.0732898584165	-0.373374176094	0.144447931369	0.321554062057	0.132044727197	0.0368854354371	0.339384381889	-0.0733970315223	0.287310869564	41.9843568406	57.6713068985	10.9808250471
6	0.706961629695	0.0502643411993	0.215303248303	0.491958601804	0.325990804635	0.954791794982	0.0394972196813	0.0814604547155	-0.0304762810313	0.00841644836715	-0.050573134162	0.0216632078243	0.0530466616321	-0.265680843109	2.49972364197E-5	0.172621063277	0.0057930281413	0.00286961322239	0.262215961788	0.0180160390534	0.158941778334	44.472203352	35.9983006764	-12.2826718733
7	0.184576871339	0.169949657475	0.134383752086	0.135004339647	0.0941949436574	0.21154933684	0.01549067767	-0.0610848911986	-0.180185713511	0.221057937944	-0.00527215090721	0.00397598087897	0.242891153604	-0.161011272775	-0.000165273922654	0.250513337944	-0.0121367419362	-0.0025236143495	0.239850476462	0.0472181133392	0.246666788624	50.7322967704	28.7878727621	0.166627633871
8	0.202638308774	0.0656650687491	0.130549360224	0.130874667606	0.000858048531552	0.169581407002	-0.0958087907587	-0.611851627149	-0.0997005925799	0.307483002236	0.0511396746812	-0.0551037533881	0.163232291172	-0.0964100171528	-0.0221717106963	0.315988430468	0.0174456390757	0.0107260598964	0.330154345905	0.089379344338	0.217322343547	52.5210846919	30.6312028795	9.26460426913
9	0.440963813636	-0.022670026672	0.213901429854	0.45320028285	0.255781333436	0.257457382999	0.00390969054698	0.0116950653128	0.0254336485571	0.00315237492952	0.0933244620179	-0.068529747355	-0.0458761493552	0.0672805330416	7.85201884588E-5	0.176015743887	0.0134322308076	0.0039293276454	0.172580635475	0.0185054992559	0.15942183735	58.5966173035	38.9204272659	-3.24992055098
10	0.816781604734	0.314316208583	-0.0979731879948	0.544864154387	-0.00751267133873	0.548975244253	-0.0904511723935	-0.0243429143483	0.19416749937	0.0285370314558	0.0861618415961	0.0536360231842	-0.126324515215	-0.00855818757295	5.74599155885E-6	0.207995026542	0.0249273226289	-0.0247306519803	0.159361582794	0.0160386480589	0.219968205918	59.083519031	55.6425821399	0.787543407355
11	0.885934477451	0.0895819938131	0.429307996835	0.233060893024	0.237721112928	0.398929490903	-0.117356928332	0.0733822815717	0.610477433403	-0.0883477406761	0.091630704661	0.0746039356968	-0.392210994101	0.0563468656169	-0.18689039336	0.299249007239	0.0152647899275	-0.063914147714	0.13020215572	-0.0108268340395	0.368981167838	59.3634952117	66.1442166414	2.40575011446
12	0.0502572522706	0.0219160120527	0.0625171555758	0.0235205692383	-0.0429605279682	0.811313570881	0.0530821808755	-0.139422106275	0.304702595844	0.0377602336496	0.0437029310759	0.109470640254	-0.160156031646	-0.366883385075	0.267816938422	0.313027801457	0.154722156357	-0.026536829987	0.25399222293	-0.104258863396	0.581373928486	42.5821604874	68.9337521511	12.4869201914

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 37 )	A	A	0 - 37	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 117 )	A	A	38 - 117	39 - 118
3	3	chain 'A' and (resid 118 through 309 )	A	A	118 - 309	119 - 302
4	4	chain 'A' and (resid 310 through 354 )	A	A	310 - 354	303 - 347
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 17 )	B	B	0 - 17	1 - 18
6	6	chain 'B' and (resid 18 through 130 )	B	B	18 - 130	19 - 131
7	7	chain 'B' and (resid 131 through 154 )	B	B	131 - 154	132 - 155
8	8	chain 'B' and (resid 155 through 186 )	B	B	155 - 186	156 - 176
9	9	chain 'B' and (resid 187 through 223 )	B	B	187 - 223	177 - 213
10	10	chain 'B' and (resid 224 through 309 )	B	B	224 - 309	214 - 299
11	11	chain 'B' and (resid 310 through 332 )	B	B	310 - 332	300 - 322
12	12	chain 'B' and (resid 333 through 364 )	B	B	333 - 364	323 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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