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- PDB-7d4o: cyclic trinucleotide synthase CdnD in complex with ATP and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d4o
タイトルcyclic trinucleotide synthase CdnD in complex with ATP and ADP
要素Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / cyclic trinucleotide synthesis nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Second Messenger Oligonucleotide or Dinucleotide Synthetase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Tsai, C.-L. / Wang, Y.-C. / Ko, T.-P. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and functional implication of a bacterial cyclic AMP-AMP-GMP synthetase.
著者: Ko, T.P. / Wang, Y.C. / Tsai, C.L. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Chen, Y.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
B: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50920
ポリマ－88,7572
非ポリマー2,75118
水16,844935
1
A: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,84611
ポリマ－44,3791
非ポリマー1,46810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6629
ポリマ－44,3791
非ポリマー1,2848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.773, 107.182, 65.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.292, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA1 - 831 - 83
12PROPROLEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA85 - 12285 - 122
13ILEILEASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA124 - 150124 - 150
14LEULEULYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA152 - 162152 - 162
15TRPTRPTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA164 - 168164 - 168
16GLNGLNSERSER(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA178 - 266178 - 266
17ALAALATYRTYR(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA268 - 286268 - 286
18GLNGLNILEILE(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA288 - 320288 - 320
19ALAALAPROPRO(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AA323 - 354323 - 354
110ATPATPADPADP(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AC - D401 - 402
111HOHHOHHOHHOH(chain 'A' and (resid 1 through 83 or resid 85...AU601 - 604
21METMETMETMET(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB1 - 831 - 83
22PROPROLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB85 - 12285 - 122
23ILEILEASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB124 - 150124 - 150
24LEULEULYSLYS(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB152 - 162152 - 162
25TRPTRPTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB164 - 168164 - 168
26GLNGLNSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB178 - 266178 - 266
27ALAALATYRTYR(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB268 - 286268 - 286
28GLNGLNILEILE(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB288 - 320288 - 320
29ALAALAPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BB323 - 354323 - 354
210ATPATPADPADP(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BM - N401 - 402
211HOHHOHHOHHOH(chain 'B' and (resid 1 through 83 or resid 85...BV601 - 604

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclic AMP-AMP-GMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase


分子量: 44378.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: cdnD02, P853_02262
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0DSP4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 953分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mM ATP, 10 mM GTP and 10 mM MgCl2, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Na-acetate, pH 4.6, 25% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→30 Å / Num. obs: 66128 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.63 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique obs: 6346 / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.093 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
CNS位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 7D48

7d48


解像度: 1.87→29 Å / SU ML: 0.1431 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.4228 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1632 2021 3.06 %
Rwork0.1356 64076 -
obs0.1365 66097 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5602 0 170 935 6707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21588063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0778854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.75563535
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 136 -
Rwork0.1597 4380 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.506961730499-0.08646251441690.004798022545650.1072357317250.04037988162560.44062993224-0.101942798265-0.0998641398857-0.1070449204930.0850399300404-0.0272334521679-0.338406618276-0.06947078235410.131683729761-0.1108286238280.142199415405-0.00847493549424-0.04914690905520.1803692262050.0003157140951040.14694285834116.32415169281.2363475560318.7076179396
20.1801301498150.002945726606930.1010193930710.0559912565960.07913861527880.113126323175-0.0375553698025-0.086280673859-0.1471541303860.0573779840909-0.0429423886627-0.1638799817370.09024232579480.135718236985-5.46907917803E-50.1494912397420.02515235662860.002459173155350.133500637720.01655241939470.1386302329424.77080851109-14.729108279518.3171349238
30.247810977049-0.205157509214-0.1885243986120.233083990404-0.1391820493490.337786845363-0.0517262313701-0.0751425921655-0.02979341529170.0678248492780.0145615914149-0.0666282093267-0.01830617687970.0207751162552-0.02796375170880.140141234860.0196429359574-0.01280061411950.134645853385-0.01234315179790.1084555899321.46728020976-5.8606069006717.8671562553
40.154773540293-0.0508857434685-0.002276955472290.288538861858-0.09005417800930.189108182015-0.103711375608-0.1627096533190.003199140481970.1307780547350.0308645084860.0987263881939-0.02551515800970.0119798930046-0.01785209548010.1697710809820.01483309518510.01079680857420.1951600008830.006430978718520.111183527325-2.37367213019-9.6731877654227.4183668632
50.1197775908330.0905506342687-0.1129666272060.151210402198-0.1766468115870.150403104272-0.0140575770416-0.0499223226463-0.06752068162880.0245926133905-0.0107703947425-0.0006812062226610.167467885654-0.0431152216352-0.0008065928250530.1449101044060.0003596529154140.00852306678740.132434370724-0.01041867192070.1365189760841.75397016738-16.628692267911.1907110524
60.00256799992115-0.0213178070029-0.01052777380050.05246637561310.002142081124990.0754014494339-0.0203474452455-0.0997840532071-0.1156222206060.0268611588396-0.0188005739901-0.2689153236110.001463744386920.2963254879154.48787990945E-60.1476721089640.0133631186616-0.008458694358010.1942389531190.002316109531440.16745616558816.3683753096-10.96412509829.2768774906
70.0193573979875-0.0150267764201-0.02227838721210.1272627844950.06479449045850.109034528089-0.0860921030089-0.02485247084050.004715836369520.01339793841130.0358406467675-0.1405618253650.1460296580110.06406760010771.22514251168E-50.1488323660950.02747305834890.0001717374747880.175448494481-0.007323668433480.16371428451212.8631192538-14.10470929771.20101536446
80.00272469303625-0.0043963629125-0.07103813716970.279667713386-0.06125433271940.0452362966373-0.02865021152620.09426357524940.01691543820060.03273910328820.04218645308070.002948978678480.00254604795905-0.05450041737365.57193921588E-70.1095400156080.00413353246781-0.00093588471170.1270783278420.006339977876260.1179937460670.724501319347-5.985665250176.61503014614
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 165 through 191 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 192 through 220 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 221 through 332 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 333 through 355 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 38 through 56 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 57 through 84 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 85 through 117 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 118 through 141 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 142 through 164 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 165 through 191 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 192 through 220 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 221 through 332 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 333 through 355 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る