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万見
- PDB-7d4s: apo-form cyclic trinucleotide synthase CdnD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d4s
タイトルapo-form cyclic trinucleotide synthase CdnD
要素Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / substrate analogue cyclic trinucleotide synthesis nucleotidyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Second Messenger Oligonucleotide or Dinucleotide Synthetase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Tsai, C.-L. / Wang, Y.-C. / Ko, T.-P. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and functional implication of a bacterial cyclic AMP-AMP-GMP synthetase.
著者: Ko, T.P. / Wang, Y.C. / Tsai, C.L. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Chen, Y.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic AMP-AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4867
ポリマ－44,3791
非ポリマー1,1086
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.316, 116.432, 107.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-716-

HOH

21A-851-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyclic AMP-AMP-GMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase


分子量: 44378.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: cdnD02, P853_02262
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0DSP4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mM AMPcPP, 10 mM GTP, 10 mM MgCl2, 0.2 M Na-malonate, pH 6.0, and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 31398 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3124 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.205 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
CNS位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 7D4O

7d4o


解像度: 1.93→33.5 Å / SU ML: 0.1884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9316 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 1531 4.94 %
Rwork0.1521 29487 -
obs0.1541 31018 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 66 454 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00792941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89694009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.50321739
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 121 -
Rwork0.1981 2316 -
obs--86.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6249695374920.247623306766-0.08331595882410.2783456708310.003261624534430.3641021476640.145280626881-0.006071975214810.192710659856-0.0540332227812-0.1006622043440.0929818298244-0.5244782566970.00193657903448-0.2590027717070.2942654502240.0177833210771-0.005405144597650.1264818696090.007945809121230.2126466148287.527470365552.26509202244.5830909516
20.4636725483490.0200897282391-0.1870201012850.2774625866920.238625937390.2934268302870.0214877226324-0.07590524231310.0978414649057-0.00264429485689-0.06229176178540.0906426624233-0.0927312192462-0.0705436172564-0.01402554905450.05085783576510.021120679172-0.01280964277720.0729090117427-0.01515717612760.0883530032935-2.0642530379739.41230342855.6289412825
30.306655295064-0.0306908371844-0.1864951586850.08719449494580.05497894732360.2947199699210.00189237484284-0.0700409385290.04513634489210.00745874077006-0.0387799672337-0.0010444903531-0.07146669561140.0449771893159-4.18365808172E-60.146130658062-0.0143495718698-0.01605457006110.129924035985-0.005235702868360.13482880964813.537732485939.015459890558.8158736959
40.557730380431-0.163754414076-0.1986265562290.4503566605690.05036878347180.5727857663710.04376691877470.144991984030.00859630542032-0.0703383253474-0.02967620797310.0418933483369-0.0778626470205-0.02713773013610.003511590182850.102992770837-0.00183060140497-0.01741455545220.1354474981920.002662068787890.088119681209116.365017435336.993316286932.9153077733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 206 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 207 through 355 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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