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- PDB-7li1: Crystal structure of holo Moraxella catarrhalis ferric binding pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7li1
タイトルCrystal structure of holo Moraxella catarrhalis ferric binding protein A in an open conformation
要素Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL TRANSPORT / ferric binding protein A / FbpA
機能・相同性Ferric binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / CARBONATE ION / : / Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
機能・相同性情報
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chan, C. / Ng, D. / Fraser, M.E. / Schryvers, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Biometals / 年: 2022
タイトル: Structural and functional insights into iron acquisition from lactoferrin and transferrin in Gram-negative bacterial pathogens.
著者: Chan, C. / Ng, D. / Fraser, M.E. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
B: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
C: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
D: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,03418
ポリマ－137,2194
非ポリマー81514
水6,593366
1
A: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4814
ポリマ－34,3051
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4814
ポリマ－34,3051
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4814
ポリマ－34,3051
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5926
ポリマ－34,3051
非ポリマー2885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.130, 67.560, 73.770
Angle α, β, γ (deg.)91.020, 92.260, 105.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Fe(3+) ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 34304.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (バクテリア)
遺伝子: fbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A1E9VR34
#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.71 Å / Num. obs: 110222 / % possible obs: 94.25 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 16.74
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 10935 / CC1/2: 0.424 / % possible all: 93.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LI0

7li0


解像度: 1.75→29.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2000 -Random selection
Rwork0.2311 ---
obs-110042 94.25 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9262 0 38 366 9666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.743813097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05061500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.13435652
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4302 205
Rwork0.4171 10906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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