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- PDB-7lhs: Crystal structure of adenosine-5'-phosphosulfate reductase from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lhs
タイトルCrystal structure of adenosine-5'-phosphosulfate reductase from Mycobacterium tuberculosis in a complex with substrate APS
要素Phosphoadenosine phosphosulfate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate / APS / adenosine-5'-phosphosulfate reductase / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine 5'-phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulphate/adenosine 5'-phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Adenosine 5'-phosphosulfate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of the [4Fe-4S] Cluster-Containing Adenosine-5'-phosphosulfate Reductase from Mycobacterium tuberculosis .
著者: Feliciano, P.R. / Carroll, K.S. / Drennan, C.L.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase
B: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9988
ポリマ－57,0502
非ポリマー1,9486
水1086
1
A: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4994
ポリマ－28,5251
非ポリマー9743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoadenosine phosphosulfate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4994
ポリマ－28,5251
非ポリマー9743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.502, 77.502, 205.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 8 and (name N or name...
21(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA88
12THRTHRALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA5 - 2315 - 231
13THRTHRALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA5 - 2315 - 231
14THRTHRALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA5 - 2315 - 231
15THRTHRALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA5 - 2315 - 231
21LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB8 - 378 - 37
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB3838
23LEULEUALAALA(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB8 - 2318 - 231
24LEULEUALAALA(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB8 - 2318 - 231
25LEULEUALAALA(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB8 - 2318 - 231
26LEULEUALAALA(chain B and (resid 8 through 37 or (resid 38...BB8 - 2318 - 231

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要素

#1: タンパク質 Phosphoadenosine phosphosulfate reductase / 3'-phosphoadenylylsulfate reductase / PAPS reductase / thioredoxin dependent / PAPS ...3'-phosphoadenylylsulfate reductase / PAPS reductase / thioredoxin dependent / PAPS sulfotransferase / PAdoPS reductase / adenosine-5'-phosphosulfate reductase


分子量: 28525.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cysH, MRA_2416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U586, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N5O10PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: MES, PEG 20000 / PH範囲: 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 11945 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 108.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 537 / CC1/2: 0.597 / Rsym value: 1.685

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LHR

7lhr


解像度: 3.11→48.34 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 593 5.01 %
Rwork0.219 11241 -
obs0.2213 11834 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.45 Å2 / Biso mean: 114.3499 Å2 / Biso min: 55.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 94 6 3233
Biso mean--110 72.85 -
残基数----420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5124560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.101488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1282X-RAY DIFFRACTION10.565TORSIONAL
12B1282X-RAY DIFFRACTION10.565TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.420.36611410.3222669281097
3.42-3.920.28961450.25227712916100
3.92-4.930.28351480.212228072955100
4.93-48.340.23161590.197129943153100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 79.9664 Å / Origin y: 42.974 Å / Origin z: 231.1241 Å
111213212223313233
T0.7468 Å2-0.0159 Å20.0512 Å2-0.5774 Å20.0104 Å2--0.6311 Å2
L1.8587 °2-0.2099 °2-1.6046 °2-0.992 °21.0918 °2--5.3246 °2
S-0.0564 Å °-0.0971 Å °0.2643 Å °0.0816 Å °0.1413 Å °-0.0191 Å °-0.3342 Å °-0.1806 Å °-0.0893 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 231
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 6
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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