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- PDB-7lgd: HLA-B*07:02 in complex with SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lgd
タイトルHLA-B*07:02 in complex with SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
  • SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / HLA / T cell / cross-reactivity / COVID-19 / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MHC class I protein binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / protein sequestering activity / molecular condensate scaffold activity / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / defense response / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / NOD1/2 Signaling Pathway / MHC class I protein complex / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA stem-loop binding / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / PIP3 activates AKT signaling / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / viral nucleocapsid / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / early endosome membrane / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host extracellular region / Induction of Cell-Cell Fusion / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / host cell Golgi apparatus / Attachment and Entry / learning or memory / immune response
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Gras, S. / Szeto, C. / Chatzileontiadou, D.S.M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: CD8 + T cells specific for an immunodominant SARS-CoV-2 nucleocapsid epitope cross-react with selective seasonal coronaviruses.
著者: Lineburg, K.E. / Grant, E.J. / Swaminathan, S. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Szeto, C. / Sloane, H. / Panikkar, A. / Raju, J. / Crooks, P. / Rehan, S. / Nguyen, A.T. / Lekieffre, L. / Neller, ...著者: Lineburg, K.E. / Grant, E.J. / Swaminathan, S. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Szeto, C. / Sloane, H. / Panikkar, A. / Raju, J. / Crooks, P. / Rehan, S. / Nguyen, A.T. / Lekieffre, L. / Neller, M.A. / Tong, Z.W.M. / Jayasinghe, D. / Chew, K.Y. / Lobos, C.A. / Halim, H. / Burrows, J.M. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Chen, W. / D'Orsogna, L. / Khanna, R. / Short, K.R. / Smith, C. / Gras, S.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
F: SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,40116
ポリマ－90,8166
非ポリマー58510
水73941
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
F: SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5146
ポリマ－45,4083
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,88610
ポリマ－45,4083
非ポリマー4787
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.454, 107.176, 174.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Human leukocyte antigen B / HLA-B


分子量: 32233.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113


分子量: 1295.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9

-
非ポリマー , 4種, 51分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→46.65 Å / Num. obs: 28141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.898 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 191654 / Scaling rejects: 165
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.88-3.046.61.2622645340270.5781.6100
9.11-46.656.10.066618010050.99418.399.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5wmn

5wmn


解像度: 2.88→43.55 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2692 1455 5.18 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.2091 28078 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.61 Å2 / Biso mean: 55.6076 Å2 / Biso min: 18.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6386 0 26 41 6453
Biso mean--80.76 37.17 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0388983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.917888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057891
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061190
LS精密化 シェル解像度: 2.88→3.04 Å / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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