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万見
- PDB-2zok: Crystal structure of H-2Db in complex with JHMV epitope S510 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zok
タイトルCrystal structure of H-2Db in complex with JHMV epitope S510
要素
  • 9-meric peptide from Spike glycoprotein
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig fold / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted / Cleavage on pair of basic residues / Envelope protein / Fusion protein / Host-virus interaction / Virion / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Theodossis, A. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2008
タイトル: Structural and biological basis of CTL escape in coronavirus-infected mice.
著者: Butler, N.S. / Theodossis, A. / Webb, A.I. / Dunstone, M.A. / Nastovska, R. / Ramarathinam, S.H. / Rossjohn, J. / Purcell, A.W. / Perlman, S.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
L: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
J: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
K: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,98420
ポリマ－181,23112
非ポリマー7538
水17,457969
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5926
ポリマ－45,3083
非ポリマー2843
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
J: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4004
ポリマ－45,3083
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
3
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
K: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4965
ポリマ－45,3083
非ポリマー1882
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
L: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4965
ポリマ－45,3083
非ポリマー1882
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
5
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
I: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
J: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,99210
ポリマ－90,6166
非ポリマー3764
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11150 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area35190 Å2
手法PISA
6
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
L: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
K: 9-meric peptide from Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,99210
ポリマ－90,6166
非ポリマー3764
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area35430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.538, 86.056, 152.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32463.109 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain, UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 ILJK

#3: タンパク質・ペプチド
9-meric peptide from Spike glycoprotein / peptidic epitope S510


分子量: 1009.139 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 510-518 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: Q02385

-
非ポリマー , 3種, 977分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M sodium citrate, 28% PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→58.4 Å / Num. all: 113937 / Num. obs: 113937 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 16934 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BZ9

1bz9


解像度: 2.1→56.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 4.501 / SU ML: 0.124 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: number water and peptide chains for final H2Db model
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26614 5737 5 %RANDOM
Rwork0.20635 ---
all0.20936 108198 --
obs0.20936 108198 95.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.903 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20 Å20.13 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12061 0 44 969 13074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02112479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.93516932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17551432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85723.344649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.038152032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5111596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.27984
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.79127599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66311736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.67245918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2165196
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 431 -
Rwork0.232 8158 -
obs--97.13 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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