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- PDB-7ldt: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E mutant, RbCl soak -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldt
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E mutant, RbCl soak
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / RUBIDIUM ION / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,97316
ポリマ－166,1774
非ポリマー3,79612
水15,637868
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20270 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area48200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.244, 79.758, 150.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...
21(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...
31(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...
41(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROALAALA(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA3 - 16510 - 172
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA166173
13PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA3 - 39210 - 399
14PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA3 - 39210 - 399
15PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA3 - 39210 - 399
16PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 165 or (resid 166...AA3 - 39210 - 399
21PROPROALAALA(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB3 - 16510 - 172
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB166173
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB3 - 39210 - 399
24PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB3 - 39210 - 399
25PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB3 - 39210 - 399
26PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 165 or (resid 166...BB3 - 39210 - 399
31PROPROALAALA(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC3 - 16510 - 172
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC166173
33PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC3 - 39210 - 399
34PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC3 - 39210 - 399
35PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC3 - 39210 - 399
36PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 165 or (resid 166...CC3 - 39210 - 399
41PROPROARGARG(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 29710 - 304
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD298305
43PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399
44PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399
45PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399
46PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399
47PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399
48PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 297 or (resid 298...DD3 - 39210 - 399

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41544.305 Da / 分子数: 4 / 変異: Q183Y/Y218E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 % / Mosaicity: 0.47 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.44 M (NH4)2SO4, 1.76 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月14日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→34.82 Å / Num. obs: 61337 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.955 / Rmerge(I) obs: 0.291 / Rpim(I) all: 0.175 / Rrim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 223484 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.671.3371585645500.4330.8291.5781.399.7
11.63-34.820.07324026920.9940.0440.08511.294.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.85 Å34.82 Å
Translation7.85 Å34.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl

1qfl


解像度: 2.6→34.82 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 3117 5.08 %
Rwork0.1946 58181 -
obs0.1968 61298 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.22 Å2 / Biso mean: 38.838 Å2 / Biso min: 2.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→34.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11175 0 216 868 12259
Biso mean--70.19 32.83 -
残基数----1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58615659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8344099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032055
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6866X-RAY DIFFRACTION8.28TORSIONAL
12B6866X-RAY DIFFRACTION8.28TORSIONAL
13C6866X-RAY DIFFRACTION8.28TORSIONAL
14D6866X-RAY DIFFRACTION8.28TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.64060.33161520.286265599
2.6406-2.68390.29921290.2651260899
2.6839-2.73020.33851250.27212667100
2.7302-2.77980.32211300.24832631100
2.7798-2.83320.31741370.24592642100
2.8332-2.8910.29851410.25272628100
2.891-2.95390.29311490.23882639100
2.9539-3.02250.26011700.23532570100
3.0225-3.09810.29261530.2239262899
3.0981-3.18180.27261450.2292655100
3.1818-3.27540.25491420.2138262799
3.2754-3.3810.25381440.2001261299
3.381-3.50170.24221610.191259399
3.5017-3.64180.23631370.1847264799
3.6418-3.80730.24061340.17522636100
3.8073-4.00780.20271380.16292674100
4.0078-4.25850.1621220.14332634100
4.2585-4.58660.20221440.1383264699
4.5866-5.04690.17921220.14772709100
5.0469-5.77440.19731500.17592662100
5.7744-7.26420.191590.18752683100
7.2642-34.820.19041330.1738273599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4299-0.0309-0.87691.6128-1.11913.2997-0.1672-0.11110.1792-0.0190.0095-0.24760.02120.20330.14670.14130.0108-0.04550.1047-0.03850.336737.7122-1.67055.6093
20.7106-0.1502-0.17460.41290.03370.90750.0089-0.0134-0.240.180.01390.03120.0384-0.0727-0.01520.12090.0175-0.0420.18060.00050.424522.9908-5.183612.6712
32.57751.0153-0.83645.2697-0.33461.488-0.1341-0.2859-0.1860.44130.1698-0.35880.11120.2096-0.04210.14480.082-0.07840.19940.05070.395441.9972-17.605612.4279
42.49720.1245-0.7223.3911-1.61963.7013-0.122-0.5389-0.39840.3341-0.1134-0.44360.31870.19760.20490.16260.0134-0.04030.1791-0.03750.439633.5263-18.776312.3584
51.7886-0.5516-0.09411.6828-0.15871.63770.03010.026-0.3656-0.0684-0.0462-0.09250.13490.03920.02730.1212-0.0134-0.02910.1296-0.00680.339428.9656-18.0304-1.6673
62.1640.20220.28442.26551.08993.6877-0.0966-0.1358-0.20780.0049-0.00150.31980.288-0.12880.05970.12330.0027-0.00890.11410.04680.26214.40042.16635.6489
71.13110.05420.0440.78280.17411.1808-0.0377-0.0790.17980.13330.06560.0623-0.08310.0944-0.03020.12630.0259-0.02750.15170.0020.305419.15245.670512.6666
85.36122.43820.04196.1467-0.11031.5836-0.2152-0.11790.02630.31070.28390.1478-0.1408-0.1241-0.04360.10150.0713-0.00730.2031-0.05710.23220.152418.12612.4851
92.42864.09781.52596.98432.45151.3111-0.6797-0.34810.32370.08560.45070.8443-0.3784-0.03550.22380.42990.0084-0.03480.3459-0.06230.68494.63526.505819.3309
101.5644-0.4594-0.12911.6507-0.50131.42680.0630.03810.0902-0.0278-0.0225-0.0157-0.15510.0154-0.03590.09920.0023-0.01520.1487-0.01410.386112.68217.5527-0.1749
110.9988-0.42350.14450.149-0.17841.22780.09770.0533-0.00370.1114-0.0705-0.02440.03290.0076-0.03140.43210.0104-0.1230.2004-0.02640.303928.5757-3.606757.9867
122.1608-0.2329-0.61911.96590.05851.15570.06450.0347-0.0162-0.1025-0.0277-0.15630.01260.142-0.03550.41010.0181-0.13330.2171-0.00440.306143.6697-2.647963.8989
131.4286-0.779-0.40771.40141.09883.07320.0330.09590.0068-0.0127-0.19960.3545-0.0436-0.48230.14180.3588-0.006-0.01250.25060.00210.327311.45685.513558.3923
143.50210.1513-0.28913.6652-0.4612.38350.09710.0778-0.2791-0.2557-0.25220.55450.2505-0.68070.15280.3603-0.0083-0.00490.4077-0.08950.4052.25390.841268.1425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 55 )A3 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 171 )A56 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 213 )A172 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 through 266 )A214 - 266
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 267 through 392 )A267 - 392
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 55 )B3 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 56 through 171 )B56 - 171
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 172 through 213 )B172 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 214 through 234 )B214 - 234
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 235 through 392 )B235 - 392
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 171 )C3 - 171
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 172 through 392 )C172 - 392
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 3 through 213 )D3 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 214 through 392 )D214 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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