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- PDB-7lca: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Y218E/delH221 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lca
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Y218E/delH221 mutant
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / Type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,29817
ポリマ－165,4844
非ポリマー3,81313
水13,385743
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19340 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area48350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.450, 79.340, 149.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYS(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 20510 - 212
12GLYGLYARGARG(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...AA209 - 220216 - 227
13LEULEULEULEU(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...AA224 - 373231 - 380
14LEULEULEULEU(chain 'A' and ((resid 3 and (name N or name...AA376 - 391383 - 398
21PROPROLYSLYS(chain 'B' and ((resid 3 and (name N or name...BB3 - 20510 - 212
22GLYGLYARGARG(chain 'B' and ((resid 3 and (name N or name...BB209 - 220216 - 227
23LEULEULEULEU(chain 'B' and ((resid 3 and (name N or name...BB224 - 373231 - 380
24LEULEULEULEU(chain 'B' and ((resid 3 and (name N or name...BB376 - 391383 - 398
31PROPROLYSLYS(chain 'C' and ((resid 3 and (name N or name...CC3 - 20510 - 212
32GLYGLYARGARG(chain 'C' and ((resid 3 and (name N or name...CC209 - 220216 - 227
33LEULEULEULEU(chain 'C' and ((resid 3 and (name N or name...CC224 - 373231 - 380
34LEULEULEULEU(chain 'C' and ((resid 3 and (name N or name...CC376 - 391383 - 398
41PROPROLYSLYS(chain 'D' and (resid 3 through 205 or resid 209...DD3 - 20510 - 212
42GLYGLYARGARG(chain 'D' and (resid 3 through 205 or resid 209...DD209 - 220216 - 227
43LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 3 through 205 or resid 209...DD224 - 373231 - 380
44LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 3 through 205 or resid 209...DD376 - 391383 - 398

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41371.113 Da / 分子数: 4 / 変異: Y218E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.3 M (NH4)2SO4, 0.5 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.43 Å / Num. obs: 132236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.453 / Rpim(I) all: 0.181 / Rrim(I) all: 0.489 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 945765 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.045.83.0953667363070.2881.3523.3890.696.2
10.97-46.436.70.09857938640.9940.040.10711.798.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.85 Å46.43 Å
Translation7.85 Å46.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl

1qfl


解像度: 2→46.43 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 49.41 / 位相誤差: 37.0522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 6780 5.13 %0
Rwork0.261 125351 --
obs0.3255 132131 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11047 0 229 743 12019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.577915498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04261750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.76356751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.34083190.31926067X-RAY DIFFRACTION91.7
2.04-2.080.33822920.32026246X-RAY DIFFRACTION95.42
2.08-2.120.36073430.32216230X-RAY DIFFRACTION94.72
2.12-2.160.34043400.3216287X-RAY DIFFRACTION94.84
2.16-2.210.33013430.32126187X-RAY DIFFRACTION94.7
2.21-2.260.35583210.31586231X-RAY DIFFRACTION95.09
2.26-2.310.32983510.32326265X-RAY DIFFRACTION94.67
2.31-2.380.31973420.31296245X-RAY DIFFRACTION94.81
2.38-2.450.33343140.3186245X-RAY DIFFRACTION95.21
2.45-2.520.31783530.31236266X-RAY DIFFRACTION94.65
2.52-2.610.30673830.31286214X-RAY DIFFRACTION94.19
2.61-2.720.33993240.31666293X-RAY DIFFRACTION95.09
2.72-2.840.35732900.31386303X-RAY DIFFRACTION95.59
2.84-2.990.31173150.30746300X-RAY DIFFRACTION95.22
2.99-3.180.33653350.31256278X-RAY DIFFRACTION94.93
3.18-3.420.33023360.31526291X-RAY DIFFRACTION94.9
3.42-3.770.33482950.31066355X-RAY DIFFRACTION95.55
3.77-4.310.32793320.29626309X-RAY DIFFRACTION94.93
4.31-5.420.29643150.27146371X-RAY DIFFRACTION95.27
5.42-23.850.42073250.446493X-RAY DIFFRACTION95.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0115673727288-0.0162207509429-0.01893819164050.00326522254638-0.0138263892276-0.03380095493580.00263747895013-0.102729213567-0.01870947437620.1100058619730.03506064781220.007333742883410.0356818117665-0.0934897158778-6.56515853148E-10-0.3844730893460.04271395186280.0158609790118-0.855804458195-0.007743627284880.47980266353427.3905317541-4.5189884900710.5614653977
20.00361390477042-0.00545706385781-0.002019257955390.00163211910535-0.000329427014173-0.00527657782556-0.00570509903147-0.0205181883825-0.006840116016220.016761129677-6.6477156016E-5-0.001569071454490.005771326681340.00539334281384-2.25213810639E-70.005894689448730.03159938639980.00920872828105-0.05298972025690.02027711388210.23274788809541.9966169378-18.669791342111.9268682621
3-0.00384055849747-0.00810984210828-0.00786364343048-0.000845406212514-0.00606202417352-0.005632890564510.00312942513746-0.03696002591110.0002860865746230.02120915459640.00354191777881-0.009606334870060.0290136296844-0.01007644748481.71022100203E-80.07756157306890.007171547599770.02452671768960.00428382383616-0.0008666829115350.26457504474433.4592181435-18.202264699711.3215974729
4-0.00459850274043-0.00213744849343-0.0006504606784520.005960795569840.00142127607582-0.01112176760320.009846334308590.0105196894826-0.0104976504273-0.01675304516420.005921668031910.005088183487390.00893521810479-0.00837168782917-3.07898731015E-9-0.128690672771-0.1157264493650.00173754271329-0.461120095508-0.01802710219060.39820079820229.0357997008-19.3532965906-1.04825044817
5-0.00133885469784-0.000357968135741-0.003455608912350.0007155938569830.00024522110416-0.002285814532130.00439490208660.008141505875560.000753968770515-0.00911741846249-0.00175578156447-0.005679591739090.003542183989560.01163600789148.28411999155E-7-0.008681950136780.007259461017990.0110169555611-0.08491140079520.007935783028980.10707903580728.5478540665-15.9285503316-4.34508395437
6-0.00583334177235-0.01039393919730.01769597734150.001853689491820.0217524638238-0.0423042812779-0.00587140563101-0.09994265435180.02020365275540.1245744463040.0287811233901-0.0121804514932-0.05865170611760.08132271693874.31311002543E-9-0.4599836102350.05199186968570.00670622606405-0.8928508204420.001925760156130.50983767631513.85226420577.0460657955710.6236607982
70.00038890533044.6200105554E-6-0.000141444589357-0.0004479071224-0.00121980090871-0.000696008647115-0.000548307993105-0.009064583298740.002270302984060.00339580890148-0.000580506349760.00165611851761-0.00105729024003-0.000757709159475-2.95813536403E-70.00392223082956-0.006596573870990.0184393594180.00212727298247-0.01078501455970.132174458821-4.685072269318.9330748232811.1909189761
8-8.14784444636E-5-0.0001604237116340.0006426895969593.02652079514E-50.000745785923006-0.00101775984596-0.00106640240517-0.005326988392940.003456652075670.003606854610920.00337164073205-0.00125886221619-0.004301013943340.002187087813042.96615354655E-70.2924137746820.0035075301426-0.00273571796090.280992718126-0.0006757359205930.3348577731635.3207782014926.044305333619.776150799
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 171 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 172 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 214 through 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 367 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 368 through 391 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 191 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 192 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 214 through 233 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 234 through 391 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 3 through 191 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 192 through 391 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 3 through 191 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 192 through 391 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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