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- PDB-7l9m: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9m
タイトルCrystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 in complex with bivalent inhibitor GXH-II-083
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor / GENE REGULATION / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XR4 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity.
著者: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9307
ポリマ－30,1992
非ポリマー1,7315
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.270, 40.070, 57.350
Angle α, β, γ (deg.)100.100, 104.610, 90.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...
21(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A42 - 60
121(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A62 - 63
131(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A65 - 67
141(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A69 - 77
151(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A42 - 168
161(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A82 - 84
171(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A42 - 168
181(chain A and (resid 42 through 60 or resid 62...A131 - 168
211(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B42 - 60
221(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B62 - 63
231(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B65 - 67
241(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B69 - 77
251(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B42 - 168
261(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B8
271(chain B and (resid 42 through 60 or resid 62...B131 - 168

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-XR4 / N,N'-[(1,19-dioxo-4,7,10,13,16-pentaoxanonadecane-1,19-diyl)di(piperidine-1,4-diyl)]bis(4-{[4-({3-[(tert-butylsulfonyl)amino]-4-chlorophenyl}amino)-5-methylpyrimidin-2-yl]amino}-2-fluorobenzamide)


分子量: 1482.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C68H88Cl2F2N14O13S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→29.08 Å / Num. obs: 40473 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.563 % / Biso Wilson estimate: 24.334 Å2 / CC1/2: 0.947 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rrim(I) all: 0.236 / Χ2: 1.319 / Net I/σ(I): 17.47 / Num. measured all: 103746 / Scaling rejects: 102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.491.9390.2253.445501337328370.9170.31884.1
1.49-1.531.9380.1754.595495331428350.9430.24885.5
1.53-1.571.9650.1495.465462317327800.9540.21187.6
1.57-1.621.9550.126.795315309827190.970.1787.8
1.62-1.671.9490.1017.765106303826200.9780.14386.2
1.67-1.731.9410.0839.354841288524940.9850.11786.4
1.73-1.81.9230.0711.274324281822490.9880.09879.8
1.8-1.872.0940.08813.414679267322350.9780.11683.6
1.87-1.962.530.14615.445807255422950.9640.17789.9
1.96-2.052.7350.16318.316168249322550.9560.19490.5
2.05-2.163.1330.19521.166846238521850.9470.22991.6
2.16-2.293.4130.22124.157192222421070.9210.25894.7
2.29-2.453.3860.21525.776521205619260.9260.25293.7
2.45-2.653.1810.226.535919197118610.930.23594.4
2.65-2.93.3880.21333.265672179516740.9160.24893.3
2.9-3.243.5670.21938.345347159214990.9060.25594.2
3.24-3.743.4640.240.94687145013530.9070.23393.3
3.74-4.593.4130.19842.763983121111670.9190.23196.4
4.59-6.483.5040.19941.4631439288970.9230.23296.7
6.48-29.083.5840.21648.1517385074850.9270.25195.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf


解像度: 1.45→29.08 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 1012 2.5 %
Rwork0.176 39457 -
obs0.1767 40469 88.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.22 Å2 / Biso mean: 21.0525 Å2 / Biso min: 9.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 117 320 2529
Biso mean--26.48 28.32 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.022292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3193119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.685319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.281318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015394
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A676X-RAY DIFFRACTION3.764TORSIONAL
12B676X-RAY DIFFRACTION3.764TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.530.20711380.20025392553085
1.53-1.620.2121420.17525529567188
1.62-1.750.21311400.17625471561186
1.75-1.920.22511360.1835301543784
1.92-2.20.22621490.18115796594591
2.2-2.770.22291520.19085958611094
2.77-29.080.17291550.16266010616595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21020.1468-0.68554.1169-1.97952.9943-0.01340.1034-0.086-0.5031-0.2167-0.30910.32550.23180.18610.17080.06320.00160.16280.0110.14521.8234-1.2729-23.8399
21.0487-0.2861-0.40252.018-1.78253.7611-0.0308-0.21430.07040.1631-0.0486-0.0379-0.37380.35160.03220.171-0.014-0.02890.16460.01190.14643.967711.8139-12.135
31.441-0.0971-0.28750.75350.38561.79970.0017-0.00970.01320.057-0.04830.0268-0.0217-0.05790.04060.08510.0125-0.010.0843-0.00510.0942-7.34113.8163-12.2433
40.10140.28640.01322.47841.23541.67990.0245-0.1835-0.02940.5942-0.20160.24830.348-0.15660.11310.2188-0.06220.03460.1754-0.00430.1577-21.47918.748226.6822
50.6424-0.23030.14144.76761.89545.42020.0032-0.01410.28190.1091-0.10780.3448-0.2431-0.52510.22570.16210.02160.00110.1695-0.0330.1881-25.161124.060119.4815
61.051-0.7301-1.09794.50412.56063.1016-0.04120.15370.05380.0266-0.12680.3836-0.3422-0.26620.14820.14350.0013-0.00830.1483-0.01880.179-21.524918.91689.7811
71.757-0.11270.12182.1053-0.76511.8436-0.03120.068-0.1903-0.2495-0.0221-0.03840.31720.06540.08520.1687-0.0060.02540.13060.0030.1522-11.66035.19768.0726
81.33370.0565-0.64831.51790.22591.29350.0088-0.0271-0.04070.0688-0.11910.04310.0716-0.10650.11750.118-0.00730.00020.11480.01110.1178-16.443710.237521.0584
92.4956-1.1243-0.86151.18010.47611.2405-0.0598-0.1360.0410.06710.01390.0668-0.0541-0.01720.05820.1183-0.0098-0.00310.1074-0.00180.13-9.620415.468418.457
105.43211.84460.12264.89910.24444.68090.1013-0.014-0.0879-0.1388-0.0934-0.45710.14120.02470.0150.0881-0.02170.00360.1685-0.00960.13381.835711.71967.6914
112.9076-1.9636-1.42673.67582.28113.29550.1440.13080.3447-0.0477-0.04380.0092-0.28780.1136-0.07930.1559-0.02560.00210.110.02270.1759-10.342222.13719.7149
124.24490.531.80494.1691-2.12362.1125-0.0634-0.60440.15920.04680.29240.279-0.5553-0.1981-0.23470.28590.0333-0.01630.2579-0.01660.2306-21.610131.248124.3063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 60 )A42 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 76 )A61 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 168 )A77 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 42 through 60 )B42 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 61 through 68 )B61 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 69 through 76 )B69 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 77 through 96 )B77 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 97 through 121 )B97 - 121
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 139 )B122 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 140 through 144 )B140 - 144
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 145 through 163 )B145 - 163
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 164 through 168 )B164 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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