PDB-7mrc: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mrc

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to GXH-II-052

要素

Bromodomain testis-specific protein

キーワード

GENE REGULATION / BRDT / BRD / BET / contraceptive / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / RNA splicing / histone reader activity / : / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Chan, A. / Schonbrunn, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity.
著者: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2021年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mrc.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mrc.ent.gz	92.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9mC 7la9C 7mr5C 7mr6C 7mr7C 7mr9C 7mraC 7mrbC 7mrdC 7mrgC 7mrhC 8czaC 4kcxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain testis-specific protein

B: Bromodomain testis-specific protein

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Bromodomain testis-specific protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain testis-specific protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.360, 34.890, 110.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein 分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZMS / N,N'-{oxybis[(ethane-2,1-diyl)oxy(1-oxoethane-2,1-diyl)piperidine-1,4-diyl]}bis{4-[(4-{4-chloro-3-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]anilino}-5-methylpyrimidin-2-yl)amino]-2-fluorobenzamide} 分子量: 1366.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₇₆Cl₂F₂N₁₄O₁₁S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→30.448 Å / Num. obs: 35015 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.63 % / B_iso Wilson estimate: 19.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 25.58 / Num. measured all: 232153 / Scaling rejects: 83

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	7.12	0.3	6.88	17885	2636	2512	0.975	0.323	95.3
1.59-1.63	6.974	0.253	7.96	17233	2518	2471	0.98	0.273	98.1
1.63-1.68	6.941	0.192	9.89	16734	2492	2411	0.989	0.208	96.7
1.68-1.73	6.896	0.161	11.61	16282	2426	2361	0.991	0.174	97.3
1.73-1.79	6.771	0.121	14.65	15520	2333	2292	0.994	0.131	98.2
1.79-1.85	6.658	0.101	16.93	14641	2261	2199	0.995	0.11	97.3
1.85-1.92	6.424	0.081	19.68	13921	2192	2167	0.997	0.088	98.9
1.92-2	5.966	0.064	22.65	11831	2110	1983	0.997	0.071	94
2-2.09	6.629	0.057	27.9	12867	2026	1941	0.997	0.061	95.8
2.09-2.19	6.908	0.048	33.09	13318	1964	1928	0.998	0.052	98.2
2.19-2.31	6.77	0.043	35.97	12552	1863	1854	0.998	0.047	99.5
2.31-2.45	6.843	0.041	37.97	11709	1735	1711	0.999	0.045	98.6
2.45-2.62	6.64	0.041	39.87	10950	1667	1649	0.999	0.044	98.9
2.62-2.83	6.524	0.037	41.54	10067	1553	1543	0.999	0.04	99.4
2.83-3.1	6.319	0.034	42.81	8985	1434	1422	0.999	0.037	99.2
3.1-3.47	5.882	0.032	43.41	7646	1313	1300	0.999	0.035	99
3.47-4	5.86	0.029	44.62	6259	1163	1068	0.999	0.032	91.8
4-4.9	6.512	0.029	48.84	6447	996	990	0.999	0.031	99.4
4.9-6.93	6.304	0.031	47.56	5012	799	795	0.999	0.033	99.5
6.93-30.448	5.488	0.03	43.93	2294	471	418	0.997	0.034	88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.11.1-2575_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KCX

4kcx

解像度: 1.55→30.448 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1954	1197	3.42 %
R_work	0.173	33815	-
obs	0.1738	35012	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.68 Å² / B_iso mean: 31.1108 Å² / B_iso min: 9.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→30.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	117	156	2122
B_iso mean	-	-	26.79	34.69	-
残基数	-	-	-	-	224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	2832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.935	1949

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.55-1.6121	0.234	130	0.1914	3663	97
1.6121-1.6855	0.2471	130	0.1814	3687	97
1.6855-1.7743	0.2115	131	0.1789	3695	97
1.7743-1.8855	0.1746	133	0.1745	3744	98
1.8855-2.031	0.2088	129	0.1732	3639	95
2.031-2.2353	0.1636	133	0.1675	3777	98
2.2353-2.5587	0.1908	135	0.1785	3798	99
2.5587-3.2231	0.2037	137	0.1835	3876	99
3.2231-30.448	0.1935	139	0.1635	3936	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5247	0.3902	0.3294	4.6353	0.5194	0.0704	-0.1566	0.7987	0.0171	-0.3601	0.2222	0.7616	0.0744	-0.4354	0.4178	0.1765	-0.1395	-0.024	0.5101	0.1273	0.3815	-15.9037	-18.0867	-21.0685
2	1.6547	0.6753	1.9258	1.1309	2.095	4.8642	0.1209	-0.1633	-0.3521	0.7157	0.0657	0.3593	0.4116	-0.3238	-0.2596	0.2571	-0.0504	0.0488	0.2347	0.0177	0.1641	-5.6621	-16.1614	-12.0755
3	2.2456	1.7889	0.7932	1.9611	0.5317	0.9449	0.0417	-0.0279	0.0401	0.3957	-0.017	0.0986	-0.0388	-0.0405	0.0172	0.2494	0.0019	0.0163	0.169	-0.0057	0.1418	3.1831	-1.6427	-10.5416
4	1.7767	-0.0716	-0.2525	1.559	-0.0261	1.4862	-0.1235	0.0506	0.0408	-0.0415	0.2112	0.3476	-0.1632	-0.4214	0.0401	0.1412	0.0264	-0.0301	0.2121	0.0505	0.1563	-5.2493	-4.521	-21.0836
5	5.1619	-2.9888	-0.6938	2.2938	-0.5311	1.6369	-0.1028	0.4402	-0.3231	-0.1587	-0.3706	-1.1431	-0.0373	1.0253	0.4137	0.1919	0.0472	0.0233	0.3044	0.0395	0.3216	14.3474	-4.4937	-19.9389
6	4.0885	1.3918	1.3584	5.3699	1.9311	3.163	0.0235	0.1917	-0.2233	-0.1829	0.0692	-0.0575	0.328	-0.2159	-0.0613	0.1968	-0.0259	-0.0218	0.1294	0.0224	0.0832	0.1229	-17.8255	-20.5953
7	0.5192	-0.0089	0.8125	0.5114	0.319	1.7014	0.2178	-1.7716	0.0907	1.7449	-0.3542	-0.4252	-0.0644	-0.3468	0.1623	0.9361	-0.3123	0.1473	1.0718	0.145	0.9039	41.4821	-29.1306	-10.8732
8	2.0785	-1.3584	-0.131	4.3271	0.7006	1.0918	0.0032	0.036	-0.0735	0.1471	-0.0184	-0.1669	0.0284	0.083	0.0436	0.1415	-0.0115	-0.0332	0.1571	-0.0015	0.1397	25.1848	-18.507	-7.2732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 37 )	A	25 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 45 )	A	38 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 65 )	A	46 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 108 )	A	66 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 113 )	A	109 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 114 through 136 )	A	114 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 29 )	B	25 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 136 )	B	30 - 136

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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