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Yorodumi- PDB-8cza: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cza | ||||||
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Title | Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to GXH-IV-075 | ||||||
Components | Bromodomain testis-specific protein | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / BRDT / BRD / BET / contraceptive / cancer | ||||||
Function / homology | Function and homology information sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / localization / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / localization / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96 Å | ||||||
Authors | Chan, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity. Authors: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cza.cif.gz | 411.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cza.ent.gz | 348.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cza.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cza_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cza_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 8cza_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
Data in CIF | 8cza_validation.cif.gz | 36.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cza | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7l9mC 7la9C 7mr5C 7mr6C 7mr7C 7mr9C 7mraC 7mrbC 7mrcC 7mrdC 7mrgC 7mrhC 4kcxS 7mre S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13319.365 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRDT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q58F21 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.96→47.4 Å / Num. obs: 24746 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 69.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.96→3.04 Å / Redundancy: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1835 / CC1/2: 0.373 / Rrim(I) all: 2.23 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KCX Resolution: 2.96→47.4 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.51 Å2 / Biso mean: 72.9 Å2 / Biso min: 19.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.96→47.4 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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