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- PDB-7l8q: Crystal structure of human GPX4-U46C with oxidized Cys-46 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l8q
タイトルCrystal structure of human GPX4-U46C with oxidized Cys-46
要素Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / selenium binding / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / glutathione peroxidase / lipoxygenase pathway / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins ...phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / selenium binding / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / glutathione peroxidase / lipoxygenase pathway / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / arachidonate metabolic process / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / glutathione peroxidase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / negative regulation of ferroptosis / dendrite development / protein polymerization / phospholipid metabolic process / cerebellum development / multicellular organism growth / nuclear envelope / response to estradiol / chromatin organization / response to oxidative stress / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase GPX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Forouhar, F. / Liu, H. / Seibt, T. / Saneto, R. / Wigby, K. / Friedman, J. / Xia, X. / Shchepinov, M.S. / Ramesh, S. / Conrad, M. / Stockwell, B.R.
資金援助 米国, ドイツ, ロシア, European Union, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R61NS109407 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01CA87497 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA209896 米国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN03VP04260 ドイツ
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2019-1933 ロシア
European Research Council (ERC)GA 884754European Union
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM141256 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM124165 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Patient-derived variant of GPX4 reveals the structural basis for its catalytic activity and degradation mechanism
著者: Liu, H. / Forouhar, F. / Seibt, T. / Saneto, R. / Wigby, K. / Friedman, J. / Xia, X. / Shchepinov, M.S. / Ramesh, S. / Conrad, M. / Stockwell, B.R.
履歴
登録2020年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0543
ポリマ－21,9361
非ポリマー1182
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.757, 69.035, 35.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase / PHGPx / Glutathione peroxidase 4 / GSHPx-4


分子量: 21936.096 Da / 分子数: 1 / 変異: C46 is oxidized to sulfone / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys-46 is oxidized, so I named it SFO. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36969, phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, and 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→69.04 Å / Num. obs: 23698 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.48→1.5 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 1049 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L8K

7l8k


解像度: 1.48→34.52 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1821 2346 10.08 %
Rwork0.154 20917 -
obs0.157 23263 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.23 Å2 / Biso mean: 22.5835 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 8 212 1553
Biso mean--26.63 35.49 -
残基数----165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.48-1.510.43661430.4291136127993
1.51-1.540.34711400.32911204134495
1.54-1.580.27821310.25631205133696
1.58-1.620.21251470.19881219136696
1.62-1.660.21321350.16671213134898
1.66-1.710.19761310.15731242137398
1.71-1.770.21571180.15041222134096
1.77-1.830.18871220.15761240136297
1.83-1.90.18431530.14611236138999
1.9-1.990.17531390.15041235137499
1.99-2.090.19371410.15371242138399
2.09-2.230.17231340.14881275140999
2.23-2.40.17851240.14821240136498
2.4-2.640.18381190.15261252137198
2.64-3.020.18521460.160912681414100
3.02-3.80.14761560.12621228138499
3.8-34.520.1571670.13091260142799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1821 Å / Origin y: -0.3321 Å / Origin z: 13.1804 Å
111213212223313233
T0.0463 Å2-0.0023 Å20.0006 Å2-0.0502 Å2-0.0134 Å2--0.0423 Å2
L1.6728 °2-0.0193 °2-0.1931 °2-1.0127 °2-0.0348 °2--0.8746 °2
S0.0196 Å °0.0844 Å °-0.0188 Å °0.0127 Å °0.0093 Å °0.01 Å °-0.0044 Å °-0.0002 Å °0.1037 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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