PDB-7l8o: OXA-48 bound by Compound 4.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l8o

タイトル

OXA-48 bound by Compound 4.3

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2020年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7l8o.ent.gz	339 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l8o_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xqrC 7jhqC 7k5vC 7r6zC 3hbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s2p-d 6zrj-2 5oe2-1 5oe0-d 6uvk-2 4s2n-2 5dva-2 3hbr-1 5fat-d 7jhq-1 5dtt-1 5dva-4 6goa-1 5dts-4 6p96-d 7l8o-2 3hbr-2 7r6z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer population seen in gel filtration Structure is monomeric
57.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.039, 122.039, 160.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48 分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GHM residues were left behind at the N-terminus after TEV cleavage 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48

分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GHM residues were left behind at the N-terminus after TEV cleavage
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-XV7 / 9H-fluorene-2,7-disulfonate 分子量: 326.345 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 25 %v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999909 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月19日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999909 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.6 Å / Num. obs: 37105 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 40.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.702→2.798 Å / R_merge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3638 / % possible all: 98.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2.7→48.6 Å / SU ML: 0.2762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.2457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	1865	5.03 %
R_work	0.1684	35202	-
obs	0.1706	37067	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7916	0	121	72	8109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	8225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7381	11138
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0484	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.857	1131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.2935	123	0.2196	2686	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.77-2.86	0.2586	136	0.2065	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-2.95	0.2326	136	0.2022	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.05	0.2949	145	0.2053	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.18	0.2526	155	0.2026	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.32	0.2713	143	0.1919	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.5	0.2256	138	0.1828	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.5-3.71	0.2272	148	0.1737	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.72-4	0.1966	148	0.1719	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4-4.4	0.1736	142	0.1358	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-5.04	0.1691	169	0.1308	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-6.35	0.1865	131	0.162	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.35-48.6	0.1848	151	0.1483	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.70772781217	0.564212426809	1.4188595943	3.43613991037	0.15223822263	1.21470326329	-0.371109440556	0.373761036908	0.603262025201	-0.153817459539	0.153610149403	0.63077297393	-1.02840130871	-0.00689358682157	-0.22423467196	0.99082648079	0.0124982420641	-0.240216275459	0.16601999308	-0.029994973446	0.994831442002	49.7425990706	7.37479017791	24.397891454
2	2.26212491195	0.860703257102	1.0321038096	2.94336585243	-0.432257772641	2.80491533932	-0.342927687469	0.275329903284	0.299547518292	-0.462521132426	0.325192060549	0.195537468459	-0.668245237282	0.335451456668	0.0167833204883	0.465682256191	-0.0926814879489	-0.0657479594203	0.263829406572	-0.00179967130221	0.342448333334	57.8182209943	-5.54716343509	24.8482241626
3	7.13803297765	1.74947385906	-0.787072804998	2.73005558178	-0.801650464676	2.32078447981	-0.028438140293	-0.333455265772	-0.214657393527	0.304011879458	0.118718313147	-0.013959117783	0.694370872703	0.396173015443	-0.082235765272	0.478785597157	0.053055925739	-0.0105799197428	0.220327385733	-0.0667342421001	0.216916288593	58.2165955752	-24.2623295101	35.2209612033
4	2.91283167739	1.09041622116	2.26604361885	2.09779279439	0.392408714964	3.09896130165	-0.280986299639	0.41227145883	0.0148946129624	-0.307078116595	0.318362986801	-0.258609105455	-0.301463506123	0.729365121431	-0.0722438907085	0.331701835364	-0.0979427392521	0.0330885749911	0.298822609646	-0.0838871077403	0.294377070672	62.9611163031	-14.4680910659	24.9191338222
5	1.51487579763	1.23457012716	0.103383763883	2.69697289528	1.18172922108	1.87738862563	-0.3985230277	0.03348179899	0.458629096706	-0.148543758584	0.0554617385642	0.357655607782	-0.652464129517	-0.238849454649	0.319150695482	0.443539047122	0.0300047732412	-0.0646088464733	0.172026384584	-0.0230008427694	0.382109817328	48.3345353559	-6.34318378112	26.9207776244
6	1.81473120872	-0.943912904797	-0.706965360323	5.39836200452	1.81243822102	2.31302239512	-0.526652067833	-0.247561866521	-0.826906080777	0.434789478036	0.272959044301	0.688596101293	0.929778109973	0.00427466726431	-0.0362166517524	0.879744694895	0.0510731588984	0.227432367709	0.23062950295	0.0232534514264	0.696254609081	51.6374819531	-4.01070587135	70.8724363706
7	3.72973990975	-1.48112325862	-0.232107544841	3.26431639292	0.0412681658722	3.38761671543	0.0117718865532	0.0653182543733	0.236003826298	-0.217285175945	0.0696958388849	-0.0468515257649	-0.376074193922	0.320090733093	-0.0949925471051	0.371864762362	-0.0349718785345	0.00952002749075	0.219866938873	-0.0679295980519	0.2014209804	59.1419320317	20.5434028463	59.4984121801
8	3.05394549312	-1.09777721668	-2.26326431596	2.99973599941	0.591909667251	3.33346724444	-0.200806662779	-0.38138282689	-0.0436811758182	0.180980665265	0.251968643757	-0.245718803436	0.206212520963	0.607612472674	-0.0621605295597	0.254678714878	0.0682506284291	-0.0416775924702	0.266412666354	-0.0722174551909	0.272343979897	62.9578594803	14.4606942427	67.9945479142
9	1.5644305102	-0.86808576766	-0.256095508435	2.14372235328	0.987242354554	1.22143446966	-0.417265547017	-0.0397583133416	-0.526996657974	0.1595961314	0.00842126326014	0.304920585772	0.692157641564	-0.170685704015	0.411718039416	0.470432816116	-0.00742377527815	0.0703479832243	0.189211823587	-0.0244543399952	0.416111657198	48.3267058586	6.32670431731	65.9984315575
10	0.128220763229	0.565279320484	-0.124637500031	3.36794226459	1.13214801012	4.56228578525	0.0322220031918	-0.08596487905	-0.865578668301	-0.5728120796	0.118141275569	-0.0849800606214	1.96976575459	0.495212403302	-0.0816560463004	1.26963316717	-0.210013893035	0.310005524984	0.343216102111	-0.0583413866221	0.746380726687	80.0950540206	2.02111208171	16.4748139077
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 142 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 194 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 195 through 265 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 58 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 59 through 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 143 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 195 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 24 through 48 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 49 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 83 through 102 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 103 through 142 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 143 through 194 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 195 through 212 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 213 through 243 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 244 through 265 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 24 through 48 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 49 through 82 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 83 through 130 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 131 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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