PDB-7l81: x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis N-acetyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l81

タイトル

x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis N-acetyltransferase Pcryo_0637 in the presence of coenzyme A and

要素

Putative acetyl transferase protein

キーワード

TRANSFERASE / beta helix / N-acetyltransferase / lipopolysaccharide

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychrobacter cryohalolentis (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Characterization of two enzymes from Psychrobacter cryohalolentis that are required for the biosynthesis of an unusual diacetamido-d-sugar.
著者: Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

履歴

登録	2020年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l81.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l81.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l81_validation.pdf.gz	1015.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l81_full_validation.pdf.gz	1016.6 KB	表示
XML形式データ	7l81_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	7l81_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l7xC 7l7ySC 7l7zC 7l82C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l82-1 7l7z-1 7l7y-1 4ea9-1 4m98-1 4ea7-1 5o4i-3 1jw0-d 3tbc-d 6bkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
77 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.050, 97.050, 66.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-303- CL
2	1	AAA-307- MPD
3	1	AAA-307- MPD
4	1	AAA-606- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Putative acetyl transferase protein 分子量: 23680.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis (strain ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5 / 遺伝子: Pcryo_0637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QD33

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物	ChemComp-UD4 / UDP-2-acetamido-4-amino-2,4,6-trideoxy-alpha-D-glucopyranose / (2R,3R,4S,5S,6R)-3-(acetylamino)-5-amino-4-hydroxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl / ウリジン5′-二りん酸β-[2-(アセチルアミノ)-4-アミノ-2,4,6-トリデオキシ-α-D-グルコピラノシル] 分子量: 590.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₈N₄O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 23-26 % MPD, 100 mM HEPES. protein incubated with 5 mM coenzyme A and 10 mM UDP-2-acetamido-4-amino-2,4,3-trideoxy-D-glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 56136 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10804 / R_sym value: 0.448 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
SAINT		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7l7y

7l7y

解像度: 1.3→28.643 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.09 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	2857	5.089 %
R_work	0.1731	53279	-
all	0.174	-	-
obs	-	56136	98.332 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0.035 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1612	0	127	246	1985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.651	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.427	1.578	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.59	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.14	23.521	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.503	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.98	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.434	1.318	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.394	1.314	880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.01	1.971	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.012	1.975	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.535	1.691	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.534	1.692	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.649	2.451	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.648	2.453	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.189	18.306	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.191	18.322	2043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.333	0.397	199	0.402	3763	X-RAY DIFFRACTION	93.7308
1.333-1.37	0.382	206	0.361	3748	X-RAY DIFFRACTION	95.669
1.37-1.41	0.32	176	0.328	3574	X-RAY DIFFRACTION	94.2448
1.41-1.453	0.31	231	0.308	3530	X-RAY DIFFRACTION	96.7584
1.453-1.501	0.29	186	0.255	3530	X-RAY DIFFRACTION	98.4371
1.501-1.553	0.259	195	0.224	3400	X-RAY DIFFRACTION	99.282
1.553-1.612	0.231	164	0.203	3364	X-RAY DIFFRACTION	99.5766
1.612-1.678	0.206	162	0.18	3186	X-RAY DIFFRACTION	99.5836
1.678-1.752	0.18	186	0.167	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.8449
1.752-1.838	0.184	160	0.152	2967	X-RAY DIFFRACTION	99.9361
1.838-1.937	0.176	150	0.141	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.8313
1.937-2.054	0.155	144	0.141	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.711
2.054-2.196	0.153	115	0.13	2491	X-RAY DIFFRACTION	99.8467
2.196-2.371	0.145	94	0.125	2378	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
2.371-2.597	0.162	132	0.123	2096	X-RAY DIFFRACTION	99.8655
2.597-2.903	0.139	108	0.121	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.903-3.35	0.155	93	0.13	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.099	0.139	69	0.124	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.099-5.778	0.134	65	0.128	1106	X-RAY DIFFRACTION	100
5.778-28.643	0.198	22	0.173	618	X-RAY DIFFRACTION	98.7654

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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