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- PDB-7l7x: X-ray structure of the Pcryo_0638 aminotransferase from Psychroba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l7x
タイトルX-ray structure of the Pcryo_0638 aminotransferase from Psychrobacter cryohalolentis
要素DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / aminotransferase (アミノ基転移酵素) / pyridoxal 5'-phosphate (ピリドキサールリン酸) / carbohydrate (炭水化物) / deoxysugar (デオキシ糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4RA / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / TETRAMETHYLAMMONIUM ION / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter cryohalolentis (サイクロバクター・クリオハロレンティス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134643 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Characterization of two enzymes from Psychrobacter cryohalolentis that are required for the biosynthesis of an unusual diacetamido-d-sugar.
著者: Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
BBB: DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,50720
ポリマ－89,5562
非ポリマー2,95018
水23,0591280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.529, 63.141, 69.853
Angle α, β, γ (deg.)81.747, 78.593, 66.818
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase


分子量: 44778.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis (strain ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5) (サイクロバクター・クリオハロレンティス)
株: ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5 / 遺伝子: Pcryo_0638 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QD32

-
非ポリマー , 6種, 1298分子

#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物 ChemComp-4RA / [(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-methyl-5-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]-4-oxidanyl-oxan-2-yl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 819.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H36N5O20P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TMA / TETRAMETHYLAMMONIUM ION / テトラメチルアンモニウム / テトラメチルアンモニウム


分子量: 74.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18-22% PEG-8000, 200 mM tetramethylammonium chloride. protein incubated with 1 mM PLP and 5 mM UDP-2-acetamido-4-amino-2,4,6-trideoxy-D-glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 202026 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 36011 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3frk

3frk


解像度: 1.3→29.957 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.948 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1692 10084 4.991 %
Rwork0.1499 191942 -
all0.151 --
obs-202026 92.941 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.478 Å2-0.142 Å20.052 Å2
2---0.374 Å2-0.116 Å2
3----0.067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 190 1280 7636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136719
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.6449191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4961.57514010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0835853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38723.003343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.467151075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9171534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.25841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.23194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.22673
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1390.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1570.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2190.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1941.0973242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1921.0963241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8621.6444073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8621.6454074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0211.3033477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0211.3043478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0521.8775091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0511.8775092
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.45115.7218419
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.45115.7238420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.3340.2986620.28112210X-RAY DIFFRACTION80.1195
1.334-1.370.2596730.25512404X-RAY DIFFRACTION83.3301
1.37-1.410.2466650.23912489X-RAY DIFFRACTION86.4087
1.41-1.4530.2346760.21312415X-RAY DIFFRACTION88.2143
1.453-1.5010.26310.19112369X-RAY DIFFRACTION90.7188
1.501-1.5540.1886290.17812206X-RAY DIFFRACTION92.3182
1.554-1.6120.1786060.16511940X-RAY DIFFRACTION93.865
1.612-1.6780.1696020.15111669X-RAY DIFFRACTION95.4496
1.678-1.7530.1656130.14411352X-RAY DIFFRACTION96.4608
1.753-1.8380.1565630.13810872X-RAY DIFFRACTION97.0301
1.838-1.9380.1655610.13610504X-RAY DIFFRACTION98.1288
1.938-2.0550.1565320.1389903X-RAY DIFFRACTION98.295
2.055-2.1970.144940.1289338X-RAY DIFFRACTION98.6257
2.197-2.3720.1494320.1218740X-RAY DIFFRACTION98.9642
2.372-2.5990.1494050.1138079X-RAY DIFFRACTION99.1121
2.599-2.9050.1353930.1167281X-RAY DIFFRACTION98.9555
2.905-3.3530.1613140.1266389X-RAY DIFFRACTION98.6025
3.353-4.1040.1482710.135379X-RAY DIFFRACTION97.9712
4.104-5.7940.1412410.1274133X-RAY DIFFRACTION98.3142
5.794-29.9570.2031210.2052270X-RAY DIFFRACTION97.7514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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