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- PDB-7l7e: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l7e
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with human monoclonal antibodies AZD8895 and AZD1061
要素
  • (heavy chain of human monoclonal antibody ...) x 2
  • (light chain of human monoclonal antibody Fab ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike protein / receptor binding domain / human monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Genetic and structural basis for SARS-CoV-2 variant neutralization by a two-antibody cocktail.
著者: Dong, J. / Zost, S.J. / Greaney, A.J. / Starr, T.N. / Dingens, A.S. / Chen, E.C. / Chen, R.E. / Case, J.B. / Sutton, R.E. / Gilchuk, P. / Rodriguez, J. / Armstrong, E. / Gainza, C. / Nargi, R. ...著者: Dong, J. / Zost, S.J. / Greaney, A.J. / Starr, T.N. / Dingens, A.S. / Chen, E.C. / Chen, R.E. / Case, J.B. / Sutton, R.E. / Gilchuk, P. / Rodriguez, J. / Armstrong, E. / Gainza, C. / Nargi, R.S. / Binshtein, E. / Xie, X. / Zhang, X. / Shi, P.Y. / Logue, J. / Weston, S. / McGrath, M.E. / Frieman, M.B. / Brady, T. / Tuffy, K.M. / Bright, H. / Loo, Y.M. / McTamney, P.M. / Esser, M.T. / Carnahan, R.H. / Diamond, M.S. / Bloom, J.D. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2020年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
B: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
C: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
D: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
E: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
F: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
H: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
I: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
J: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
L: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
M: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
N: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
O: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
P: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
T: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
U: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
G: Spike protein S1
K: Spike protein S1
S: Spike protein S1
b: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,42232
ポリマ－483,77720
非ポリマー1,64512
水2,594144
1
A: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
B: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
E: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
F: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
G: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3558
ポリマ－120,9445
非ポリマー4113
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area46530 Å2
手法PISA
2
C: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
D: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
T: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
U: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
b: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3558
ポリマ－120,9445
非ポリマー4113
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area46320 Å2
手法PISA
3
H: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
L: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
M: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
N: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
S: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3558
ポリマ－120,9445
非ポリマー4113
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area46250 Å2
手法PISA
4
I: heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895
J: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895
O: heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
P: light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061
K: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3558
ポリマ－120,9445
非ポリマー4113
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area46470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.152, 152.525, 199.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
抗体 , 4種, 16分子 AHITBJLUCEMODFNP

#1: 抗体
heavy chain of human monoclonal antibody AZD8895


分子量: 23941.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
light chain of human monoclonal antibody Fab AZD8895


分子量: 23574.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
heavy chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061


分子量: 25051.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
light chain of human monoclonal antibody Fab AZD1061


分子量: 24147.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 GKSb

#5: タンパク質
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 24229.189 Da / 分子数: 4 / Fragment: receptor binding domain (UNP residues 330-529) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 152分子

#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5% PEG1000, 40% reagent alcohol, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.21 Å / Num. obs: 115751 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 16908

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6XC2 & 5JRP

6xc2

5jrp


解像度: 3→34.78 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 5622 4.87 %
Rwork0.2154 --
obs0.2182 115489 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32639 0 96 144 32879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59845610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3814691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.030.39011800.30963696X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.070.36551840.2953630X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.110.37391900.28473639X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.150.33061750.27593665X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.190.38941630.27933654X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.230.37381730.27573709X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.280.34291990.28043593X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.330.36041870.26873655X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.380.32862080.25693621X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.430.34361880.24893657X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.490.30381900.23583643X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.560.25151630.21733701X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.620.30011890.22163644X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.70.30461920.23213655X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.780.25371640.23483632X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.870.29251760.22343704X-RAY DIFFRACTION100
3.87-3.960.28641730.21313631X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.070.24161840.19683691X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.190.26111670.18993690X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.320.23281880.18413664X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.480.20812090.17253660X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.660.22931810.16753689X-RAY DIFFRACTION100
4.66-4.870.2251790.17423683X-RAY DIFFRACTION100
4.87-5.130.22221800.17123684X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.450.25022190.17733617X-RAY DIFFRACTION100
5.45-5.860.26692280.19563642X-RAY DIFFRACTION100
5.86-6.450.24052090.1983670X-RAY DIFFRACTION100
6.45-7.380.25432260.21393644X-RAY DIFFRACTION100
7.38-9.260.22221750.18913716X-RAY DIFFRACTION100
9.27-34.780.23041830.21383688X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.5646 Å / Origin y: -7.7125 Å / Origin z: 49.4275 Å
111213212223313233
T0.2334 Å2-0.0372 Å2-0.0283 Å2-0.2564 Å20.0044 Å2--0.4313 Å2
L0.0741 °2-0.0277 °2-0.0151 °2-0.1314 °2-0.0041 °2--0.1284 °2
S-0.0028 Å °-0.0909 Å °-0.0016 Å °0.0983 Å °0.0062 Å °-0.0427 Å °-0.0065 Å °-0.008 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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