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- PDB-7l5t: Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l5t
タイトルCrystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-spectrum Beta-lactamase OXA-14 from Pseudomonas aeruginosa in Complex with Covalently Bound Clavulanic Acid
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Class D Beta-lactamase / OXA-14 / Clavulanic Acid / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases / MPID / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-3-[(4-hydroxy-2-oxobutyl)amino]prop-2-enal / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases (MPID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-spectrum Beta-lactamase OXA-14 from Pseudomonas aeruginosa in Complex with Covalently Bound Clavulanic Acid
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,47921
ポリマ－55,6532
非ポリマー1,82619
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 95.451, 125.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / OXA-14 Beta-lactamase


分子量: 27826.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: OXA-14, blaOXA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic / 参照: UniProt: Q59648, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ISS / (2E)-3-[(4-hydroxy-2-oxobutyl)amino]prop-2-enal


分子量: 157.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen - AmSO4 (F6): 0.1M Bicine pH 9.0, 2.4M Ammonium sulfate; Soak & Cryo: 50mM Clavulanic acid, 2M Lithium sulfate, 10 min
PH範囲: 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月13日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 48753 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2374 / CC1/2: 0.848 / CC star: 0.958 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.916 / Rsym value: 0.841 / Χ2: 1.003 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E3U

1e3u


解像度: 1.88→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.389 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2457 5 %RANDOM
Rwork0.1672 ---
obs0.1687 46232 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.01 Å2 / Biso mean: 31.172 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--2.16 Å2-0 Å2
3----2.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3902 0 116 358 4376
Biso mean--75.37 36.31 -
残基数----493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.6315560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3731.5738708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7535497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31123.463205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.8715714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9271516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0550.024509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.050.02831
LS精密化 シェル解像度: 1.881→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 181 -
Rwork0.229 3275 -
all-3456 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1225-2.00610.69072.83650.32022.15-0.08780.2245-0.4291-0.1227-0.02530.35310.3771-0.16920.11310.1657-0.049-0.00490.0649-0.06120.1061-19.2994-3.5638-13.2504
20.8130.35280.64731.12080.88272.8788-0.04470.1341-0.0181-0.0550.0495-0.05690.03830.1536-0.00480.0217-0.01040.00360.0278-0.01060.0622-10.49749.0314-4.8425
36.3738-4.48753.02725.1852-2.72315.0232-0.3251-0.32220.0120.41970.29430.0591-0.1747-0.41760.03080.03570.01870.00280.03930.00550.0181-17.644318.912614.9214
40.53970.2029-0.02130.79090.15541.3458-0.0110.0165-0.0279-0.02470.0068-0.04040.06470.06910.00410.01470.005-0.00720.0173-0.00310.0529-9.585911.14760.7372
51.7164-1.54610.21793.4344-1.18292.1715-0.0040.0273-0.21780.01140.07760.28530.2806-0.1494-0.07370.074-0.02430.00090.0226-0.01490.0605-21.13940.4339-4.2157
67.47614.32632.18853.4972.71776.9511-0.1037-0.16670.54010.22-0.1930.4964-0.0052-0.62520.29670.11730.00520.04960.11320.0210.1026-22.9935-0.409739.2333
71.29930.1705-0.46761.5914-0.55683.06550.0553-0.0599-0.31740.1205-0.1261-0.05650.1956-0.12020.07090.122-0.0378-0.03570.02670.02880.1116-12.6959-8.350130.8121
81.84390.12960.55923.3995-0.03612.4394-0.04780.0172-0.3094-0.2376-0.078-0.07570.3293-0.0350.12570.29060.05080.02430.0155-0.01810.1903-5.3458-19.580312.0949
94.2533-2.1663-1.76941.82891.79024.2671-0.183-0.1689-0.62020.17880.0061-0.02060.68520.2640.17690.20840.0739-0.01280.05790.08930.34532.1471-16.052529.4671
101.04630.40350.00061.6412-0.38222.35930.03660.0449-0.2003-0.0302-0.0389-0.01390.2495-0.25540.00230.1182-0.0295-0.02790.04910.01520.1055-15.4459-6.626625.2033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4A108 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5A216 - 265
6X-RAY DIFFRACTION6B19 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7B31 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8B84 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9B125 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10B161 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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