[日本語] English
万見
- PDB-7l5b: Crystallographic structure of neutralizing antibody 2-15 in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l5b
タイトルCrystallographic structure of neutralizing antibody 2-15 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor-binding Domain (RBD).
要素
  • 2-15 Heavy chain
  • 2-15 Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Spike protein S1 / receptor binding protein SARS COV-2 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Reddem, E.R. / Shapiro, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other privateJACK MA Foundation 中国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Modular basis for potent SARS-CoV-2 neutralization by a prevalent VH1-2-derived antibody class.
著者: Micah Rapp / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Jian Yu / Lihong Liu / Pengfei Wang / Gabriele Cerutti / Phinikoula Katsamba / Jude S Bimela / Fabiana A Bahna / Seetha M Mannepalli / Baoshan ...著者: Micah Rapp / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Jian Yu / Lihong Liu / Pengfei Wang / Gabriele Cerutti / Phinikoula Katsamba / Jude S Bimela / Fabiana A Bahna / Seetha M Mannepalli / Baoshan Zhang / Peter D Kwong / Yaoxing Huang / David D Ho / Lawrence Shapiro / Zizhang Sheng /
要旨: Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To ...Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To provide insight into whether these genetic similarities inform common modes of recognition, we determine the structures of the SARS-CoV-2 spike in complex with three VH1-2-derived antibodies: 2-15, 2-43, and H4. All three use VH1-2-encoded motifs to recognize the receptor-binding domain (RBD), with heavy-chain N53I-enhancing binding and light-chain tyrosines recognizing F486. Despite these similarities, class members bind both RBD-up and -down conformations of the spike, with a subset of antibodies using elongated CDRH3s to recognize glycan N343 on a neighboring RBD-a quaternary interaction accommodated by an increase in RBD separation of up to 12 Å. The VH1-2 antibody class, thus, uses modular recognition encoded by modular genetic elements to effect potent neutralization, with the VH-gene component specifying recognition of RBD and the CDRH3 component specifying quaternary interactions.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Modular basis for potent SARS-CoV-2 neutralization by a prevalent VH1-2-derived antibody class
著者: Rapp, M. / Guo, Y. / Reddem, E.R. / Liu, L. / Wang, P. / Yu, J. / Cerutti, G. / Bimela, J. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Zhang, B. / Kwong, P.D. / Ho, D.D. / Shapiro, L. / Sheng, Z.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: 2-15 Heavy chain
L: 2-15 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9873
ポリマ－73,9873
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.013, 70.439, 140.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 26898.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 2-15 Heavy chain


分子量: 24333.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 2-15 Light Chain


分子量: 22755.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, 70 % MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→102.49 Å / Num. obs: 27227 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.951 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 1.7
反射 シェル解像度: 3.18→3.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique obs: 4388 / CC1/2: 0.992

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
PHENIX(1.18.2_3874: ???)位相決定
AimlessV.7.0データスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7bz5

7bz5


解像度: 3.18→102.49 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 2040 10.05 %
Rwork0.1868 --
obs0.1919 20304 91.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→102.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4569 0 0 0 4569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.416384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.505649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.18-3.250.2896250.2049205X-RAY DIFFRACTION20
3.25-3.330.2435930.1928885X-RAY DIFFRACTION68
3.33-3.420.22591540.16831294X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.520.24381450.1481328X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.640.21331420.15291299X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.770.26071510.17881332X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.920.18431530.14891314X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.10.18351490.15751315X-RAY DIFFRACTION99
4.1-4.310.21361400.15331311X-RAY DIFFRACTION99
4.31-4.580.19871470.16461315X-RAY DIFFRACTION100
4.58-4.940.23941510.17581331X-RAY DIFFRACTION100
4.94-5.430.20531490.17991347X-RAY DIFFRACTION100
5.43-6.220.22411440.19361316X-RAY DIFFRACTION100
6.22-7.830.30831530.24091347X-RAY DIFFRACTION99
7.84-8.880.3391440.26311325X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る