PDB-7l4w: Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l4w

タイトル

Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex with compound 2d

要素

Monoglyceride lipase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Serine hydrolase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

acylglycerol metabolic process / : / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-XOV / Monoglyceride lipase

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Qin, L. / Gay, S.C. / Lane, W. / Skene, R.J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design and Synthesis of Novel Spiro Derivatives as Potent and Reversible Monoacylglycerol Lipase (MAGL) Inhibitors: Bioisosteric Transformation from 3-Oxo-3,4-dihydro-2 H -benzo[ b ][1,4]oxazin-6-yl Moiety.
著者: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / ...

履歴

登録	2020年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l4w.cif.gz	241.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l4w.ent.gz	193 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l4w_validation.pdf.gz	871.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l4w_full_validation.pdf.gz	855.3 KB	表示
XML形式データ	7l4w_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	7l4w_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l4tC 7l4uC 7l50C 5zunS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jw8-1 7l4t-2 7l4u-2 7l4w-2 7l4u-1 3quo-d 6uqz-2 1wra-2 6ax1-2 2ich-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoglyceride lipase

B: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monoglyceride lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.623, 127.215, 135.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Monoglyceride lipase 分子量: 35234.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DFN3
#2: 化合物	ChemComp-XOV / (2s,4R)-2-{4-[(2-chloro-4-fluorophenoxy)methyl]piperidine-1-carbonyl}-7-oxa-5-azaspiro[3.4]octan-6-one 分子量: 396.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂ClFN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaOAc pH 5.5, 32-38% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 41130 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 294040

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.2-2.24	5.2	1943	0.837	0.465	0.989	97.1
2.24-2.28	6.5	2048	0.875	0.464	0.944	99.1
2.28-2.32	7.1	2031	0.904	0.405	0.968	99.9
2.32-2.37	7.3	2050	0.916	0.391	0.984	100	0.987
2.37-2.42	7.4	2048	0.951	0.302	1.029	100	0.767	0.825
2.42-2.48	7.4	2016	0.932	0.297	1.014	100	0.753	0.81
2.48-2.54	7.4	2053	0.959	0.218	1.043	100	0.552	0.594
2.54-2.61	7.4	2043	0.976	0.17	1.022	100	0.431	0.464
2.61-2.69	7.4	2013	0.98	0.136	1.034	100	0.346	0.373
2.69-2.77	7.4	2060	0.99	0.099	1.002	100	0.253	0.272
2.77-2.87	7.4	2031	0.993	0.076	1.008	100	0.194	0.209
2.87-2.99	7.4	2083	0.995	0.062	1.01	100	0.158	0.17
2.99-3.12	7.4	2042	0.995	0.048	1.013	100	0.122	0.131
3.12-3.29	7.4	2061	0.998	0.034	0.998	100	0.086	0.093
3.29-3.49	7.4	2061	0.998	0.027	0.999	100	0.068	0.073
3.49-3.76	7.3	2068	0.999	0.021	1.011	99.9	0.052	0.057
3.76-4.14	7.2	2082	0.998	0.02	0.994	100	0.049	0.053
4.14-4.74	7	2089	0.998	0.021	1.015	100	0.051	0.055
4.74-5.97	6.9	2106	0.999	0.016	1	100	0.04	0.044
5.97-50	6.9	2202	0.999	0.01	0.986	99.4	0.025	0.027

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZUN

5zun

解像度: 2.2→38.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 14.805 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.1992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2211	2031	5 %	RANDOM
R_work	0.1865	-	-	-
obs	0.1883	38970	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.25 Å² / B_iso mean: 61.308 Å² / B_iso min: 35.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→38.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4457	0	54	131	4642
B_iso mean	-	-	56.19	59.3	-
残基数	-	-	-	-	578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4623
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.65	6290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.566	9894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.607	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.272	21.651	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.955	15	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.367	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	941

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.253 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	122	-
R_work	0.341	2713	-
obs	-	-	93.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2823	-0.4899	-0.126	2.7232	-0.3238	0.2227	-0.0708	0.0545	0.0494	-0.0617	0.0798	-0.1933	0.0463	-0.0731	-0.009	0.1932	-0.0386	-0.0027	0.0282	-0.0074	0.1553	-21.108	-10.81	-50.302
2	0.0344	-0.0218	-0.1005	2.1142	-0.5229	0.7986	-0.0649	-0.0075	-0.0244	0.1131	-0.0012	0.0379	0.0036	0.0055	0.066	0.206	0.0363	0.0817	0.0176	0.0441	0.1188	-26.572	12.247	-18.183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 294
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 294
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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