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万見
- PDB-3jw8: Crystal structure of human mono-glyceride lipase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jw8
タイトルCrystal structure of human mono-glyceride lipase
要素MGLL protein
キーワードHYDROLASE / alpha-beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / triglyceride catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / regulation of inflammatory response / inflammatory response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monoglyceride lipase / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bertrand, T. / Auge, F. / Houtmann, J. / Rak, A. / Vallee, F. / Mikol, V. / Berne, P.F. / Michot, N. / Cheuret, D. / Hoornaert, C. / Mathieu, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for human monoglyceride lipase inhibition.
著者: Bertrand, T. / Auge, F. / Houtmann, J. / Rak, A. / Vallee, F. / Mikol, V. / Berne, P.F. / Michot, N. / Cheuret, D. / Hoornaert, C. / Mathieu, M.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGLL protein
B: MGLL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4449
ポリマ－71,6172
非ポリマー8277
水9,584532
1
A: MGLL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2815
ポリマ－35,8081
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MGLL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1634
ポリマ－35,8081
非ポリマー3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: MGLL protein
ヘテロ分子

A: MGLL protein
ヘテロ分子

A: MGLL protein
ヘテロ分子

A: MGLL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,12420
ポリマ－143,2334
非ポリマー1,89116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area45020 Å2
手法PISA
4
B: MGLL protein
ヘテロ分子

B: MGLL protein
ヘテロ分子

B: MGLL protein
ヘテロ分子

B: MGLL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,65216
ポリマ－143,2334
非ポリマー1,41812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area44390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.588, 126.311, 140.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 MGLL protein / Monoglyceride lipase / isoform CRA_b / cDNA / FLJ96595 / Homo sapiens monoglyceride lipase (MGLL) / mRNA


分子量: 35808.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL, hCG_40840 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6IBG9, UniProt: Q99685*PLUS, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES, 40% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9797, 0.9799, 1.000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月28日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
311
反射解像度: 2.1→73.9 Å / Num. all: 44315 / Num. obs: 44315 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.149 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.9.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→17.21 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 2230 5.03 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
obs-44314 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2451 Å20 Å20 Å2
2--0.7965 Å20 Å2
3----0.5514 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 56 532 4992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 173 5.39 %
Rwork0.1522 3037 -
obs-3210 98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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