PDB-1gyh: Structure of D158A Cellvibrio cellulosa alpha-L-arabinanase mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gyh

タイトル

Structure of D158A Cellvibrio cellulosa alpha-L-arabinanase mutant

要素

ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

キーワード

HYDROLASE / ARABINANASE / PROPELLER / CATALYSIS / CELLVIBRIO / PSEUDOMONAS

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CELLVIBRIO CELLULOSA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Nurizzo, D. / Turkenburg, J.P. / Charnock, S.J. / Roberts, S.M. / Dodson, E.J. / McKie, V.A. / Taylor, E.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Cellovibrio Cellulosa Alpha-L-Arabinanase 43A Has a Novel Five-Blade Beta-Propeller Fold
著者: Nurizzo, D. / Turkenburg, J.P. / Charnock, S.J. / Roberts, S.M. / Dodson, E.J. / Mckie, V.A. / Taylor, E.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2002年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年4月10日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gyh.cif.gz	808.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gyh.ent.gz	672.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gyh_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gyh_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	1gyh_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	1gyh_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gydC 1gyeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gyd-d 6g82-d 5xcz-d 3srg-d 4kcb-2 4hho-d 6bbs-d 3tgh-d 1eyw-d 5d9p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

B: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

C: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

D: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

E: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

F: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

217 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.556, 79.557, 132.402
Angle α, β, γ (deg.)	88.83, 89.58, 83.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ARABINAN ENDO-1,5-ALPHA-L-ARABINOSIDASE A / ALPHA-L-ARABINANASE / ABN A / ENDO-1 / 5-ALPHA-L-ARABINANASE A 分子量: 36146.512 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION ASP 158 ALA 由来: (組換発現) CELLVIBRIO CELLULOSA (バクテリア) プラスミド: PVM1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner 参照: UniProt: P95470*PLUS, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION: ASP 158 ALA
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %

結晶化

pH: 6.5
詳細: 18% PEG5000 MME, 4% AMMONIUM SULFATE, 100MM NA-CACODYLATE PH6.5, 20% GLYCEROL, pH 6.50

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	18 %(w/v)	PEG5000 MME	1	1
2	4 %(w/v)	ammonium sulfate	1	1
3	100 mM	sodium cacodylate	1	1	pH6.5
4	20 %(v/v)	glycerol	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 155379 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.89 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.37
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 1.75 % / R_merge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 89.8
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度*: 1.9 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs*: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.13	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MAP FROM AN A P6522 CRYSTAL FORM SOLVED BY MAD

解像度: 1.89→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.191 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	730	0.5 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
obs	0.147	154093	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.44 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-1.25 Å²	0.48 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15319	0	6	1910	17235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	15900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.926	21600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.484	3	32043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.002	5	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	14879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	7985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.123	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.308	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.311	1.5	9426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.899	2	15126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.929	3	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.089	4.5	6469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.27	40
R_work	0.164	9799

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7946	0.1627	0.4344	1.6837	-0.2047	0.7213	0.0191	-0.0423	-0.0381	-0.0362	0.0168	-0.0146	0.0167	-0.1136	-0.0359	0.0209	0.0083	0.0325	0.0853	-0.0379	0.1183	0.142	0.079	-0.053
2	1.6556	-0.7737	0.2315	1.5023	-0.1268	1.4461	0.0595	0.1543	-0.1184	-0.0318	-0.0867	0.0114	0.0762	0.0473	0.0273	0.0103	-0.0079	0.0384	0.178	-0.0379	0.1434	19.759	8.537	89.472
3	0.3049	0.2139	-0.0712	2.8554	-0.2974	1.0544	0.041	-0.0467	0.0247	0.212	-0.0878	-0.0779	-0.1399	-0.0052	0.0468	0.1481	-0.0384	-0.0271	0.0633	-0.0156	0.1414	15.874	39.104	22.25
4	2.1272	-0.8712	-0.9331	1.895	0.0242	1.7358	0.2255	0.0889	0.4208	-0.2336	-0.0209	-0.0355	-0.4617	-0.1665	-0.2046	0.2629	0.0588	0.0366	0.0755	-0.0313	0.254	42.637	40.787	112.308
5	0.6786	0.2172	-0.2917	2.8583	-1.7245	2.3237	-0.0209	-0.0836	-0.0737	0.2958	-0.1489	-0.188	-0.1415	0.1716	0.1698	0.1407	-0.0505	-0.0545	0.115	0.0183	0.1646	20.092	1.036	43.191
6	1.8317	-0.2493	0.6355	1.8385	-1.0192	1.3311	0.1335	0.4251	0.3272	0.0046	-0.071	0.2015	-0.1539	-0.0201	-0.0625	0.1544	0.1366	0.1234	0.5057	0.2316	0.2772	52.64	41.432	66.036

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 346
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	31 - 346
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	31 - 346
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	31 - 346
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	31 - 346

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.2 / R_factor R_work: 0.15

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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