PDB-3quo: Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Strep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3quo

タイトル

Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with ATP and fosfomycin

要素

FomA protein

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / fosfomycin / antibiotic resistance / phosphoryl transfer / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / glutamate 5-kinase activity / : / isoprenoid biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces wedmorensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of fosfomycin phosphorylation by fosfomycin resistance kinase FomA.
著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.

履歴

登録	2011年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3quo.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3quo.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3quo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3quo_validation.pdf.gz	774.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3quo_full_validation.pdf.gz	778.9 KB	表示
XML形式データ	3quo_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3quo_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3quo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3quo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qunC 3qurC 3qvfC 3qvhC 3d40S 3d41 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rre-2 5f8p-d 3mwt-3 3qvf-1 1q7m-2 5dab-d 6emg-d 6ldn-d 2h52-d 6aej-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FomA protein

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FomA protein

ヘテロ分子

A: FomA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.330, 87.330, 78.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	FomA protein 分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア) 遺伝子: fomA, fosfomycin resistance kinase / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56187
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-FCN / FOSFOMYCIN / 1,2-EPOXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / ホスホマイシン分子量: 138.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₄P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNPROT ENTRY Q56187 IS WRONG AT POSITION 31

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 17 % PEG3350, 25 % glycerol, 0.1 M MES, 10 mM ATP, 10 mM fosfomycin , pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 42575 / Num. obs: 42575 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 35.6
反射シェル	解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4204 / R_sym value: 0.561 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3D40

3d40

解像度: 1.58→26.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.778 / SU ML: 0.045 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20287	604	1.5 %	RANDOM
R_work	0.16137	-	-	-
obs	0.16194	39740	84.47 %	-
all	-	39740	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0.47 Å²	0 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→26.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2018	0	39	203	2260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.113	1.98	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.147	3	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.8	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.694	21.685	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.768	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.444	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.279	1.5	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.424	1.5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.14	2	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.093	3	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.876	4.5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.446	39	-
R_work	0.318	2488	-
obs	-	2488	72.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5392	0.5108	0.3489	1.747	0.6301	1.3554	-0.0381	-0.193	-0.1657	0.0403	0.0323	0.0473	0.2296	0.085	0.0058	0.0537	0.0231	0.0021	0.0418	0.0366	0.0646	26.3774	17.1079	14.5011
2	1.2704	-0.3875	0.1319	0.5983	-0.0505	1.0931	0.0181	-0.0513	-0.0698	-0.011	-0.0099	-0.0263	0.1702	0.1639	-0.0082	0.0355	0.0222	0.0055	0.0323	0.0085	0.0479	29.8271	19.0591	5.4123

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-9 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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