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- PDB-3quo: Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3quo
タイトルCrystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with ATP and fosfomycin
要素FomA protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / fosfomycin (ホスホマイシン) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / phosphoryl transfer / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ホスホマイシン / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of fosfomycin phosphorylation by fosfomycin resistance kinase FomA.
著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FomA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5223
ポリマ－30,8771
非ポリマー6452
水3,657203
1
A: FomA protein
ヘテロ分子

A: FomA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0446
ポリマ－61,7542
非ポリマー1,2904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.330, 87.330, 78.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 FomA protein


分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
遺伝子: fomA, fosfomycin resistance kinase / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56187
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FCN / FOSFOMYCIN / 1,2-EPOXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / ホスホマイシン / ホスホマイシン


分子量: 138.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNPROT ENTRY Q56187 IS WRONG AT POSITION 31

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 17 % PEG3350, 25 % glycerol, 0.1 M MES, 10 mM ATP, 10 mM fosfomycin , pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 42575 / Num. obs: 42575 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4204 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3D40

3d40


解像度: 1.58→26.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.778 / SU ML: 0.045 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20287 604 1.5 %RANDOM
Rwork0.16137 ---
obs0.16194 39740 84.47 %-
all-39740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→26.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 39 203 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0212131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.982903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14733483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.69421.68589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76815334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4441522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.51325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4241.5543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1422122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0933806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8764.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 39 -
Rwork0.318 2488 -
obs-2488 72.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53920.51080.34891.7470.63011.3554-0.0381-0.193-0.16570.04030.03230.04730.22960.0850.00580.05370.02310.00210.04180.03660.064626.377417.107914.5011
21.2704-0.38750.13190.5983-0.05051.09310.0181-0.0513-0.0698-0.011-0.0099-0.02630.17020.1639-0.00820.03550.02220.00550.03230.00850.047929.827119.05915.4123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-9 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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