PDB-7l3q: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l3q

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-methylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Acetyl-coenzyme A synthetase / methyl-AMP / CoA / Co-Enzyme A / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetyl-CoA synthetase activity / : / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coccidioides immitis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-methylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS
著者: Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l3q.cif.gz	748.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l3q.ent.gz	615.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kcpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kq6-1 6j0y-2 7kvy-d 6q9g-2 7kq6-3 2x8b-d 6hl2-1 2p2f-2 5j35-d 3sej-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CoimA.00629.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

240 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.440, 116.270, 106.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 78435.828 Da / 分子数: 3 / 断片: CoimA.00629.a.FS11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coccidioides immitis (strain RS) (菌類) 株: RS / 遺伝子: CIMG_01510 / プラスミド: CoimA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3KJC6, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-XM7 / 5'-O-[(R)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 361.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₇P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.73 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: RigakuReagents MCSG-1, A6: 18.71% PEG 3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-methylphosphate + 1mM Co-Enyzme A; Cryo: ...詳細: RigakuReagents MCSG-1, A6: 18.71% PEG 3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-methylphosphate + 1mM Co-Enyzme A; Cryo: 20% ethylene glycol; tray 317940a6, puck mgf7-8.

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.73 % / Mosaicity: 0.25 °

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: RigakuReagents MCSG-1, A6: 18.71% PEG 3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-methylphosphate + 1mM Co-Enyzme A; Cryo: ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 115434 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.74
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19RC4-4035	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7KCP

7kcp

解像度: 2.15→46.38 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	2058	1.78 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.188	115426	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14395	0	280	540	15215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	20651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.931	5220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2245
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.3374	147	0.2793	7781	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.26	0.3078	132	0.2666	7818	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.32	0.2857	141	0.2482	7746	X-RAY DIFFRACTION	97
2.32-2.38	0.2425	137	0.2335	7706	X-RAY DIFFRACTION	96
2.38-2.46	0.2798	143	0.221	7708	X-RAY DIFFRACTION	96
2.46-2.55	0.2623	141	0.2255	7671	X-RAY DIFFRACTION	96
2.55-2.65	0.2644	135	0.2136	7596	X-RAY DIFFRACTION	95
2.65-2.77	0.2536	140	0.2093	7584	X-RAY DIFFRACTION	94
2.77-2.92	0.2545	146	0.2076	7527	X-RAY DIFFRACTION	94
2.92-3.1	0.2593	135	0.2043	7432	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1-3.34	0.2409	138	0.195	7450	X-RAY DIFFRACTION	92
3.34-3.68	0.2289	129	0.1777	7387	X-RAY DIFFRACTION	92
3.68-4.21	0.1961	141	0.154	7308	X-RAY DIFFRACTION	91
4.21-5.3	0.1819	130	0.1456	7356	X-RAY DIFFRACTION	91
5.3-46.38	0.2242	123	0.1729	7298	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6904	0.7555	0.6645	2.265	0.3446	3.3074	0.1897	-0.8087	0.4807	1.0284	0.1018	0.0739	-0.2542	-0.055	-0.2784	0.7906	0.113	0.0693	0.6478	-0.2982	0.6506	10.8804	19.898	51.9476
2	2.2098	-0.1151	0.0019	1.3823	-0.0839	1.2833	0.0343	-0.5533	-0.0689	0.234	-0.0083	-0.0099	0.0748	-0.0456	-0.006	0.3355	0.0069	-0.0182	0.2936	0.0223	0.2099	22.3171	-0.8297	42.9423
3	3.0521	0.2151	-0.2167	2.4734	0.5456	3.3405	0.0227	-0.4691	0.1338	0.2937	-0.0296	0.3599	-0.064	-0.5793	0.0252	0.3311	0.0027	0.0568	0.4174	0.0243	0.3184	1.9465	0.5616	41.4043
4	1.948	0.0139	-0.551	3.0714	-3.1731	3.4351	0.0486	-0.2393	-0.0522	0.9874	-0.1051	0.3024	-0.1157	0.1862	0.0349	1.008	-0.159	0.1793	0.7517	0.2407	0.8657	4.0788	-21.5464	53.922
5	1.6999	0.2132	-0.4488	0.1602	0.3053	1.8829	0.2003	-0.9477	-0.5076	1.4636	-0.1198	0.4683	-0.1114	0.0816	-0.0389	1.11	-0.1671	0.2813	0.7047	0.28	0.8814	3.3504	-23.6259	58.3205
6	3.4805	-0.6169	0.6388	2.8629	0.1491	3.0024	0.0704	0.4963	0.418	-0.624	0.0301	0.6724	-0.6722	-0.7211	-0.0497	0.5716	0.114	-0.1087	0.5894	0.2621	0.6409	3.325	19.89	-16.1811
7	1.8264	0.0103	-0.4728	0.9262	0.067	1.5091	-0.0387	0.1857	-0.2342	0.0692	-0.0027	0.0445	0.1929	-0.2016	0.0322	0.2492	-0.0547	-0.0161	0.2144	0.0076	0.3045	8.3758	-6.1672	6.0141
8	1.0823	-0.1146	-0.5325	0.9929	0.0182	1.6833	-0.0175	0.4536	0.0169	-0.089	0.025	0.2847	-0.0089	-0.596	0.0031	0.2399	-0.0386	-0.0511	0.4243	0.0368	0.3258	0.0261	1.8412	-4.1448
9	1.447	-0.2055	-0.0981	1.7238	-0.082	1.8324	-0.0024	0.5755	0.2238	-0.2693	0.0761	0.0971	0.0062	-0.4819	-0.0602	0.3184	-0.0466	-0.064	0.4803	0.0908	0.2973	11.0318	5.8659	-18.2206
10	1.6072	0.3841	0.0133	7.4435	0.5037	2.105	0.1048	0.9727	-0.2975	-0.605	-0.144	0.4763	0.3938	-0.1466	0.0339	0.5565	-0.0657	-0.1217	0.8131	-0.1527	0.5613	7.5728	-9.1539	-23.2163
11	1.6702	0.4241	1.0243	0.6885	-0.7346	2.3814	-0.1698	0.4335	-0.1436	-0.9799	-0.3192	0.9878	0.5511	-0.7599	0.3862	0.9393	-0.1276	-0.2055	0.8165	-0.3207	0.9571	1.3144	-23.4665	-26.2639
12	3.056	0.1823	-0.1851	2.4895	-0.0341	2.3075	-0.2292	0.4327	0.635	-0.363	-0.0096	-0.6546	-0.5884	1.071	0.239	0.5354	-0.2201	0.0008	0.6869	0.1124	0.6344	66.1854	19.6201	10.9454
13	1.4077	-0.2032	0.1865	1.0904	-0.4035	1.6915	0.0128	0.1635	-0.1556	-0.1755	-0.0293	-0.029	0.3675	0.2335	0.0097	0.3111	0.0528	0.0367	0.2103	-0.0375	0.26	44.0238	-6.199	4.3472
14	1.2974	0.0398	0.5617	0.9524	-0.0237	1.9186	-0.0031	0.157	0.0804	-0.1004	-0.0255	-0.2352	0.0276	0.6901	0.0263	0.2356	0.0355	0.0602	0.3841	-0.0046	0.3283	59.8408	3.5004	9.2023
15	1.0397	0.6525	0.2917	8.1496	0.4163	1.3569	-0.0111	-0.0495	-0.6121	-0.0934	-0.015	-1.2507	0.4099	0.6951	0.0431	0.46	0.1886	0.0835	0.7077	0.0093	0.7159	69.514	-9.5853	18.0172
16	3.7318	-2.4352	-0.7047	1.9778	1.2846	1.8855	0.2567	0.5731	-0.1272	-0.3716	-0.2078	-1.1387	-0.0874	0.1318	-0.0407	0.7141	0.3389	0.2305	0.776	0.0872	1.1342	72.7663	-26.2398	11.4863
17	2.2482	-1.0872	0.8402	2.0302	1.4355	3.0567	0.0296	0.3467	0.5282	-0.0883	0.0851	-1.1215	0.017	1.136	-0.1403	0.5426	0.178	0.1397	0.8943	0.0944	1.2789	78.4609	-20.5066	16.3414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'C' AND (RESID 11 THROUGH 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'C' AND (RESID 54 THROUGH 484 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'C' AND (RESID 485 THROUGH 542 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'C' AND (RESID 543 THROUGH 589 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'C' AND (RESID 590 THROUGH 669 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 10 THROUGH 53 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 54 THROUGH 260 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 261 THROUGH 407 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 408 THROUGH 517 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 518 THROUGH 570 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 571 THROUGH 669 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 260 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 261 THROUGH 517 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 518 THROUGH 570 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 571 THROUGH 604 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 605 THROUGH 669 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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