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- PDB-6j0y: Crystal Structure of Yeast Rtt107 and Slx4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j0y
タイトルCrystal Structure of Yeast Rtt107 and Slx4
要素
  • Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4
  • Regulator of Ty1 transposition protein 107
キーワードPROTEIN BINDING / BRCT domain / mitosis / protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / double-strand break repair via single-strand annealing, removal of nonhomologous ends / regulation of DNA double-strand break processing / Slx1-Slx4 complex / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / 5'-flap endonuclease activity / retrotransposon silencing / regulation of DNA damage checkpoint / double-strand break repair via break-induced replication ...regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / double-strand break repair via single-strand annealing, removal of nonhomologous ends / regulation of DNA double-strand break processing / Slx1-Slx4 complex / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / 5'-flap endonuclease activity / retrotransposon silencing / regulation of DNA damage checkpoint / double-strand break repair via break-induced replication / interstrand cross-link repair / cell periphery / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / nucleosome assembly / DNA replication / DNA damage response / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structure-specific endonuclease subunit Slx4, ascomycetes / Regulator of Ty1 transposition protein 107, BRCT domain / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / twin BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. ...Structure-specific endonuclease subunit Slx4, ascomycetes / Regulator of Ty1 transposition protein 107, BRCT domain / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / twin BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of Ty1 transposition protein 107 / Structure-specific endonuclease subunit SLX4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wan, B. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for Control of Diverse Genome Stability Factors by the Multi-BRCT Scaffold Rtt107.
著者: Wan, B. / Wu, J. / Meng, X. / Lei, M. / Zhao, X.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of Ty1 transposition protein 107
C: Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4
B: Regulator of Ty1 transposition protein 107
D: Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7484
ポリマ－131,7484
非ポリマー00
水14,250791
1
A: Regulator of Ty1 transposition protein 107
C: Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8742
ポリマ－65,8742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
B: Regulator of Ty1 transposition protein 107
D: Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8742
ポリマ－65,8742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.450, 77.950, 78.380
Angle α, β, γ (deg.)89.950, 79.150, 83.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 107 / Establishes silent chromatin protein 4


分子量: 59315.852 Da / 分子数: 2 / 断片: NTD domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RTT107, ESC4, YHR154W / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38850
#2: タンパク質 Peptide from Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量: 6558.275 Da / 分子数: 2 / 断片: Rtt107 interacting motif 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SLX4, YLR135W, L3140 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12098
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, silver bullets additive G9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→55.15 Å / Num. obs: 134886 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 532667
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.79-1.8440.6723905998050.8470.3890.7772.196.1
8.01-55.153.60.03544215070.9970.0190.03639.197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J0V

6j0v


解像度: 1.8→35.873 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 6498 4.9 %
Rwork0.1593 126152 -
obs0.1605 132650 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.31 Å2 / Biso mean: 40.156 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8681 0 0 791 9472
Biso mean---44.75 -
残基数----1060
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.28782020.26284206440896
1.8205-1.84190.27772120.24364105431796
1.8419-1.86430.27292190.23274192441196
1.8643-1.88790.24192200.22114057427796
1.8879-1.91280.22782040.21934205440996
1.9128-1.9390.21962020.21244172437497
1.939-1.96670.22392320.20134153438596
1.9667-1.9960.23991930.19234171436497
1.996-2.02720.23672040.19534223442797
2.0272-2.06040.2192040.19064189439397
2.0604-2.0960.22132570.17514074433197
2.096-2.13410.21162510.16674180443197
2.1341-2.17510.18262280.16144204443297
2.1751-2.21950.16972500.16164166441697
2.2195-2.26780.20522110.16144203441498
2.2678-2.32050.17882180.15864148436697
2.3205-2.37850.21522200.16324241446198
2.3785-2.44280.19851890.17094281447098
2.4428-2.51470.23752170.17114227444498
2.5147-2.59580.2012140.16974162437698
2.5958-2.68860.2111920.16834299449198
2.6886-2.79620.19532020.17514226442898
2.7962-2.92340.20952400.17264206444698
2.9234-3.07740.1982270.17224234446199
3.0774-3.27010.20732120.16624292450499
3.2701-3.52240.20672120.16484279449199
3.5224-3.87650.15742360.1454223445999
3.8765-4.43660.14122140.12534270448499
4.4366-5.58620.12571860.12024341452799
5.5862-35.88040.15692300.14834223445398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4778-0.07080.070.8388-0.09420.7530.02190.27220.1247-0.0414-0.04580.0666-0.0836-0.0290.01490.18750.05030.02640.20220.08550.2296-35.86-175.30420.038
23.2079-0.0562-0.49762.12050.03493.8285-0.0287-0.220.27080.21430.0275-0.0543-0.27530.0854-0.00760.25630.0319-0.00370.20170.06490.3022-21.287-174.36540.095
31.2748-0.55110.2751.7416-0.58731.13190.0003-0.0318-0.15910.0753-0.0462-0.07980.08380.08810.03850.22820.0023-0.01730.18540.09070.2729-5.119-210.88146.725
44.57211.1735-1.23813.5239-0.73823.0710.092-0.43090.35630.5495-0.0563-0.0764-0.19480.00330.01020.33820.013-0.02860.27310.08110.2939-11.912-186.71250.906
50.6512-0.30870.19760.5505-0.25090.40520.01010.04240.00870.0775-0.0589-0.0182-0.03870.00790.03560.28310.01130.02110.27350.0580.3289-22.11-189.51833.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:486 )A1 - 486
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 530:587 )C530 - 587
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:486 )B1 - 486
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 535:587 )D535 - 587
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:998 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:649 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:901 ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:643 )A601 - 998
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:998 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:649 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:901 ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:643 )C601 - 649
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:998 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:649 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:901 ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:643 )B601 - 901
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:998 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:649 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:901 ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:643 )D601 - 643

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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