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- PDB-7l3q: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l3q | ||||||
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Title | Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-methylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS | ||||||
![]() | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / Acetyl-coenzyme A synthetase / methyl-AMP / CoA / Co-Enzyme A / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-methylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS Authors: Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 748.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 615.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 72.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 100 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kcpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 78435.828 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: CoimA.00629.a.FS11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RS / Gene: CIMG_01510 / Plasmid: CoimA.00629.a.FS11 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % / Mosaicity: 0.25 ° |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: RigakuReagents MCSG-1, A6: 18.71% PEG 3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-methylphosphate + 1mM Co-Enyzme A; Cryo: ...Details: RigakuReagents MCSG-1, A6: 18.71% PEG 3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-methylphosphate + 1mM Co-Enyzme A; Cryo: 20% ethylene glycol; tray 317940a6, puck mgf7-8. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Sep 24, 2020 / Details: Beryllium Lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 115434 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 38.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 97.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KCP Resolution: 2.15→46.38 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→46.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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